← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/fix_ave_chunk.html

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/fix_ave_chunk.html
 
1
<HTML>
 
2
<CENTER><A HREF = "http://lammps.sandia.gov">LAMMPS WWW Site</A> - <A HREF = "Manual.html">LAMMPS Documentation</A> - <A HREF = "Section_commands.html#comm">LAMMPS Commands</A> 
 
3
</CENTER>
 
4
 
 
5
 
 
6
 
 
7
 
 
8
 
 
9
 
 
10
<HR>
 
11
 
 
12
<H3>fix ave/chunk command 
 
13
</H3>
 
14
<P><B>Syntax:</B>
 
15
</P>
 
16
<PRE>fix ID group-ID ave/chunk Nevery Nrepeat Nfreq chunkID value1 value2 ... keyword args ... 
 
17
</PRE>
 
18
<UL><LI>ID, group-ID are documented in <A HREF = "fix.html">fix</A> command 
 
19
 
 
20
<LI>ave/chunk = style name of this fix command 
 
21
 
 
22
<LI>Nevery = use input values every this many timesteps 
 
23
 
 
24
<LI>Nrepeat = # of times to use input values for calculating averages 
 
25
 
 
26
<LI>Nfreq = calculate averages every this many timesteps 
 
27
 
 
28
<LI>chunkID = ID of <A HREF = "compute_chunk_atom.html">compute chunk/atom</A> command 
 
29
 
 
30
<LI>one or more input values can be listed 
 
31
 
 
32
<LI>value = vx, vy, vz, fx, fy, fz, density/mass, density/number, temp, c_ID, c_ID[I], f_ID, f_ID[I], v_name 
 
33
 
 
34
<PRE>  vx,vy,vz,fx,fy,fz = atom attribute (velocity, force component)
 
35
  density/number, density/mass = number or mass density
 
36
  temp = temperature
 
37
  c_ID = per-atom vector calculated by a compute with ID
 
38
  c_ID[I] = Ith column of per-atom array calculated by a compute with ID
 
39
  f_ID = per-atom vector calculated by a fix with ID
 
40
  f_ID[I] = Ith column of per-atom array calculated by a fix with ID
 
41
  v_name = per-atom vector calculated by an atom-style variable with name 
 
42
</PRE>
 
43
<LI>zero or more keyword/arg pairs may be appended 
 
44
 
 
45
<LI>keyword = <I>norm</I> or <I>ave</I> or <I>bias</I> or <I>adof</I> or <I>cdof</I> or <I>file</I> or <I>overwrite</I> or <I>title1</I> or <I>title2</I> or <I>title3</I> 
 
46
 
 
47
<PRE>  <I>norm</I> arg = <I>all</I> or <I>sample</I> or <I>none</I> = how output on <I>Nfreq</I> steps is normalized
 
48
    all = output is sum of atoms across all <I>Nrepeat</I> samples, divided by atom count
 
49
    sample = output is sum of <I>Nrepeat</I> sample averages, divided by <I>Nrepeat</I>
 
50
    none = output is sum of <I>Nrepeat</I> sums, divided by <I>Nrepeat</I>
 
51
  <I>ave</I> args = <I>one</I> or <I>running</I> or <I>window M</I>
 
52
    one = output new average value every Nfreq steps
 
53
    running = output cumulative average of all previous Nfreq steps
 
54
    window M = output average of M most recent Nfreq steps
 
55
  <I>bias</I> arg = bias-ID
 
56
    bias-ID = ID of a temperature compute that removes a velocity bias for temperature calculation
 
57
  <I>adof</I> value = dof_per_atom
 
58
    dof_per_atom = define this many degrees-of-freedom per atom for temperature calculation
 
59
  <I>cdof</I> value = dof_per_chunk
 
60
    dof_per_chunk = define this many degrees-of-freedom per chunk for temperature calculation
 
61
  <I>file</I> arg = filename
 
62
    filename = file to write results to
 
63
  <I>overwrite</I> arg = none = overwrite output file with only latest output
 
64
  <I>title1</I> arg = string
 
65
    string = text to print as 1st line of output file
 
66
  <I>title2</I> arg = string
 
67
    string = text to print as 2nd line of output file
 
68
  <I>title3</I> arg = string
 
69
    string = text to print as 3rd line of output file 
 
70
</PRE>
 
71
 
 
72
</UL>
 
73
<P><B>Examples:</B>
 
74
</P>
 
75
<PRE>fix 1 all ave/chunk 10000 1 10000 binchunk c_myCentro title1 "My output values"
 
