← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/silly/pyramids_vs_gravity/moltemplate_files/pyramids.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/silly/pyramids_vs_gravity/moltemplate_files/pyramids.lt
1
 
# Brick is a very simple molecule containing one "atom".
2
 
# "ImmobileBrick" and "GoldBrick" are identical to "Brick" but are
3
 
# given different atom types. (This makes it easier to put them in 
4
 
# different groups and apply different LAMMPS "fixes" to them.)
5
 
 
6
 
Brick {
7
 
 
8
 
  # atomID molID atomType charge  x  y  z
9
 
  write("Data Atoms") {
10
 
    $atom  $mol  @atom     0.0  0.0 0.0 0.0
11
 
  }
12
 
 
13
 
  write_once("Data Masses") {
14
 
    @atom 1.0
15
 
  }
16
 
 
17
 
  write_once("In Settings") {
18
 
    #     U(r) = 4*epsilon_ij*((sigma_ij/r)^12 - (sigma_ij/r)^6)
19
 
    #
20
 
    #            i     j                 eps sig
21
 
    pair_coeff @atom @atom    lj/cut     1.0 0.8908987181403393
22
 
  }
23
 
 
24
 
  write_once("In Settings") {
25
 
    group gMobile type @atom  
26
 
    # (Atoms of this type belong to the "gMobile" group)
27
 
  }
28
 
 
29
 
  write_once("In Init") {
30
 
    atom_style   full
31
 
    units        lj
32
 
    pair_style   lj/cut 1.0
33
 
  }
34
 
}
35
 
 
36
 
 
37
 
 
38
 
#We want to stack "Brick"s the same way a green-grocer sometimes stack apples:
39
 
#Place the apples at the base an square lattice of apples at the base.
40
 
#The apples in the next layer up are placed in between the 4 apples beneath them.
41
 
#Each new layer is smaller and placed above the previous layer at a height
42
 
#of sigma / sqrt(2),  where "sigma" is the diameter of each spherical "Brick".
43
 
#We will artificially hold the apples at the base in place 
44
 
#(to keep the entire stack from collapsing).
45
 
#
46
 
# The lines below were generated from the following python loop:
47
 
#
48
 
#from math import *
49
 
#N=50
50
 
#s=1.0
51
 
#for i in range(0,N):
52
 
#    print("  layer"+str(i)+" = new Brick.move("+str(-(N-(i+1))*s*0.5)+","+
53
 
#          str(-(N-(i+1))*s*0.5)+","+str(i*s/sqrt(2))+") ["+str(N-i)+"].move("+
54
 
#          str(s)+",0,0) ["+str(N-i)+"].move(0,"+str(s)+",0)")
55
 
 
56
 
 
57
 
PyramidKhufu {
58
 
  layer0 = new ImmobileBrick.move(-24.5,-24.5,0.0) [50].move(1.0,0,0) [50].move(0,1.0,0)
59
 
  layer1 = new Brick.move(-24.0,-24.0,0.707106781187) [49].move(1.0,0,0) [49].move(0,1.0,0)
60
 
  layer2 = new Brick.move(-23.5,-23.5,1.41421356237) [48].move(1.0,0,0) [48].move(0,1.0,0)
61
 
  layer3 = new Brick.move(-23.0,-23.0,2.12132034356) [47].move(1.0,0,0) [47].move(0,1.0,0)
62
 
  layer4 = new Brick.move(-22.5,-22.5,2.82842712475) [46].move(1.0,0,0) [46].move(0,1.0,0)
63
 
  layer5 = new Brick.move(-22.0,-22.0,3.53553390593) [45].move(1.0,0,0) [45].move(0,1.0,0)
64
 
  layer6 = new Brick.move(-21.5,-21.5,4.24264068712) [44].move(1.0,0,0) [44].move(0,1.0,0)
65
 
  layer7 = new Brick.move(-21.0,-21.0,4.94974746831) [43].move(1.0,0,0) [43].move(0,1.0,0)
66
 
  layer8 = new Brick.move(-20.5,-20.5,5.65685424949) [42].move(1.0,0,0) [42].move(0,1.0,0)
67
 
  layer9 = new Brick.move(-20.0,-20.0,6.36396103068) [41].move(1.0,0,0) [41].move(0,1.0,0)
68
 
  layer10 = new Brick.move(-19.5,-19.5,7.07106781187) [40].move(1.0,0,0) [40].move(0,1.0,0)
69
 
