← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_biomolecules/metaphase_chromatin_Naumova+Imakaev2013/moltemplate_files/monomer.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_biomolecules/metaphase_chromatin_Naumova+Imakaev2013/moltemplate_files/monomer.lt
1
 
# This file contains the definition of a molecule named "Monomer".
2
 
# (This particular molecule contain only one atom, but that is up to you.)
3
 
# Later, multiple monomers can be connected together to build a molecule.
4
 
 
5
 
 
6
 
 
7
 
Monomer {
8
 
 
9
 
  # atom-id  mol-id(ignore)  atom-type    q      x        y        z
10
 
 
11
 
  write("Data Atoms") {
12
 
    $atom:a     $mol          @atom:A   0.000  0.00000  0.00000  0.00000
13
 
  }
14
 
 
15
 
  # (The x y z positions will be changed later with move commands
16
 
  #  You can spedify charge and other properties by changing the atom_style.)
17
 
 
18
 
 
19
 
 
20
 
  # atom-type  mass
21
 
 
22
 
  write_once("Data Masses") {
23
 
    @atom:A     1.0
24
 
  }
25
 
 
26
 
  # pairwise interactions (between non-bonded atoms):
27
 
  #
28
 
  #   U(r) = 4*eps*((r/sig)^12 - (r/sig)^6)
29
 
  # 
30
 
  # Note: when sigma=0.8908987181403393=2^(1/6), the minimia is at r=1.0
31
 
  #
32
 
  #           atom-type atom-type  pair_style epsilon  sigma   rcutoff
33
 
 
34
 
  write_once("In Settings") {
35
 
    # I usually use sigma = 2^(-(1/6)), with a cutoff of 1
36
 
    #pair_coeff  @atom:A  @atom:A   lj/cut  1.0 0.8908987181403393 1.0
37
 
    # In the 2013 Science (metaphase) paper, Imakaev used sigma=1.0
38
 
    # with a cutoff of 2^(1/6).  Here we are trying to reproduce his results.
39
 
    #    10nm fiber
40
 
    #pair_coeff  @atom:A  @atom:A   lj/cut   1.0      1.0   1.122462048309373
41
 
    #    30nm fiber (4.25^(1/2)=2.0615528128088303)
42
 
    #pair_coeff @atom:A @atom:A lj/cut 1.0 2.0615528128088303 2.314014792963349
43
 
    #    30nm fiber (4.25^(1/3)=1.6198059006387417)
44
 
    pair_coeff @atom:A @atom:A lj/cut 1.0 1.6198059006387417 1.8181706490945708
45
 
  }
46
 
 
47
 
} # Monomer
48
 
 
49
 
 
50
 
 
51
 
 
52
 
# --------------------------------------------------------------------
53
 
#
54
 
# At some point we need to specify which force-field styles we want.
55
 
# LAMMPS also allows you to customize the kinds of properties you want
56
 
# each atom to have (the "atom_style"), such as charge, molecule-id, dipole etc.
57
 
# I typically specify this here.  Doing it this way means that all systems built
58
 
# from "Monomers" (ie which import "monomer.lt") share these atom-styles 
59
 
# and force-field styles by default.  You can override these settings later.
60
 
 
61
 
 
62
 
write_once("In Init") {
63
 
  # Default styles for molecules built out of "Monomers"
64
 
  units           lj
65
 
  atom_style      full
66
 
 
67
 
  bond_style      hybrid harmonic table linear 4001
68
 
  angle_style     hybrid cosine
69
 
  dihedral_style  none
70
 
 
71
 
  #   If you need angles, dihedrals and impropers, uncomment or replace:
72
 
  # angle_style     hybrid harmonic
73
 
  # dihedral_style  hybrid fourier
74
 
 
75
 
  pair_style      hybrid lj/cut 2.5
76
 
 
77
 
  #   If you are using gpu acceleration uncomment these lines:
78
 
  # package gpu force/neigh 0 0 1.0
79
 
  # pair_style    hybrid lj/cut/gpu 4.0
80
 
 
81
 
  pair_modify     mix arithmetic
82
 
  special_bonds   lj/coul  1 1 1
83
 
}
84