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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/file_conversion_examples/convert_LAMMPS_to_LT_examples/cnad-cnt/run.in.nvt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/file_conversion_examples/convert_LAMMPS_to_LT_examples/cnad-cnt/run.in.nvt
 
1
###########################################################
 
2
# Interaction of a carbon nanotube with a pair of mystery
 
3
# molecules (extracted from the cnat-cnt.data/in files).
 
4
###########################################################
 
5
#
 
6
# define the system being simulated:
 
7
 
 
8
# -- init section --
 
9
include system.in.init
 
10
 
 
11
# -- atom definition section --
 
12
 
 
13
read_data system.data
 
14
 
 
15
# -- settings section --
 
16
 
 
17
include system.in.settings
 
18
 
 
19
# -- run section --
 
20
 
 
21
 
 
22
timestep        0.05
 
23
dump            1 all custom 2000 traj_nvt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
 
24
 
 
25
# The Nose-Hoover thermostat used with "fix nvt" can produce very odd-looking
 
26
# dynamics in dilute systems with few atoms (such as this one).
 
27
# Commenting this next line out:
 
28
 
 
29
# fix             fxnvt all nvt temp 300.0 300.0 500.0 tchain 1
 
30
 
 
31
# Alternately, I receive fewer questions if I use langevin/nve instead:
 
32
fix fxlan all langevin 300.0 300.0 1000.0 48279 scale 3 1.5
 
33
fix fxnve all nve
 
34
 
 
35
 
 
36
thermo_style    custom step temp pe etotal press vol epair ebond eangle edihed
 
37
thermo          500  # time interval for printing out "thermo" data
 
38
#thermo_modify  flush yes
 
39
 
 
40
#restart         1000000  restart_nvt
 
41
 
 
42
run             500000
 
43
 
 
44
write_data  system_after_nvt.data
 
45
 
 
46