  layer11 = new Brick.move(-19.0,-19.0,7.77817459305) [39].move(1.0,0,0) [39].move(0,1.0,0)
70
 
  layer12 = new Brick.move(-18.5,-18.5,8.48528137424) [38].move(1.0,0,0) [38].move(0,1.0,0)
71
 
  layer13 = new Brick.move(-18.0,-18.0,9.19238815543) [37].move(1.0,0,0) [37].move(0,1.0,0)
72
 
  layer14 = new Brick.move(-17.5,-17.5,9.89949493661) [36].move(1.0,0,0) [36].move(0,1.0,0)
73
 
  layer15 = new Brick.move(-17.0,-17.0,10.6066017178) [35].move(1.0,0,0) [35].move(0,1.0,0)
74
 
  layer16 = new Brick.move(-16.5,-16.5,11.313708499) [34].move(1.0,0,0) [34].move(0,1.0,0)
75
 
  layer17 = new Brick.move(-16.0,-16.0,12.0208152802) [33].move(1.0,0,0) [33].move(0,1.0,0)
76
 
  layer18 = new Brick.move(-15.5,-15.5,12.7279220614) [32].move(1.0,0,0) [32].move(0,1.0,0)
77
 
  layer19 = new Brick.move(-15.0,-15.0,13.4350288425) [31].move(1.0,0,0) [31].move(0,1.0,0)
78
 
  layer20 = new Brick.move(-14.5,-14.5,14.1421356237) [30].move(1.0,0,0) [30].move(0,1.0,0)
79
 
  layer21 = new Brick.move(-14.0,-14.0,14.8492424049) [29].move(1.0,0,0) [29].move(0,1.0,0)
80
 
  layer22 = new Brick.move(-13.5,-13.5,15.5563491861) [28].move(1.0,0,0) [28].move(0,1.0,0)
81
 
  layer23 = new Brick.move(-13.0,-13.0,16.2634559673) [27].move(1.0,0,0) [27].move(0,1.0,0)
82
 
  layer24 = new Brick.move(-12.5,-12.5,16.9705627485) [26].move(1.0,0,0) [26].move(0,1.0,0)
83
 
  layer25 = new Brick.move(-12.0,-12.0,17.6776695297) [25].move(1.0,0,0) [25].move(0,1.0,0)
84
 
  layer26 = new Brick.move(-11.5,-11.5,18.3847763109) [24].move(1.0,0,0) [24].move(0,1.0,0)
85
 
  layer27 = new Brick.move(-11.0,-11.0,19.091883092) [23].move(1.0,0,0) [23].move(0,1.0,0)
86
 
  layer28 = new Brick.move(-10.5,-10.5,19.7989898732) [22].move(1.0,0,0) [22].move(0,1.0,0)
87
 
  layer29 = new Brick.move(-10.0,-10.0,20.5060966544) [21].move(1.0,0,0) [21].move(0,1.0,0)
88
 
  layer30 = new Brick.move(-9.5,-9.5,21.2132034356) [20].move(1.0,0,0) [20].move(0,1.0,0)
89
 
  layer31 = new Brick.move(-9.0,-9.0,21.9203102168) [19].move(1.0,0,0) [19].move(0,1.0,0)
90
 
  layer32 = new Brick.move(-8.5,-8.5,22.627416998) [18].move(1.0,0,0) [18].move(0,1.0,0)
91
 
  layer33 = new Brick.move(-8.0,-8.0,23.3345237792) [17].move(1.0,0,0) [17].move(0,1.0,0)
92
 
  layer34 = new Brick.move(-7.5,-7.5,24.0416305603) [16].move(1.0,0,0) [16].move(0,1.0,0)
93
 
  layer35 = new Brick.move(-7.0,-7.0,24.7487373415) [15].move(1.0,0,0) [15].move(0,1.0,0)
94
 
  layer36 = new Brick.move(-6.5,-6.5,25.4558441227) [14].move(1.0,0,0) [14].move(0,1.0,0)
95
 
  layer37 = new Brick.move(-6.0,-6.0,26.1629509039) [13].move(1.0,0,0) [13].move(0,1.0,0)
96
 
  layer38 = new Brick.move(-5.5,-5.5,26.8700576851) [12].move(1.0,0,0) [12].move(0,1.0,0)
97
 
  layer39 = new Brick.move(-5.0,-5.0,27.5771644663) [11].move(1.0,0,0) [11].move(0,1.0,0)
98
 
