← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/OPLSAA_force_field_examples/ethylene+benzene_PACKMOL/README.TXT

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/OPLSAA_force_field_examples/ethylene+benzene_PACKMOL/README.TXT
1
 
 
2
 
This is an example of how to use the OPLSAA force-field in LAMMPS
3
 
(using moltemplate.sh and Jason Lambert's oplsaa_moltemplate.py conversion tool)
4
 
 
5
 
This example also shows how to use moltemplate in combination with PACKMOL.
6
 
(PACKMOL is a useful program for generating atomic coordinates. In this example,
7
 
 moltemplate.sh is only used to create the topology, force-field and charges,
8
 
 and PACKMOL generates the coordinates, which moltemplate reads (in "step 1").
9
 
 Moltemplate can also be used for generating atomic coordinates, especially
10
 
 for mixing many small molecules together, as we do in this example.  However 
11
 
 I wanted to demonstrate how to combine PACKMOL with moltemplate.sh.
12
 
 In some other scenarios, such as protein solvation, PACKMOL does a much
13
 
 better job than moltemplate.)
14
 
 
15
 
As of 2014-4-06, this code has not been tested for accuracy.
16
 
(See the WARNING.TXT file.)
17
 
 
18
 
step 1)
19
 
To build the files which LAMMPS needs, follow the instructions in:
20
 
README_setup.sh
21
 
 
22
 
step 2)
23
 
To run LAMMPS with these files, follow these instructions:
24
 
README_run.sh