← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_AMBER/waterTIP3P+isobutane/moltemplate_files/isobutane.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_AMBER/waterTIP3P+isobutane/moltemplate_files/isobutane.lt
 
1
import "gaff.lt"
 
2
 
 
3
# The "gaff.lt" file is usually located in $MOLTEMPLATE_PATH (and is 
 
4
# distributed with moltemplate. See the "Installation" section in the manual.)
 
5
# It contains definitions of the atoms "c3", "h1", as well as the bonded
 
6
# and non-bonded interactions between them (and many other atoms).
 
7
#
 
8
# Moltemplate is only a simple text manipulation tool.  It cannot
 
9
# calculate atomic charge using quantom chemistry methods.
 
10
# Atom charges for this example were taken from the OPLSAA force field file:
 
11
# http://dasher.wustl.edu/tinker/distribution/params/oplsaa.prm
 
12
# However, normally simulations in AMBER are assigned charges using the
 
13
# "HF/6-31G* RESP2" or "AM1-BCC3" methods using AmberTools.
 
14
 
 
15
 
 
16
Isobutane inherits GAFF {
 
17
 
 
18
  # atomID   molID  atomTyle   charge     X       Y        Z
 
19
  write('Data Atoms') {
 
20
    $atom:C0 $mol:. @atom:c3   -0.0600  -0.001  -0.001  -0.439
 
21
    $atom:C1 $mol:. @atom:c3   -0.1800  -1.257  -0.726   0.078
 
22
    $atom:C2 $mol:. @atom:c3   -0.1800   1.258  -0.726   0.072
 
23
    $atom:C3 $mol:. @atom:c3   -0.1800  -0.001   1.453   0.069
 
24
    $atom:H0 $mol:. @atom:hc    0.0600  -0.003  -0.004  -1.439
 
25
    $atom:H11 $mol:. @atom:hc   0.0600  -2.075  -0.255  -0.254
 
26
    $atom:H12 $mol:. @atom:hc   0.0600  -1.256  -0.724   1.078
 
27
    $atom:H13 $mol:. @atom:hc   0.0600  -1.259  -1.669  -0.253
 
28
    $atom:H21 $mol:. @atom:hc   0.0600   2.074  -0.255  -0.264
 
29
    $atom:H22 $mol:. @atom:hc   0.0600   1.258  -1.669  -0.259
 
30
    $atom:H23 $mol:. @atom:hc   0.0600   1.261  -0.724   1.072
 
31
    $atom:H31 $mol:. @atom:hc   0.0600  -0.817   1.923  -0.263
 
32
    $atom:H32 $mol:. @atom:hc   0.0600   0.816   1.923  -0.268
 
33
    $atom:H33 $mol:. @atom:hc   0.0600   0.003   1.456   1.070
 
34
  }
 
35
 
 
36
  #  The "." in "$mol:." refers to this molecule object's molecule ID
 
37
  #  (It means we do not expect this molecule to be a group or a subunit
 
38
  #   of a larger molecule.  Otherwise we would use "$mol:..." instead.)
 
39
 
 
40
  write('Data Bond List') {
 
41
    $bond:C01 $atom:C0 $atom:C1
 
42
    $bond:C02 $atom:C0 $atom:C2
 
43
    $bond:C03 $atom:C0 $atom:C3
 
44
    $bond:C0H $atom:C0 $atom:H0
 
45
    $bond:C1H1 $atom:C1 $atom:H11
 
46
    $bond:C1H2 $atom:C1 $atom:H12
 
47
    $bond:C1H3 $atom:C1 $atom:H13
 
48
    $bond:C2H1 $atom:C2 $atom:H21
 
49
    $bond:C2H2 $atom:C2 $atom:H22
 
50
    $bond:C2H3 $atom:C2 $atom:H23
 
51
    $bond:C3H1 $atom:C3 $atom:H31
 
52
    $bond:C3H2 $atom:C3 $atom:H32
 
53
    $bond:C3H3 $atom:C3 $atom:H33
 
54
  }
 
55
 
 
56
} # Isobutane