  layer40 = new GoldBrick.move(-4.5,-4.5,28.2842712475) [10].move(1.0,0,0) [10].move(0,1.0,0)
99
 
  layer41 = new GoldBrick.move(-4.0,-4.0,28.9913780286) [9].move(1.0,0,0) [9].move(0,1.0,0)
100
 
  layer42 = new GoldBrick.move(-3.5,-3.5,29.6984848098) [8].move(1.0,0,0) [8].move(0,1.0,0)
101
 
  layer43 = new GoldBrick.move(-3.0,-3.0,30.405591591) [7].move(1.0,0,0) [7].move(0,1.0,0)
102
 
  layer44 = new GoldBrick.move(-2.5,-2.5,31.1126983722) [6].move(1.0,0,0) [6].move(0,1.0,0)
103
 
  layer45 = new GoldBrick.move(-2.0,-2.0,31.8198051534) [5].move(1.0,0,0) [5].move(0,1.0,0)
104
 
  layer46 = new GoldBrick.move(-1.5,-1.5,32.5269119346) [4].move(1.0,0,0) [4].move(0,1.0,0)
105
 
  layer47 = new GoldBrick.move(-1.0,-1.0,33.2340187158) [3].move(1.0,0,0) [3].move(0,1.0,0)
106
 
  layer48 = new GoldBrick.move(-0.5,-0.5,33.941125497) [2].move(1.0,0,0) [2].move(0,1.0,0)
107
 
  layer49 = new GoldBrick.move(0.0,0.0,34.6482322781) [1].move(1.0,0,0) [1].move(0,1.0,0)
108
 
}
109
 
 
110
 
 
111
 
PyramidKhafre {
112
 
  layer0 = new ImmobileBrick.move(-23.5,-23.5,0.0) [48].move(1.0,0,0) [48].move(0,1.0,0)
113
 
  layer1 = new Brick.move(-23.0,-23.0,0.707106781187) [47].move(1.0,0,0) [47].move(0,1.0,0)
114
 
  layer2 = new Brick.move(-22.5,-22.5,1.41421356237) [46].move(1.0,0,0) [46].move(0,1.0,0)
115
 
  layer3 = new Brick.move(-22.0,-22.0,2.12132034356) [45].move(1.0,0,0) [45].move(0,1.0,0)
116
 
  layer4 = new Brick.move(-21.5,-21.5,2.82842712475) [44].move(1.0,0,0) [44].move(0,1.0,0)
117
 
  layer5 = new Brick.move(-21.0,-21.0,3.53553390593) [43].move(1.0,0,0) [43].move(0,1.0,0)
118
 
  layer6 = new Brick.move(-20.5,-20.5,4.24264068712) [42].move(1.0,0,0) [42].move(0,1.0,0)
119
 
  layer7 = new Brick.move(-20.0,-20.0,4.94974746831) [41].move(1.0,0,0) [41].move(0,1.0,0)
120
 
  layer8 = new Brick.move(-19.5,-19.5,5.65685424949) [40].move(1.0,0,0) [40].move(0,1.0,0)
121
 
  layer9 = new Brick.move(-19.0,-19.0,6.36396103068) [39].move(1.0,0,0) [39].move(0,1.0,0)
122
 
  layer10 = new Brick.move(-18.5,-18.5,7.07106781187) [38].move(1.0,0,0) [38].move(0,1.0,0)
123
 
  layer11 = new Brick.move(-18.0,-18.0,7.77817459305) [37].move(1.0,0,0) [37].move(0,1.0,0)
124
 
  layer12 = new Brick.move(-17.5,-17.5,8.48528137424) [36].move(1.0,0,0) [36].move(0,1.0,0)
125
 
  layer13 = new Brick.move(-17.0,-17.0,9.19238815543) [35].move(1.0,0,0) [35].move(0,1.0,0)
126
 
  layer14 = new Brick.move(-16.5,-16.5,9.89949493661) [34].move(1.0,0,0) [34].move(0,1.0,0)
127
 
  layer15 = new Brick.move(-16.0,-16.0,10.6066017178) [33].move(1.0,0,0) [33].move(0,1.0,0)
128
 
  layer16 = new Brick.move(-15.5,-15.5,11.313708499) [32].move(1.0,0,0) [32].move(0,1.0,0)
129
 
  layer17 = new Brick.move(-15.0,-15.0,12.0208152802) [31].move(1.0,0,0) [31].move(0,1.0,0)
130
 
  layer18 = new Brick.move(-14.5,-14.5,12.7279220614) [30].move(1.0,0,0) [30].move(0,1.0,0)
131
 
