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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/protein_folding_examples/1bead+chaperone/unfrustrated/run.in.nvt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/protein_folding_examples/1bead+chaperone/unfrustrated/run.in.nvt
 
1
# -- Init Section --
 
2
 
 
3
include system.in.init
 
4
 
 
5
# -- Atom Definition Section --
 
6
 
 
7
# I you want to be careful, you can minimize the system first.  
 
8
# (Try using "run.in.min" and uncomment the line below.)
 
9
# read_data system_after_min.data
 
10
 
 
11
read_data system.data
 
12
 
 
13
# -- Settings Section --
 
14
 
 
15
include system.in.settings
 
16
 
 
17
# -- Run Section --
 
18
 
 
19
 
 
20
timestep        0.025
 
21
dump            1 all custom 50 traj_nvt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
 
22
 
 
23
# To use Langevin dynamics in LAMMPS you need both "fix langevin" and "fix nve".
 
24
# (See http://lammps.sandia.gov/doc/fix_langevin.html for details.)
 
25
 
 
26
fix fxlan all langevin 0.39 0.39 1.0 48279
 
27
fix fxnve all nve
 
28
 
 
29
# Notes:
 
30
# The temperature is in reduced units and is set to 0.39
 
31
# which is the folding temperature for the unfrustrated protein.
 
32
# The inverse-damping-rate "damp" (which has units of time) is set to 1.0,
 
33
# as it was in the paper.  (Hopefully folding times should be similar.)
 
34
# (See http://lammps.sandia.gov/doc/fix_langevin.html)
 
35
 
 
36
 
 
37
thermo_style    custom step temp pe etotal press vol epair ebond eangle edihed
 
38
thermo_modify   norm no  #(report total energy not energy / num_atoms)
 
39
thermo          50     #(time interval for printing out "thermo" data)
 
40
 
 
41
#restart         100000000  restart_nvt
 
42
 
 
43
run             8000
 
44
 
 
45
write_data  system_after_nvt.data
 
46