76
fix 1 flow ave/chunk 100 10 1000 molchunk vx vz norm sample file vel.profile
 
77
fix 1 flow ave/chunk 100 5 1000 binchunk density/mass ave running
 
78
fix 1 flow ave/chunk 100 5 1000 binchunk density/mass ave running 
 
79
</PRE>
 
80
<P><B>IMPORTANT NOTE:</B>
 
81
</P>
 
82
<P>If you are trying to replace an older fix ave/spatial command with the
 
83
newer, more flexible fix ave/chunk and <A HREF = "compute_chunk_atom.html">compute
 
84
chunk/atom</A> commands, you simply need to split
 
85
the fix ave/spatial arguments across the two new commands.  For
 
86
example, this command:
 
87
</P>
 
88
<PRE>fix 1 flow ave/spatial 100 10 1000 y 0.0 1.0 vx vz norm sample file vel.profile 
 
89
</PRE>
 
90
<P>could be replaced by:
 
91
</P>
 
92
<PRE>compute cc1 flow chunk/atom bin/1d y 0.0 1.0 
 
93
fix 1 flow ave/chunk 100 10 1000 cc1 vx vz norm sample file vel.profile 
 
94
</PRE>
 
95
<P><B>Description:</B>
 
96
</P>
 
97
<P>Use one or more per-atom vectors as inputs every few timesteps, sum
 
98
the values over the atoms in each chunk at each timestep, then average
 
99
the per-chunk values over longer timescales.  The resulting chunk
 
100
averages can be used by other <A HREF = "Section_howto.html#howto_15">output
 
101
commands</A> such as <A HREF = "thermo_style.html">thermo_style
 
102
custom</A>, and can also be written to a file.
 
103
</P>
 
104
<P>In LAMMPS, chunks are collections of atoms defined by a <A HREF = "compute_chunk_atom.html">compute
 
105
chunk/atom</A> command, which assigns each atom
 
106
to a single chunk (or no chunk).  The ID for this command is specified
 
107
as chunkID.  For example, a single chunk could be the atoms in a
 
108
molecule or atoms in a spatial bin.  See the <A HREF = "compute_chunk_atom.html">compute
 
109
chunk/atom</A> doc page and "<A HREF = "Section_howto.html#howto_23">Section_howto
 
110
23</A> for details of how chunks can be
 
111
defined and examples of how they can be used to measure properties of
 
112
a system.
 
113
</P>
 
114
<P>Note that only atoms in the specified group contribute to the summing
 
115
and averaging calculations.  The <A HREF = "compute_chunk_atom.html">compute
 
116
chunk/atom</A> command defines its own group as
 
117
well as an optional region.  Atoms will have a chunk ID = 0, meaning
 
118
they belong to no chunk, if they are not in that group or region.
 
119
Thus you can specify the "all" group for this command if you simply
 
120
want to use the chunk definitions provided by chunkID.
 
121
</P>
 
122
<P>Each specified per-atom value can be an atom attribute (position,
 
123
velocity, force component), a mass or number density, or the result of
 
124
a <A HREF = "compute.html">compute</A> or <A HREF = "fix.html">fix</A> or the evaluation of an
 
125
atom-style <A HREF = "variable.html">variable</A>.  In the latter cases, the
 
126
compute, fix, or variable must produce a per-atom quantity, not a
 
127
global quantity.  Note that the <A HREF = "compute_property_atom.html">compute
 
128
property/atom</A> command provides access to
 
129
any attribute defined and stored by atoms.  If you wish to
 
130
time-average global quantities from a compute, fix, or variable, then
 
131
see the <A HREF = "fix_ave_time.html">fix ave/time</A> command.
 
132
</P>
 
133
<P><A HREF = "compute.html">Computes</A> that produce per-atom quantities are those
 
134
which have the word <I>atom</I> in their style name.  See the doc pages for
 
135
individual <A HREF = "fix.html">fixes</A> to determine which ones produce per-atom
 
136
quantities.  <A HREF = "variable.html">Variables</A> of style <I>atom</I> are the only
 
137
ones that can be used with this fix since all other styles of variable
 
138
produce global quantities.
 
139
</P>
 
140
<P>The per-atom values of each input vector are summed and averaged
 
141
independently of the per-atom values in other input vectors.
 