  layer19 = new Brick.move(-14.0,-14.0,13.4350288425) [29].move(1.0,0,0) [29].move(0,1.0,0)
132
 
  layer20 = new Brick.move(-13.5,-13.5,14.1421356237) [28].move(1.0,0,0) [28].move(0,1.0,0)
133
 
  layer21 = new Brick.move(-13.0,-13.0,14.8492424049) [27].move(1.0,0,0) [27].move(0,1.0,0)
134
 
  layer22 = new Brick.move(-12.5,-12.5,15.5563491861) [26].move(1.0,0,0) [26].move(0,1.0,0)
135
 
  layer23 = new Brick.move(-12.0,-12.0,16.2634559673) [25].move(1.0,0,0) [25].move(0,1.0,0)
136
 
  layer24 = new Brick.move(-11.5,-11.5,16.9705627485) [24].move(1.0,0,0) [24].move(0,1.0,0)
137
 
  layer25 = new Brick.move(-11.0,-11.0,17.6776695297) [23].move(1.0,0,0) [23].move(0,1.0,0)
138
 
  layer26 = new Brick.move(-10.5,-10.5,18.3847763109) [22].move(1.0,0,0) [22].move(0,1.0,0)
139
 
  layer27 = new Brick.move(-10.0,-10.0,19.091883092) [21].move(1.0,0,0) [21].move(0,1.0,0)
140
 
  layer28 = new Brick.move(-9.5,-9.5,19.7989898732) [20].move(1.0,0,0) [20].move(0,1.0,0)
141
 
  layer29 = new Brick.move(-9.0,-9.0,20.5060966544) [19].move(1.0,0,0) [19].move(0,1.0,0)
142
 
  layer30 = new Brick.move(-8.5,-8.5,21.2132034356) [18].move(1.0,0,0) [18].move(0,1.0,0)
143
 
  layer31 = new Brick.move(-8.0,-8.0,21.9203102168) [17].move(1.0,0,0) [17].move(0,1.0,0)
144
 
  layer32 = new Brick.move(-7.5,-7.5,22.627416998) [16].move(1.0,0,0) [16].move(0,1.0,0)
145
 
  layer33 = new Brick.move(-7.0,-7.0,23.3345237792) [15].move(1.0,0,0) [15].move(0,1.0,0)
146
 
  layer34 = new Brick.move(-6.5,-6.5,24.0416305603) [14].move(1.0,0,0) [14].move(0,1.0,0)
147
 
  layer35 = new GoldBrick.move(-6.0,-6.0,24.7487373415) [13].move(1.0,0,0) [13].move(0,1.0,0)
148
 
  layer36 = new GoldBrick.move(-5.5,-5.5,25.4558441227) [12].move(1.0,0,0) [12].move(0,1.0,0)
149
 
  layer37 = new GoldBrick.move(-5.0,-5.0,26.1629509039) [11].move(1.0,0,0) [11].move(0,1.0,0)
150
 
  layer38 = new GoldBrick.move(-4.5,-4.5,26.8700576851) [10].move(1.0,0,0) [10].move(0,1.0,0)
151
 
  layer39 = new GoldBrick.move(-4.0,-4.0,27.5771644663) [9].move(1.0,0,0) [9].move(0,1.0,0)
152
 
  layer40 = new GoldBrick.move(-3.5,-3.5,28.2842712475) [8].move(1.0,0,0) [8].move(0,1.0,0)
153
 
  layer41 = new GoldBrick.move(-3.0,-3.0,28.9913780286) [7].move(1.0,0,0) [7].move(0,1.0,0)
154
 
  layer42 = new GoldBrick.move(-2.5,-2.5,29.6984848098) [6].move(1.0,0,0) [6].move(0,1.0,0)
155
 
  layer43 = new GoldBrick.move(-2.0,-2.0,30.405591591) [5].move(1.0,0,0) [5].move(0,1.0,0)
156
 
  layer44 = new GoldBrick.move(-1.5,-1.5,31.1126983722) [4].move(1.0,0,0) [4].move(0,1.0,0)
157
 
  layer45 = new GoldBrick.move(-1.0,-1.0,31.8198051534) [3].move(1.0,0,0) [3].move(0,1.0,0)
158
 
  layer46 = new GoldBrick.move(-0.5,-0.5,32.5269119346) [2].move(1.0,0,0) [2].move(0,1.0,0)
159
 
  layer47 = new GoldBrick.move(0.0,0.0,33.2340187158) [1].move(1.0,0,0) [1].move(0,1.0,0)
160
 
