← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_biomolecules/protein_folding_examples/1beadProtSci2010/README.TXT

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_biomolecules/protein_folding_examples/1beadProtSci2010/README.TXT
1
 
# -------- REQUIREMENTS: ---------
2
 
# 1) This example requires the "USER-MISC" package.  (Use "make yes-USER-MISC")
3
 
#   http://lammps.sandia.gov/doc/Section_start.html#start_3
4
 
# 2) It also may require additional features and bug fixes for LAMMPS.
5
 
#   be sure to download and copy the "additional_lammps_code" from 
6
 
#   http://moltemplate.org     (upper-left corner menu)
7
 
# 3) Unpack it
8
 
# 4) copy the .cpp and .h files to the src folding of your lammps installation.
9
 
# 5) Compile LAMMPS.
10
 
 
11
 
This is an example of a very simple coarse-grained protein.
12
 
 
13
 
This example contains a 1-bead (C-alpha model) representation of the
14
 
"unfrustrated" 4-helix bundle model used in this paper:
15
 
G. Bellesia, AI Jewett, and J-E Shea, Protein Science, Vol19 141-154 (2010)
16
 
 
17
 
In this model, there are three atom-types (bead-types), H, L, and N
18
 
representing one amino-acid each.  The "H" beads represent the hydrophobic
19
 
amino acids, and are attracted to eachother with a strength of "1.0" 
20
 
(in dimensionless units of "epsilon").  The "L" and "N" atoms are
21
 
hydrophilic and purely repulsive, and only differ in their secondary-structure
22
 
propensity (ie their dihedral parameters).
23
 
 
24
 
The dihedral-interaction is bi-stable with two deep local minima (corresponding
25
 
to helix-like and sheet-like secondary structure).  You can adjust the bias 
26
 
in favor of one minima or another by modifying the angle-shift parameter in 
27
 
the appropriate "dihedral_coeff" command in the other .lt file.
28
 
 
29
 
A definition for the 4-sheet beta-barell protein model is also included.
30
 
If you want to simulate that molecule instead, then edit the "system.lt"
31
 
file (in the "moltemplate_files" subdirectory), and replace this line:
32
 
prot = new 4HelixBundle
33
 
   with
34
 
prot = new 4SheetBundle
35
 
 
36
 
-------------
37
 
Instructions on how to build LAMMPS input files and 
38
 
run a short simulation are provided in other README files.
39
 
 
40
 
step 1)
41
 
README_setup.sh
42
 
 
43
 
step2)
44
 
README_run.sh