142
</P>
 
143
<P>IMPORTANT NOTE: This fix works by creating an array of size <I>Nchunk</I>
 
144
by Nvalues on each processor.  <I>Nchunk</I> is the number of chunks which
 
145
is defined by the <A HREF = "doc/compute_chunk_atom.html">compute chunk/atom</A>
 
146
command.  Nvalues is the number of input values specified.  Each
 
147
processor loops over its atoms, tallying its values to the appropriate
 
148
chunk.  Then the entire array is summed across all processors.  This
 
149
means that using a large number of chunks will incur an overhead in
 
150
memory and computational cost (summing across processors), so be
 
151
careful to define a reasonable number of chunks.
 
152
</P>
 
153
<HR>
 
154
 
 
155
<P>The <I>Nevery</I>, <I>Nrepeat</I>, and <I>Nfreq</I> arguments specify on what
 
156
timesteps the input values will be accessed and contribute to the
 
157
average.  The final averaged quantities are generated on timesteps
 
158
that are a multiples of <I>Nfreq</I>.  The average is over <I>Nrepeat</I>
 
159
quantities, computed in the preceding portion of the simulation every
 
160
<I>Nevery</I> timesteps.  <I>Nfreq</I> must be a multiple of <I>Nevery</I> and
 
161
<I>Nevery</I> must be non-zero even if <I>Nrepeat</I> is 1.  Also, the timesteps
 
162
contributing to the average value cannot overlap, i.e. Nfreq >
 
163
(Nrepeat-1)*Nevery is required.
 
164
</P>
 
165
<P>For example, if Nevery=2, Nrepeat=6, and Nfreq=100, then values on
 
166
timesteps 90,92,94,96,98,100 will be used to compute the final average
 
167
on timestep 100.  Similarly for timesteps 190,192,194,196,198,200 on
 
168
timestep 200, etc.  If Nrepeat=1 and Nfreq = 100, then no time
 
169
averaging is done; values are simply generated on timesteps
 
170
100,200,etc.
 
171
</P>
 
172
<P>Each input value can also be averaged over the atoms in each chunk.
 
173
The way the averaging is done across the <I>Nrepeat</I> timesteps to
 
174
produce output on the <I>Nfreq</I> timesteps, and across multiple <I>Nfreq</I>
 
175
outputs, is determined by the <I>norm</I> and <I>ave</I> keyword settings, as
 
176
discussed below.
 
177
</P>
 
178
<P>IMPORTANT NOTE: To perform per-chunk averaging within a <I>Nfreq</I> time
 
179
window, the number of chunks <I>Nchunk</I> defined by the <A HREF = "compute_chunk_atom.html">compute
 
180
chunk/atom</A> command must remain constant.  If
 
181
the <I>ave</I> keyword is set to <I>running</I> or <I>window</I> then <I>Nchunk</I> must
 
182
remain constant for the duration of the simulation.  This fix forces
 
183
the chunk/atom compute specified by chunkID to hold <I>Nchunk</I> constant
 
184
for the appropriate time windows, by not allowing it to re-calcualte
 
185
<I>Nchunk</I>, which can also affect how it assigns chunk IDs to atoms.
 
186
More details are given on the <A HREF = "compute_chunk_atom.html">compute
 
187
chunk/atom</A> doc page.
 
188
</P>
 
189
<HR>
 
190
 
 
191
<P>The atom attribute values (vx,vy,vz,fx,fy,fz) are self-explanatory.
 
192
As noted above, any other atom attributes can be used as input values
 
193
to this fix by using the <A HREF = "compute_property_atom.html">compute
 
194
property/atom</A> command and then specifying
 
195
an input value from that compute.
 
196
</P>
 
197
<P>The <I>density/number</I> value means the number density is computed for
 
198
each chunk, i.e. number/volume.  The <I>density/mass</I> value means the
 
199
mass density is computed for each chunk, i.e. total-mass/volume.  The
 
200
output values are in units of 1/volume or density (mass/volume).  See
 
201
the <A HREF = "units.html">units</A> command doc page for the definition of density
 
202
for each choice of units, e.g. gram/cm^3.  If the chunks defined by
 
203
the <A HREF = "compute_chunk_atom.html">compute chunk/atom</A> command are spatial
 
204
bins, the volume is the bin volume.  Otherwise it is the volume of the
 
205
entire simulation box.
 
206
</P>
 
207
<P>The <I>temp</I> value means the temperature is computed for each chunk, by
 
208
the formula KE = DOF/2 k T, where KE = total kinetic energy of the
 
209
chunk of atoms (sum of 1/2 m v^2), DOF = the total number of degrees
 
210
of freedom for all atoms in the chunk, k = Boltzmann constant, and T =
 
211
temperature.
 