}
161
 
 
162
 
 
163
 
PyramidMenkaure {
164
 
  layer0 = new ImmobileBrick.move(-9.0,-9.0,0.0) [19].move(1.0,0,0) [19].move(0,1.0,0)
165
 
  layer1 = new Brick.move(-8.5,-8.5,0.707106781187) [18].move(1.0,0,0) [18].move(0,1.0,0)
166
 
  layer2 = new Brick.move(-8.0,-8.0,1.41421356237) [17].move(1.0,0,0) [17].move(0,1.0,0)
167
 
  layer3 = new Brick.move(-7.5,-7.5,2.12132034356) [16].move(1.0,0,0) [16].move(0,1.0,0)
168
 
  layer4 = new Brick.move(-7.0,-7.0,2.82842712475) [15].move(1.0,0,0) [15].move(0,1.0,0)
169
 
  layer5 = new Brick.move(-6.5,-6.5,3.53553390593) [14].move(1.0,0,0) [14].move(0,1.0,0)
170
 
  layer6 = new Brick.move(-6.0,-6.0,4.24264068712) [13].move(1.0,0,0) [13].move(0,1.0,0)
171
 
  layer7 = new Brick.move(-5.5,-5.5,4.94974746831) [12].move(1.0,0,0) [12].move(0,1.0,0)
172
 
  layer8 = new Brick.move(-5.0,-5.0,5.65685424949) [11].move(1.0,0,0) [11].move(0,1.0,0)
173
 
  layer9 = new Brick.move(-4.5,-4.5,6.36396103068) [10].move(1.0,0,0) [10].move(0,1.0,0)
174
 
  layer10 = new Brick.move(-4.0,-4.0,7.07106781187) [9].move(1.0,0,0) [9].move(0,1.0,0)
175
 
  layer11 = new Brick.move(-3.5,-3.5,7.77817459305) [8].move(1.0,0,0) [8].move(0,1.0,0)
176
 
  layer12 = new Brick.move(-3.0,-3.0,8.48528137424) [7].move(1.0,0,0) [7].move(0,1.0,0)
177
 
  layer13 = new Brick.move(-2.5,-2.5,9.19238815543) [6].move(1.0,0,0) [6].move(0,1.0,0)
178
 
  layer14 = new Brick.move(-2.0,-2.0,9.89949493661) [5].move(1.0,0,0) [5].move(0,1.0,0)
179
 
  layer15 = new Brick.move(-1.5,-1.5,10.6066017178) [4].move(1.0,0,0) [4].move(0,1.0,0)
180
 
  layer16 = new Brick.move(-1.0,-1.0,11.313708499) [3].move(1.0,0,0) [3].move(0,1.0,0)
181
 
  layer17 = new Brick.move(-0.5,-0.5,12.0208152802) [2].move(1.0,0,0) [2].move(0,1.0,0)
182
 
  layer18 = new Brick.move(0.0,0.0,12.7279220614) [1].move(1.0,0,0) [1].move(0,1.0,0)
183
 
}
184
 
 
185
 
PyramidQueens1 {
186
 
  layer0 = new ImmobileBrick.move(-3.5,-3.5,0.0) [8].move(1.0,0,0) [8].move(0,1.0,0)
187
 
  layer1 = new ImmobileBrick.move(-3.0,-3.0,0.707106781187) [7].move(1.0,0,0) [7].move(0,1.0,0)
188
 
  layer2 = new ImmobileBrick.move(-2.0,-2.0,1.707106781187) [5].move(1.0,0,0) [5].move(0,1.0,0)
189
 
  layer3 = new Brick.move(-1.5,-1.5,2.41421356237) [4].move(1.0,0,0) [4].move(0,1.0,0)
190
 
  layer4 = new Brick.move(-0.5,-0.5,3.41421356237) [2].move(1.0,0,0) [2].move(0,1.0,0)
191
 
  layer5 = new Brick.move(0.0,0.0,4.12132034356) [1].move(1.0,0,0) [1].move(0,1.0,0)
192
 
