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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_OPLSAA/hexadecane/moltemplate_files/oplsaa_lt_generator/oplsaa_subset.prm

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_OPLSAA/hexadecane/moltemplate_files/oplsaa_lt_generator/oplsaa_subset.prm
 
1
#   This file is a heavily redacted version of the "oplsaa.prm" file distributed
 
2
# with TINKER (Downloaded April, 2014).  This version only contains information
 
3
# relevant to alkane chains.  The complete version of that file works with most
 
4
# small organic molecules and you can use that file with moltemplate too.
 
5
# Unfortunately, I do not own or have permission to distribute that file.  
 
6
# You can download the latest complete version of that file here:
 
7
#
 
8
# http://dasher.wustl.edu/tinker/distribution/params/oplsaa.prm
 
9
#
 
10
#   When building your own molecules, you should download this file, and delete
 
11
# only the lines from the "atoms" section which you don't need. (But leave the
 
12
# rest of that file alone.)  Rename the resulting file "oplsaa_subset.prm"
 
13
# Then you can create an oplsaa.lt file (which moltemplate.sh needs) this way:
 
14
#   python oplsaa_moltemplate.py oplsaa_subset.prm
 
15
# Then copy the newly created "oplsa.lt" file to the directory where you
 
16
# plan to run moltemplate, and run moltemplate:
 
17
#   moltemplate system.lt
 
18
 
 
19
 
 
20
      ##############################
 
21
      ##                          ##
 
22
      ##  Force Field Definition  ##
 
23
      ##                          ##
 
24
      ##############################
 
25
 
 
26
 
 
27
forcefield              OPLS-AA
 
28
 
 
29
vdwindex                TYPE
 
30
vdwtype                 LENNARD-JONES
 
31
radiusrule              GEOMETRIC
 
32
radiustype              SIGMA
 
33
radiussize              DIAMETER
 
34
epsilonrule             GEOMETRIC
 
35
torsionunit             0.5
 
36
imptorunit              0.5
 
37
vdw-14-scale            2.0
 
38
chg-14-scale            2.0
 
39
electric                332.06
 
40
dielectric              1.0
 
41
 
 
42
 
 
43
      #############################
 
44
      ##                         ##
 
45
      ##  Literature References  ##
 
46
      ##                         ##
 
47
      #############################
 
48
 
 
49
 
 
50
The parameters supplied with TINKER are from "OPLS All-Atom Parameters
 
51
for Organic Molecules, Ions, Peptides & Nucleic Acids, July 2008" as
 
52
provided by W. L. Jorgensen, Yale University during June 2009. These
 
53
parameters are taken from those distributed with BOSS Version 4.8.
 
54
 
 
55
Note that "atom type" numbers and not "atom class" numbers are used
 
56
to index van der Waals parameters, see the "vdwindex" keyword above
 
57
 
 
58
The atom types with (UA) in the description are "united atom" values,
 
59
ie, OPLS-UA, where any nonpolar hydrogen atoms are combined onto their
 
60
attached atoms. All other parameters are "all-atom", OPLS-AA, including
 
61
explicit hydrogen atoms.
 
62
 
 
63
 
 
64
      #############################
 
65
      ##                         ##
 
66
      ##  Atom Type Definitions  ##
 
67
      ##                         ##
 
68
      #############################
 
69
 
 
70
 
 
71
atom         80   13    CT    "Alkane CH3-"                  6    12.011    4
 
72
atom         81   13    CT    "Alkane -CH2-"                 6    12.011    4
 
73
atom         85   46    HC    "Alkane H-C"                   1     1.008    1
 
74
 
 
75
 
 
76
      ################################
 
77
      ##                            ##
 
78
      ##  Van der Waals Parameters  ##
 
79
      ##                            ##
 
80
      ################################
 
81
 
 
82
 
 
83
vdw          80               3.5000     0.0660
 
84
vdw          81               3.5000     0.0660
 
85
vdw          85               2.5000     0.0300
 
86
 
 
87
 
 
88
bond         13   13          268.00     1.5290
 
89
bond         13   46          340.00     1.0900
 
90
 
 
91
 
 
92
      ################################
 
93
      ##                            ##
 
94
      ##  Angle Bending Parameters  ##
 
95
      ##                            ##
 
96
      ################################
 
97
 
 
98
 
 
99
angle        13   13   13      58.35     112.70
 
100
angle        46   13   46      33.00     107.80
 
101
angle        13   13   46      37.50     110.70
 
102
 
 
103
 
 
104
      ############################
 
105
      ##                        ##
 
106
      ##  Torsional Parameters  ##
 
107
      ##                        ##
 
108
      ############################
 
109
 
 
110
 
 
111
    ###################################################################
 
112
    ##                                                               ##
 
113
    ##  Alternative Torsional Parameter Values for Use with OPLS-AA  ##
 
114
    ##                                                               ##
 
115
    ##  For some torsions, OPLS-AA has multiple possible parameter   ##
 
116
    ##  values; the list below shows functional groups for which     ##
 
117
    ##  these alternate (commented) values should be preferred; the  ##
 
118
    ##  values are in the same order as in the full parameter list   ##
 
119
    ##                                                               ##
 
120
    ##   13   13   13   13      hydrocarbon (default)                ##
 
121
    ##   13   13   13   13      perfluoroalkane                      ##
 
122
    ##                                                               ##
 
123
    ###################################################################
 
124
 
 
125
 
 
126
torsion       0   13   13   13      1.711 0.0 1  -0.500 180.0 2   0.663 0.0 3
 
127
#torsion      0   13   13   13     -1.336 0.0 1   0.000 180.0 2   0.000 0.0 3
 
128
torsion      13   13   13   13      1.300 0.0 1  -0.050 180.0 2   0.200 0.0 3
 
129
#torsion   13   13   13   13  6.622 0. 1 0.948 180. 2 -1.388 0. 3 -2.118 180. 4
 
130
torsion      13   13   13   46      0.000 0.0 1   0.000 180.0 2   0.300 0.0 3
 
131
torsion      46   13   13   46      0.000 0.0 1   0.000 180.0 2   0.300 0.0 3
 
132
 
 
133
 
 
134
 
 
135
 
 
136
      ########################################
 
137
      ##                                    ##
 
138
      ##  Atomic Partial Charge Parameters  ##
 
139
      ##                                    ##
 
140
      ########################################
 
141
 
 
142
 
 
143
charge       80              -0.1800
 
144
charge       81              -0.1200
 
145
charge       85               0.0600
 
146