← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_explicit/waterSPCE+Na+Cl/moltemplate_files/spce.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_explicit/waterSPCE+Na+Cl/moltemplate_files/spce.lt
 
1
# file "spce.lt" 
 
2
#
 
3
#    H1     H2
 
4
#      \   /
 
5
#        O
 
6
 
 
7
SPCE {
 
8
 
 
9
  write_once("In Init") {
 
10
    # -- Default styles (for solo "SPCE" water) --
 
11
    units        real
 
12
    atom_style   full
 
13
    # (Hybrid force fields were not necessary but are used for portability.)
 
14
    pair_style   hybrid lj/charmm/coul/long 9.0 10.0 10.0
 
15
    bond_style   hybrid harmonic
 
16
    angle_style  hybrid harmonic
 
17
    kspace_style pppm 0.0001
 
18
    pair_modify  mix arithmetic
 
19
  }
 
20
 
 
21
  write("Data Atoms") {
 
22
    $atom:O  $mol:. @atom:O -0.8476  0.0000000 0.00000 0.000000
 
23
    $atom:H1 $mol:. @atom:H  0.4238  0.8164904 0.00000  0.5773590
 
24
    $atom:H2 $mol:. @atom:H  0.4238  -0.8164904 0.00000 0.5773590
 
25
  }
 
26
 
 
27
  write_once("Data Masses") {
 
28
    @atom:O 15.9994
 
29
    @atom:H 1.008
 
30
  }
 
31
 
 
32
  write("Data Bonds") {
 
33
    $bond:OH1 @bond:OH $atom:O $atom:H1
 
34
    $bond:OH2 @bond:OH $atom:O $atom:H2
 
35
  }
 
36
 
 
37
  write("Data Angles") {
 
38
    $angle:HOH @angle:HOH $atom:H1 $atom:O $atom:H2
 
39
  }
 
40
 
 
41
  write_once("In Settings") {
 
42
    bond_coeff   @bond:OH     harmonic                 1000.0  1.0 
 
43
    angle_coeff  @angle:HOH   harmonic                 1000.0  109.47
 
44
    pair_coeff   @atom:O @atom:O  lj/charmm/coul/long  0.1553  3.166 
 
45
    pair_coeff   @atom:H @atom:H  lj/charmm/coul/long  0.0     2.058
 
46
    group spce type  @atom:O  @atom:H
 
47
    fix fShakeSPCE spce shake 0.0001 10 100 b @bond:OH a @angle:HOH
 
48
    # (Remember to "unfix" fShakeSPCE during minimization.)
 
49
  }
 
50
 
 
51
} # end of definition of "SPCE" water molecule type
 
52