212
</P>
 
213
<P>The DOF is calculated as N*adof + cdof, where N = number of atoms in
 
214
the chunk, adof = degrees of freedom per atom, and cdof = degrees of
 
215
freedom per chunk.  By default adof = 2 or 3 = dimensionality of
 
216
system, as set via the <A HREF = "dimension.html">dimension</A> command, and cdof =
 
217
0.0.  This gives the usual formula for temperature.
 
218
</P>
 
219
<P>Note that currently this temperature only includes translational
 
220
degrees of freedom for each atom.  No rotational degrees of freedom
 
221
are included for finite-size particles.  Also no degrees of freedom
 
222
are subtracted for any velocity bias or constraints that are applied,
 
223
such as <A HREF = "compute_temp_partial.html">compute temp/partial</A>, or <A HREF = "fix_shake.html">fix
 
224
shake</A> or <A HREF = "fix_rigid.html">fix rigid</A>.  This is because
 
225
those degrees of freedom (e.g. a constrained bond) could apply to sets
 
226
of atoms that are both included and excluded from a specific chunk,
 
227
and hence the concept is somewhat ill-defined.  In some cases, you can
 
228
use the <I>adof</I> and <I>cdof</I> keywords to adjust the calculated degress of
 
229
freedom appropriately, as explained below.
 
230
</P>
 
231
<P>Also note that a bias can be subtracted from atom velocities before
 
232
they are used in the above formula for KE, by using the <I>bias</I>
 
233
keyword.  This allows, for example, a thermal temperature to be
 
234
computed after removal of a flow velocity profile.
 
235
</P>
 
236
<P>Note that the per-chunk temperature calculated by this fix and the
 
237
<A HREF = "compute_temp_chunk.html">compute temp/chunk</A> command can be different.
 
238
The compute calculates the temperature for each chunk for a single
 
239
snapshot.  This fix can do that but can also time average those values
 
240
over many snapshots, or it can compute a temperature as if the atoms
 
241
in the chunk on different timesteps were collected together as one set
 
242
of atoms to calculate their temperature.  The compute allows the
 
243
center-of-mass velocity of each chunk to be subtracted before
 
244
calculating the temperature; this fix does not.
 
245
</P>
 
246
<P>If a value begins with "c_", a compute ID must follow which has been
 
247
previously defined in the input script.  If no bracketed integer is
 
248
appended, the per-atom vector calculated by the compute is used.  If a
 
249
bracketed integer is appended, the Ith column of the per-atom array
 
250
calculated by the compute is used.  Users can also write code for
 
251
their own compute styles and <A HREF = "Section_modify.html">add them to LAMMPS</A>.
 
252
</P>
 
253
<P>If a value begins with "f_", a fix ID must follow which has been
 
254
previously defined in the input script.  If no bracketed integer is
 
255
appended, the per-atom vector calculated by the fix is used.  If a
 
256
bracketed integer is appended, the Ith column of the per-atom array
 
257
calculated by the fix is used.  Note that some fixes only produce
 
258
their values on certain timesteps, which must be compatible with
 
259
<I>Nevery</I>, else an error results.  Users can also write code for their
 
260
own fix styles and <A HREF = "Section_modify.html">add them to LAMMPS</A>.
 
261
</P>
 
262
<P>If a value begins with "v_", a variable name must follow which has
 
263
been previously defined in the input script.  Variables of style
 
264
<I>atom</I> can reference thermodynamic keywords and various per-atom
 
265
attributes, or invoke other computes, fixes, or variables when they
 
266
are evaluated, so this is a very general means of generating per-atom
 
267
quantities to average within chunks.
 
268
</P>
 
269
<HR>
 
270
 
 
271
<P>Additional optional keywords also affect the operation of this fix
 
272
and its outputs.
 
273
</P>
 
274
<P>The <I>norm</I> keyword affects how averaging is done for the per-chunk
 
275
values that are output every <I>Nfreq</I> timesteps.
 
276
</P>
 
277
<P>It the <I>norm</I> setting is <I>all</I>, which is the default, a chunk value is
 
278
summed over all atoms in all <I>Nrepeat</I> samples, as is the count of
 
279
atoms in the chunk.  The averaged output value for the chunk on the
 
280
<I>Nfreq</I> timesteps is Total-sum / Total-count.  In other words it is an
 
281
average over atoms across the entire <I>Nfreq</I> timescale.
 
