← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/protein_folding_examples/1bead+chaperone/README.TXT

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/protein_folding_examples/1bead+chaperone/README.TXT
 
1
# This directory contains examples of how to run a short simulation of a 
 
2
# coarse-grained protein-like polymer, folding in the presence and absence of
 
3
# a chaperone (modeled as an attractive or repulsie spherical shell).
 
4
#
 
5
# The protein models and the chaperone models are described and used here:
 
6
# AI Jewett, A Baumketner and J-E Shea, PNAS, 101 (36), 13192-13197, (2004)
 
7
# (http://www.pnas.org/content/101/36/13192)
 
8
# ...and also here:
 
9
# AI Jewett and J-E Shea, J. Mol. Biol, Vol 363(5), (2006)
 
10
#
 
11
# (In the "frustrated+minichaperone" directory, the protein is 
 
12
#  placed outside the chaperone sphere, as opposed to inside.)
 
13
#
 
14
# -------- REQUIREMENTS: ---------
 
15
# 1) These examples require the "USER-MISC" package.  (Use "make yes-USER-MISC")
 
16
#   http://lammps.sandia.gov/doc/Section_start.html#start_3
 
17
# 2) They also may require additional features and bug fixes for LAMMPS.
 
18
#   be sure to download and copy the "additional_lammps_code" from 
 
19
#   http://moltemplate.org     (upper-left corner menu)
 
20
# 3) Unpack it
 
21
# 4) copy the .cpp and .h files to the src folding of your lammps installation.
 
22
# 5) Compile LAMMPS.
 
23
#
 
24
 
 
25
-------------
 
26
Instructions on how to build LAMMPS input files and 
 
27
run a short simulation are provided in other README files in each directory.
 
28
 
 
29
step 1)
 
30
README_setup.sh
 
31
 
 
32
step2)
 
33
README_run.sh