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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/hexadecane/README.TXT

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/hexadecane/README.TXT
1
 
This example is a simple simulation of 288 hexadecane molecules in a box at
2
 
room temperature and atmospheric pressure.  Please read the WARNING.TXT file.
3
 
 
4
 
-------- REQUIREMENTS: ---------
5
 
This example requires building LAMMPS with the "USER-MISC" package.
6
 
(because it uses dihedral_style fourier)
7
 
To do this, type "make yes-user-misc" before compiling LAMMPS.
8
 
 http://lammps.sandia.gov/doc/Section_start.html#start_3
9
 
 
10
 
More detailed instructions on how to build LAMMPS input files and 
11
 
run a short simulation are provided in other README files:
12
 
 
13
 
step 1) to setup the LAMMPS input files, run this file:
14
 
README_setup.sh
15
 
 
16
 
step 2) to run LAMMPS, follow the instructions in this file:
17
 
README_run.sh
18
 
 
19
 
------------ NOTE: There are two versions of this example. ----------------
20
 
 
21
 
Both examples use the same force-field parameters.
22
 
 
23
 
1) In this directory, all of the force-field parameters are listed explicitly
24
 
in the "alkanes.lt" file (located in the "moltemplate_files" directory).
25
 
This allows the user to manually control all of the force-field details.
26
 
 
27
 
2) However, there is an alternate version of this example in the 
28
 
"../AMBER_force_field_examples" directory.
29
 
In that version, the force-fields are loaded from a much larger file named
30
 
"gaff.lt" which contains all of the parameters in the AMBER GAFF force-field
31
 
database.  The "gaff.lt" is similar to the "alkanes.lt" file except that
32
 
it is larger (because it contains information for nearly all small organic
33
 
molecules).  It is located in a different directory (in the "common" directory).
34
 
 
35
 
Relying on "gaff.lt" frees the user from the drudgery of manually specifying
36
 
all of these force-field details for every molecule.  (However, the user must
37
 
be careful to choose @atom-type names which match AMBER GAFF conventions,
38
 
such as "c3" and "h1", in this example.)