282
</P>
 
283
<P>If the <I>norm</I> setting is <I>sample</I>, the chunk value is summed over atoms
 
284
for each sample, as is the count, and an "average sample value" is
 
285
computed for each sample, i.e. Sample-sum / Sample-count.  The outuput
 
286
value for the chunk on the <I>Nfreq</I> timesteps is the average of the
 
287
<I>Nrepeat</I> "average sample values", i.e. the sum of <I>Nrepeat</I> "average
 
288
sample values" divided by <I>Nrepeat</I>.  In other words it is an average
 
289
of an average.
 
290
</P>
 
291
<P>If the <I>norm</I> setting is <I>none</I>, a similar computation as for the
 
292
<I>sample</I> seting is done, except the individual "average sample values"
 
293
are "summed sample values".  A summed sample value is simply the chunk
 
294
value summed over atoms in the sample, without dividing by the number
 
295
of atoms in the sample.  The outuput value for the chunk on the
 
296
<I>Nfreq</I> timesteps is the average of the <I>Nrepeat</I> "summed sample
 
297
values", i.e. the sum of <I>Nrepeat</I> "summed sample values" divided by
 
298
<I>Nrepeat</I>.
 
299
</P>
 
300
<P>The <I>ave</I> keyword determines how the per-chunk values produced every
 
301
<I>Nfreq</I> steps are averaged with values produced on previous steps that
 
302
were multiples of <I>Nfreq</I>, before they are accessed by another output
 
303
command or written to a file.
 
304
</P>
 
305
<P>If the <I>ave</I> setting is <I>one</I>, which is the default, then the chunk
 
306
values produced on timesteps that are multiples of <I>Nfreq</I> are
 
307
independent of each other; they are output as-is without further
 
308
averaging.
 
309
</P>
 
310
<P>If the <I>ave</I> setting is <I>running</I>, then the chunk values produced on
 
311
timesteps that are multiples of <I>Nfreq</I> are summed and averaged in a
 
312
cumulative sense before being output.  Each output chunk value is thus
 
313
the average of the chunk value produced on that timestep with all
 
314
preceding values for the same chunk.  This running average begins when
 
315
the fix is defined; it can only be restarted by deleting the fix via
 
316
the <A HREF = "unfix.html">unfix</A> command, or re-defining the fix by
 
317
re-specifying it.
 
318
</P>
 
319
<P>If the <I>ave</I> setting is <I>window</I>, then the chunk values produced on
 
320
timesteps that are multiples of <I>Nfreq</I> are summed and averaged within
 
321
a moving "window" of time, so that the last M values for the same
 
322
chunk are used to produce the output.  E.g. if M = 3 and Nfreq = 1000,
 
323
then the output on step 10000 will be the average of the individual
 
324
chunk values on steps 8000,9000,10000.  Outputs on early steps will
 
325
average over less than M values if they are not available.
 
326
</P>
 
327
<P>The <I>bias</I> keyword specifies the ID of a temperature compute that
 
328
removes a "bias" velocity from each atom, specified as <I>bias-ID</I>.  It
 
329
is only used when the <I>temp</I> value is calculated, to compute the
 
330
thermal temperature of each chunk after the translational kinetic
 
331
energy components have been altered in a prescribed way, e.g.  to
 
332
remove a flow velocity profile.  See the doc pages for individual
 
333
computes that calculate a temperature to see which ones implement a
 
334
bias.
 
335
</P>
 
336
<P>The <I>adof</I> and <I>cdof</I> keywords define the values used in the degree of
 
337
freedom (DOF) formula described above for for temperature calculation
 
338
for each chunk.  They are only used when the <I>temp</I> value is
 
339
calculated.  They can be used to calculate a more appropriate
 
340
temperature for some kinds of chunks.  Here are 3 examples.
 
341
</P>
 
342
<P>If spatially binned chunks contain some number of water molecules and
 
343
<A HREF = "fix_shake.html">fix shake</A> is used to make each molecule rigid, then
 
344
you could calculate a temperature with 6 degrees of freedom (DOF) (3
 
345
translational, 3 rotational) per molecule by setting <I>adof</I> to 2.0.
 
