← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/AMBER_force_field_examples/waterTIP3P+isobutane/moltemplate_files/isobutane.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/AMBER_force_field_examples/waterTIP3P+isobutane/moltemplate_files/isobutane.lt
1
 
import "gaff.lt"
2
 
 
3
 
# The "gaff.lt" file is usually located in $MOLTEMPLATE_PATH (and is 
4
 
# distributed with moltemplate. See the "Installation" section in the manual.)
5
 
# It contains definitions of the atoms "c3", "h1", as well as the bonded
6
 
# and non-bonded interactions between them (and many other atoms).
7
 
#
8
 
# Moltemplate is only a simple text manipulation tool.  It cannot
9
 
# calculate atomic charge using quantom chemistry methods.
10
 
# Atom charges for this example were taken from the OPLSAA force field file:
11
 
# http://dasher.wustl.edu/tinker/distribution/params/oplsaa.prm
12
 
# However, normally simulations in AMBER are assigned charges using the
13
 
# "HF/6-31G* RESP2" or "AM1-BCC3" methods using AmberTools.
14
 
 
15
 
 
16
 
Isobutane inherits GAFF {
17
 
 
18
 
  # atomID   molID  atomTyle   charge     X       Y        Z
19
 
  write('Data Atoms') {
20
 
    $atom:C0 $mol:. @atom:c3   -0.0600  -0.001  -0.001  -0.439
21
 
    $atom:C1 $mol:. @atom:c3   -0.1800  -1.257  -0.726   0.078
22
 
    $atom:C2 $mol:. @atom:c3   -0.1800   1.258  -0.726   0.072
23
 
    $atom:C3 $mol:. @atom:c3   -0.1800  -0.001   1.453   0.069
24
 
    $atom:H0 $mol:. @atom:h1    0.0600  -0.003  -0.004  -1.439
25
 
    $atom:H11 $mol:. @atom:h1   0.0600  -2.075  -0.255  -0.254
26
 
    $atom:H12 $mol:. @atom:h1   0.0600  -1.256  -0.724   1.078
27
 
    $atom:H13 $mol:. @atom:h1   0.0600  -1.259  -1.669  -0.253
28
 
    $atom:H21 $mol:. @atom:h1   0.0600   2.074  -0.255  -0.264
29
 
    $atom:H22 $mol:. @atom:h1   0.0600   1.258  -1.669  -0.259
30
 
    $atom:H23 $mol:. @atom:h1   0.0600   1.261  -0.724   1.072
31
 
    $atom:H31 $mol:. @atom:h1   0.0600  -0.817   1.923  -0.263
32
 
    $atom:H32 $mol:. @atom:h1   0.0600   0.816   1.923  -0.268
33
 
    $atom:H33 $mol:. @atom:h1   0.0600   0.003   1.456   1.070
34
 
  }
35
 
 
36
 
  #  The "." in "$mol:." refers to this molecule object's molecule ID
37
 
  #  (It means we do not expect this molecule to be a group or a subunit
38
 
  #   of a larger molecule.  Otherwise we would use "$mol:..." instead.)
39
 
 
40
 
  write('Data Bond List') {
41
 
    $bond:C01 $atom:C0 $atom:C1
42
 
    $bond:C02 $atom:C0 $atom:C2
43
 
    $bond:C03 $atom:C0 $atom:C3
44
 
    $bond:C0H $atom:C0 $atom:H0
45
 
    $bond:C1H1 $atom:C1 $atom:H11
46
 
    $bond:C1H2 $atom:C1 $atom:H12
47
 
    $bond:C1H3 $atom:C1 $atom:H13
48
 
    $bond:C2H1 $atom:C2 $atom:H21
49
 
    $bond:C2H2 $atom:C2 $atom:H22
50
 
    $bond:C2H3 $atom:C2 $atom:H23
51
 
    $bond:C3H1 $atom:C3 $atom:H31
52
 
    $bond:C3H2 $atom:C3 $atom:H32
53
 
    $bond:C3H3 $atom:C3 $atom:H33
54
 
  }
55
 
 
56
 
} # Isobutane