← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/read_PDB_file_examples/waterSPCE_from_PDBfile/README_visualize.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/read_PDB_file_examples/waterSPCE_from_PDBfile/README_visualize.txt
1
 
 ------- Instructions to view a trajectory in VMD --------
2
 
 
3
 
 ------- Disclaimer -------
4
 
 
5
 
1) Build a PSF file for use in viewing with VMD.
6
 
 
7
 
This step works with VMD 1.9 and topotools 1.2.  
8
 
(Older versions, like VMD 1.8.6, don't support this.)
9
 
 
10
 
 
11
 
a) Start VMD
12
 
b) Menu  Extensions->Tk Console
13
 
c) Enter:
14
 
 
15
 
(I assume that the the DATA file is called "system.data")
16
 
 
17
 
   topo readlammpsdata system.data full
18
 
   animate write psf system.psf
19
 
 
20
 
   (Note, at this point the image shown in the VMD graphics window may
21
 
   not appear correct or incomplete.  The coordinates of the atoms may
22
 
   overlap if you asked moltemplate.sh to load your coordinates from 
23
 
   a PDB or XYZ file.
24
 
   However, later after you have run a simulation, the trajectories 
25
 
   should appear reasonably correct when you load them in VMD using
26
 
   the PSF file you just generated.)
27
 
 
28
 
 
29
 
Later, to Load a trajectory in VMD:
30
 
  Start VMD
31
 
  Select menu: File->New Molecule
32
 
 -Browse to select the PSF file you created above, and load it.
33
 
  (Don't close the window yet.)
34
 
 -Browse to select the trajectory file.
35
 
  If necessary, for "file type" select: "LAMMPS Trajectory"
36
 
  Load it
37
 
 
38
 
-----  Wrap the coordinates to the unit cell
39
 
 
40
 
a) Start VMD
41
 
b) Load the trajectory in VMD (see above)
42
 
c) Menu  Extensions->Tk Console
43
 
d) Enter:
44
 
 
45
 
    DISCLAIMER: I'M NOT SURE THESE COMMANDS ARE CORRECT.
46
 
                LOOKUP "pbctools" FOR DETAILS.
47
 
 
48
 
    pbc wrap -compound res -all
49
 
    pbc box
50
 
 
51
 
    # If you have a solute of type 1, then use this:
52
 
    #pbc wrap -sel type=1 -all -centersel type=2 -center com
53
 
 
54
 
"1" corresponds to the "O" atom type 
55
 
"2" corresponds to the "H" atom type 
56
 
 
57
 
3) Optional: If you like, change the atom types in the PSF file so 
58
 
   that VMD recognizes the atom types:
59
 
 
60
 
sed -e 's/   1    1      /   O    O      /g' < system.psf > temp1.psf
61
 
sed -e 's/   2    2      /   H    H      /g' < temp1.psf > system.psf
62
 
 
63
 
(If you do this, I guess that you might have to use 
64
 
 "type=O" and "type=H" in step 2 above.)