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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/AMBER_force_field_examples/hexadecane/optional_cleanup/README_remove_irrelevant_info.sh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/AMBER_force_field_examples/hexadecane/optional_cleanup/README_remove_irrelevant_info.sh
1
 
  # MOST USERS CAN IGNORE THIS FILE
2
 
  #
3
 
  # Unfortunately, as of 2014-4-19, the system.data and system.in.settings file
4
 
  # which are created by moltemplate.sh contain a lot of irrelevant information,
5
 
  # such as definition of parameters for atom types not present in the current
6
 
  # system.  This extra information takes up about 1 MB.
7
 
  #
8
 
  # This appears to be harmless.
9
 
  # (Loading this extra information does not seem to slow down LAMMPS.)
10
 
  #
11
 
  # --------- OPTIONAL STEPS FOR STRIPPING OUT JUNK ---------
12
 
  #
13
 
  # However if you want to eliminate this junk from these files
14
 
  # For now, we can strip this out using ltemplify.py to build a new .lt file.
15
 
  #
16
 
  # I suggest you do this in a temporary_directory
17
 
 
18
 
  mkdir new_lt_file
19
 
  cd new_lt_file/
20
 
 
21
 
  # now run ltemplify.py
22
 
 
23
 
  ltemplify.py ../system.in.init ../system.in.settings ../system.data > system.lt
24
 
  rm -rf ../system.data ../system.in*  # these old lammps files no longer needed
25
 
 
26
 
  # This creates a new .LT file named "system.lt" in the local directory.
27
 
 
28
 
  # The ltemplify.py script also does not copy the boundary dimensions.
29
 
  # We must do this manually.
30
 
  # If you did NOT throw away the "Data Boundary" file usually located in
31
 
  # "moltemplate_files/output_ttree/Data Boundary"
32
 
  # then you can copy that information from this file into system.lt
33
 
 
34
 
  echo "write_once(\"Data Boundary\") {" >> system.lt
35
 
  cat "../moltemplate_files/output_ttree/Data Boundary" >> system.lt
36
 
  echo "}" >> system.lt
37
 
  echo "" >> system.lt
38
 
  # Now, run moltemplate on this new .LT file.
39
 
  moltemplate.sh system.lt
40
 
  # This will create: "system.data" "system.in.init" "system.in.settings."
41
 
 
42
 
  # That's it.  The new "system.data" and system.in.* files should
43
 
  # be ready to run in LAMMPS.
44
 
 
45
 
  # Now copy the system.data and system.in.* files to the place where
46
 
  # you plan to run moltemplate
47
 
  mv -f system.data system.in.* ../
48
 
  cd ../
49
 
 
50
 
  # Now delete all of the temporary files we generated
51
 
  rm -rf new_lt_file/
52