}
193
 
 
194
 
PyramidQueens2 {
195
 
  layer0 = new ImmobileBrick.move(-3.5,-3.5,0.0) [8].move(1.0,0,0) [8].move(0,1.0,0)
196
 
  layer1 = new ImmobileBrick.move(-3.0,-3.0,0.707106781187) [7].move(1.0,0,0) [7].move(0,1.0,0)
197
 
  layer2 = new ImmobileBrick.move(-2.0,-2.0,1.707106781187) [5].move(1.0,0,0) [5].move(0,1.0,0)
198
 
  layer3 = new Brick.move(-1.5,-1.5,2.41421356237) [4].move(1.0,0,0) [4].move(0,1.0,0)
199
 
  layer4 = new Brick.move(-0.5,-0.5,3.41421356237) [2].move(1.0,0,0) [2].move(0,1.0,0)
200
 
  layer5 = new Brick.move(0.0,0.0,4.12132034356) [1].move(1.0,0,0) [1].move(0,1.0,0)
201
 
}
202
 
 
203
 
PyramidQueens3 {
204
 
  layer0 = new ImmobileBrick.move(-3.5,-3.5,0.0) [8].move(1.0,0,0) [8].move(0,1.0,0)
205
 
  layer1 = new Brick.move(-3.0,-3.0,0.707106781187) [7].move(1.0,0,0) [7].move(0,1.0,0)
206
 
  layer2 = new Brick.move(-2.5,-2.5,1.41421356237) [6].move(1.0,0,0) [6].move(0,1.0,0)
207
 
  layer3 = new Brick.move(-2.0,-2.0,2.12132034356) [5].move(1.0,0,0) [5].move(0,1.0,0)
208
 
  layer4 = new Brick.move(-1.5,-1.5,2.82842712475) [4].move(1.0,0,0) [4].move(0,1.0,0)
209
 
  layer5 = new Brick.move(-1.0,-1.0,3.53553390593) [3].move(1.0,0,0) [3].move(0,1.0,0)
210
 
  layer6 = new Brick.move(-0.5,-0.5,4.24264068712) [2].move(1.0,0,0) [2].move(0,1.0,0)
211
 
  layer7 = new Brick.move(0.0,0.0,4.94974746831) [1].move(1.0,0,0) [1].move(0,1.0,0)
212
 
}
213
 
 
214
 
 
215
 
 
216
 
 
217
 
# "ImmobileBrick"s are identical to "Brick"s,
218
 
# except that they have a different atom type.
219
 
# We can define groups based on atom type 
220
 
# and apply fixes to them.
221
 
 
222
 
ImmobileBrick {
223
 
 
224
 
  # atomID molID atomType charge  x  y  z
225
 
  write("Data Atoms") {
226
 
    $atom  $mol  @atom     0.0  0.0 0.0 0.0
227
 
  }
228
 
 
229
 
  write_once("Data Masses") {
230
 
    @atom 1.0
231
 
  }
232
 
 
233
 
  write_once("In Settings") {
234
 
    #     U(r) = 4*epsilon_ij*((sigma_ij/r)^12 - (sigma_ij/r)^6)
235
 
    #
236
 
    #            i     j                 eps sig
237
 
    pair_coeff @atom @atom    lj/cut     1.0 0.8908987181403393
238
 
  }
239
 
 
240
 
  write_once("In Settings") {
241
 
    group gImmobile type @atom  
242
 
    # (Atoms of this type belong to the "gImmobile" group)
243
 
  }
244
 
 
245
 
  write_once("In Init") {
246
 
    atom_style   full
247
 
    units        lj
248
 
    pair_style   hybrid lj/cut 1.0
249
 
  }
250
 
}
251
 
 
252
 
 
253
 
 
254
 
GoldBrick {
255
 
 
256
 
  # atomID molID atomType charge  x  y  z
257
 
  write("Data Atoms") {
258
 
    $atom  $mol  @atom     0.0  0.0 0.0 0.0
259
 
  }
260
 
 
261
 
  write_once("Data Masses") {
262
 
    @atom 1.0
263
 
  }
264
 
 
265
 
  write_once("In Settings") {
266
 
    #     U(r) = 4*epsilon_ij*((sigma_ij/r)^12 - (sigma_ij/r)^6)
267
 
    #
268
 
    #            i     j                 eps sig
269
 
    pair_coeff @atom @atom    lj/cut     1.0 0.8908987181403393
270
 
  }
271
 
 
272
 
  write_once("In Settings") {
273
 
    group gMobile type @atom  
274
 
    # (Atoms of this type belong to the "gMobile" group)
275
 
  }
276
 
 
277
 
  write_once("In Init") {
278
 
    atom_style   full
279
 
    units        lj
280
 
    pair_style   lj/cut 1.0
281
 
  }
282
 
}
283