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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/file_conversion_examples/read_PDB_file_examples/waterSPCE_from_PDBfile/run.in.nvt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/file_conversion_examples/read_PDB_file_examples/waterSPCE_from_PDBfile/run.in.nvt
 
1
# PREREQUISITES:
 
2
#
 
3
#   1) You must use moltemplate.sh to create 3 files:
 
4
#        system.data  system.in.init  system.in.settings
 
5
#     (Follow the instructions in README_setup.sh, or run it using ./README_sh.)
 
6
#   2) You must equilibrate the system beforehand using "run.in.npt".
 
7
#      This will create the file "system_after_npt.data" which this file reads.
 
8
#      (Note: I have not verified that this equilibration protocol works well.)
 
9
 
 
10
# ------------------------------- Initialization Section --------------------
 
11
 
 
12
include         system.in.init
 
13
 
 
14
# ------------------------------- Atom Definition Section -------------------
 
15
 
 
16
# Read the coordinates generated by an earlier NPT simulation
 
17
 
 
18
read_data       system_after_npt.data
 
19
 
 
20
 
 
21
# (The "write_restart" and "read_restart" commands were buggy in 2012, 
 
22
#  but they should work also.  I prefer "write_data" and "read_data".)
 
23
 
 
24
# ------------------------------- Settings Section --------------------------
 
25
 
 
26
include         system.in.settings
 
27
 
 
28
# ------------------------------- Run Section -------------------------------
 
29
 
 
30
 
 
31
# -- minimization protocol --
 
32
# Note: If you are reading the data file created by run.in.npt, 
 
33
#       then you should not need to minimize the system beforehand.
 
34
# fShakeSPCE was defined in system.in.settings.
 
35
# (It is incompatible with "minimize".)
 
36
 
 
37
unfix         fShakeSPCE
 
38
minimize 1.0e-5 1.0e-7 100000 400000
 
39
 
 
40
# Now read "system.in.settings" in order to redefine fShakeSPCE again:
 
41
 
 
42
include       system.in.settings
 
43
 
 
44
 
 
45
# -- simulation protocol --
 
46
 
 
47
 
 
48
timestep        1.0
 
49
dump            1 all custom 500 traj_nvt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
 
50
fix             fxnvt all nvt temp 300.0 300.0 500.0 tchain 1
 
51
thermo          500
 
52
 
 
53
run             10000
 
54
 
 
55
# Now that the system's temperature has become more equilibrated,
 
56
# we can increase the timestep:
 
57
 
 
58
timestep        2.0
 
59
run             50000
 
60
 
 
61
write_data  system_after_nvt.data