← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/read_data.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/read_data.txt
35
35
(detected by a .gz suffix).  This is one of 3 ways to specify initial
36
36
atom coordinates; see the "read_restart"_read_restart.html and
37
37
"create_atoms"_create_atoms.html commands for alternative methods.
 
38
Also see the explanation of the "-restart command-line
 
39
switch"_Section_start.html#start_7 which can convert a restart file to
 
40
a data file.
38
41
 
39
42
The structure of the data file is important, though many settings and
40
43
sections are optional or can come in any order.  See the examples
132
135
displacement applied to faces of an originally orthogonal box to
133
136
transform it into the parallelepiped.
134
137
 
135
 
The tilt factors (xy,xz,yz) can not skew the box more than half the
136
 
distance of the corresponding parallel box length.  For example, if
137
 
xlo = 2 and xhi = 12, then the x box length is 10 and the xy tilt
138
 
factor must be between -5 and 5.  Similarly, both xz and yz must be
139
 
between -(xhi-xlo)/2 and +(yhi-ylo)/2.  Note that this is not a
140
 
limitation, since if the maximum tilt factor is 5 (as in this
 
138
By default, the tilt factors (xy,xz,yz) can not skew the box more than
 
139
half the distance of the corresponding parallel box length.  For
 
140
example, if xlo = 2 and xhi = 12, then the x box length is 10 and the
 
141
xy tilt factor must be between -5 and 5.  Similarly, both xz and yz
 
142
must be between -(xhi-xlo)/2 and +(yhi-ylo)/2.  Note that this is not
 
143
a limitation, since if the maximum tilt factor is 5 (as in this
141
144
example), then configurations with tilt = ..., -15, -5, 5, 15, 25,
142
 
... are all geometrically equivalent.
 
145
... are all geometrically equivalent.  If you wish to define a box
 
146
with tilt factors that exceed these limits, you can use the "box
 
147
tilt"_box.html command, with a setting of {large}; a setting of
 
148
{small} is the default.
143
149
 
144
150
See "Section_howto 12"_Section_howto.html#howto_12 of the doc pages
145
151
for a geometric description of triclinic boxes, as defined by LAMMPS,
146
152
and how to transform these parameters to and from other commonly used
147
153
triclinic representations.
148
154
 
149
 
When a triclinic system is used, the simulation domain must be
150
 
periodic in any dimensions with a non-zero tilt factor, as defined by
151
 
the "boundary"_boundary.html command.  I.e. if the xy tilt factor is
152
 
non-zero, then both the x and y dimensions must be periodic.
153
 
Similarly, x and z must be periodic if xz is non-zero and y and z must
154
 
be periodic if yz is non-zero.  Also note that if your simulation will
155
 
tilt the box, e.g. via the "fix deform"_fix_deform.html command, the
156
 
simulation box must be defined as triclinic, even if the tilt factors
157
 
are initially 0.0.
 
155
When a triclinic system is used, the simulation domain should normally
 
156
be periodic in the dimension that the tilt is applied to, which is
 
157
given by the second dimension of the tilt factor (e.g. y for xy tilt).
 
158
This is so that pairs of atoms interacting across that boundary will
 
159
have one of them shifted by the tilt factor.  Periodicity is set by
 
160
the "boundary"_boundary.html command.  For example, if the xy tilt
 
161
factor is non-zero, then the y dimension should be periodic.
 
162
Similarly, the z dimension should be periodic if xz or yz is non-zero.
 
163
LAMMPS does not require this periodicity, but you may lose atoms if
 
164
this is not the case.
 
165
 
 
166
Also note that if your simulation will tilt the box, e.g. via the "fix
 
167
deform"_fix_deform.html command, the simulation box must be setup to
 
168
be triclinic, even if the tilt factors are initially 0.0.  You can
 
169
also change an orthogonal box to a triclinic box or vice versa by
 
170
using the "change box"_change_box.html command with its {ortho} and
 
171
{triclinic} options.
158
172
 
159
173
For 2d simulations, the {zlo zhi} values should be set to bound the z
160
174
coords for atoms that appear in the file; the default of -0.5 0.5 is
180
194
"fixed" boundary conditions (see the "boundary"_boundary.html
181
195
command).  When using "shrink-wrap" boundary conditions (see the
182
196
"boundary"_boundary.html command), a huge (mostly empty) box may cause
183
 
a parallel simulation to lose atoms the first time that LAMMPS
184
 
shrink-wraps the box around the atoms.
 
197
a parallel simulation to lose atoms when LAMMPS shrink-wraps the box
 
198
around the atoms.  The read_data command will generate an error
 
199
in this case.
185
200
 
186
201
The "extra bond per atom" setting (angle, dihedral, improper) is only
187
202
needed if new bonds (angles, dihedrals, impropers) will be added to
190
205
space in LAMMPS data structures for storing the new bonds (angles,
191
206
dihedrals, impropers).
192
207
 
193
 
The "extra special per atom" setting is only needed if new molecules
 
208
The "extra special per atom" setting is typically only needed if new
 
209
bonds/angles/etc will be added to the system, e.g. by using the "fix
 
210
bond/create"_fix_bond_create.html command.  Or if entire new molecules
194
211
will be added to the system, e.g. by using the "fix
195
212
deposit"_fix_deposit.html or "fix pour"_fix_pour.html commands, which
196
213
will have more special 1-2,1-3,1-4 neighbors than any other molecules
197
 
defined in the data file.  This will pre-allocate space in the LAMMPS
198
 
data structures for storing these neighbors.  See the
 
214
defined in the data file.  Using this setting will pre-allocate space
 
215
in the LAMMPS data structures for storing these neighbors.  See the
199
216
"special_bonds"_special_bonds.html and "molecule"_molecule.html doc
200
217
pages for more discussion of 1-2,1-3,1-4 neighbors.
201
218