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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_explicit/nanotube+water/moltemplate_files/README.sh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_explicit/nanotube+water/moltemplate_files/README.sh
 
1
# This is a small version of a carbon-nanotube, water capillary system.
 
2
# It was inspired by this paper:
 
3
#
 
4
#    Laurent Joly, J. Chem. Phys. 135(21):214705 (2011)
 
5
#
 
6
# Note: To investigate the behavior from that paper, you would have to increase 
 
7
#       the spacing between the two graphene sheets to prevent the water from
 
8
#       making contact with the lower graphene wall. 
 
9
#
 
10
# Requirements: 1) Set your $MOLTEMPLATE_PATH variable
 
11
#               2) The "RIGID" LAMMPS package may be needed later
 
12
# To run this system at constant pressure, it might help to compile LAMMPS with
 
13
# the optional RIGID package, and use "fix rigid" on the carbon.  (Optional.)
 
14
#
 
15
# Also, if you have not yet done this set your MOLTEMPLATE_PATH environment 
 
16
# variable to access it.  (See installation instructions.)  
 
17
# Most likely some of the files in this example (like graphene.lt, tip3p2004.lt)
 
18
# are not in this directory, but are in the "common" directory.
 
19
# Set MOLTEMPLATE_PATH to point to the "common" directory.
 
20
#
 
21
# -----------------------------------------------------------
 
22
#
 
23
# To run moltemplate, use:
 
24
 
 
25
moltemplate.sh system.lt
 
26
 
 
27
# If you have VMD installed, you can run it this way to visualize the system:
 
28
#
 
29
# moltemplate.sh -vmd system.lt
 
30
#
 
31
# Either way, this will generate the following files (which LAMMPS reads):
 
32
#    system.data, system.in, system.in.init, system.in.settings