346
If <A HREF = "compute_temp_partial.html">compute temp/partial</A> is used with the
 
347
<I>bias</I> keyword to only allow the x component of velocity to contribute
 
348
to the temperature, then <I>adof</I> = 1.0 would be appropriate.  If each
 
349
chunk consists of a large molecule, with some number of its bonds
 
350
constrained by <A HREF = "fix_shake.html">fix shake</A> or the entire molecule by
 
351
<A HREF = "fix_rigid.html">fix rigid/small</A>, then <I>cdof</I> could be set to the
 
352
remaining degrees of freedom for the entire molecule (entire chunk in
 
353
this case).
 
354
</P>
 
355
<P>The <I>file</I> keyword allows a filename to be specified.  Every <I>Nfreq</I>
 
356
timesteps, a section of chunk info will be written to a text file in
 
357
the following format.  A line with the timestep and number of chunks
 
358
is written.  Then one line per chunk is written, containing the chunk
 
359
ID (1-Nchunk), an optional original ID value, optional coordinate
 
360
values for chunks that represent spatial bins, the number of atoms in
 
361
the chunk, and one or more calculated values.  More explanation of the
 
362
optional values is given below.  The number of values in each line
 
363
corresponds to the number of values specified in the fix ave/chunk
 
364
command.  The number of atoms and the value(s) are summed or average
 
365
quantities, as explained above.
 
366
</P>
 
367
<P>The <I>overwrite</I> keyword will continuously overwrite the output file
 
368
with the latest output, so that it only contains one timestep worth of
 
369
output.  This option can only be used with the <I>ave running</I> setting.
 
370
</P>
 
371
<P>The <I>title1</I> and <I>title2</I> and <I>title3</I> keywords allow specification of
 
372
the strings that will be printed as the first 3 lines of the output
 
373
file, assuming the <I>file</I> keyword was used.  LAMMPS uses default
 
374
values for each of these, so they do not need to be specified.
 
375
</P>
 
376
<P>By default, these header lines are as follows:
 
377
</P>
 
378
<PRE># Chunk-averaged data for fix ID and group name
 
379
# Timestep Number-of-chunks
 
380
# Chunk (OrigID) (Coord1) (Coord2) (Coord3) Ncount value1 value2 ... 
 
381
</PRE>
 
382
<P>In the first line, ID and name are replaced with the fix-ID and group
 
383
name.  The second line describes the two values that are printed at
 
384
the first of each section of output.  In the third line the values are
 
385
replaced with the appropriate value names, e.g. fx or c_myCompute<B>2</B>.
 
386
</P>
 
387
<P>The words in parenthesis only appear with corresponding columns if the
 
388
chunk style specified for the <A HREF = "compute_chunk_atom.html">compute
 
389
chunk/atom</A> command supports them.  The OrigID
 
390
column is only used if the <I>compress</I> keyword was set to <I>yes</I> for the
 
391
<A HREF = "compute_chunk_atom.html">compute chunk/atom</A> command.  This means that
 
392
the original chunk IDs (e.g. molecule IDs) will have been compressed
 
393
to remove chunk IDs with no atoms assigned to them.  Thus a compresed
 
394
chunk ID of 3 may correspond to an original chunk ID or molecule ID of
 
395
415.  The OrigID column will list 415 for the 3rd chunk.
 
396
</P>
 
397
<P>The CoordN columns only appear if a <I>binning</I> style was used in the
 
398
<A HREF = "compute_chunk_atom.html">compute chunk/atom</A> command.  For <I>bin/1d</I>,
 
399
<I>bin/2d</I>, and <I>bin/3d</I> styles the column values are the center point
 
400
of the bin in the corresponding dimension.  Just Coord1 is used for
 
401
<I>bin/1d</I>, Coord2 is added for <I>bin/2d</I>, Coord3 is added for <I>bin/3d</I>.
 
402
</P>
 
403
<P>Note that if the value of the <I>units</I> keyword used in the <A HREF = "compute_chunk_atom.html">compute
 
404
chunk/atom command</A> is <I>box</I> or <I>lattice</I>, the
 
405
coordinate values will be in distance <A HREF = "units.html">units</A>.  If the
 
406
value of the <I>units</I> keyword is <I>reduced</I>, the coordinate values will
 
407
be in unitless reduced units (0-1).
 
408
</P>
 
409
<HR>
 
410
 
 
411
<P><B>Restart, fix_modify, output, run start/stop, minimize info:</B>
 
412
</P>
 
413
<P>No information about this fix is written to <A HREF = "restart.html">binary restart
 
414
files</A>.  None of the <A HREF = "fix_modify.html">fix_modify</A> options
 
415
are relevant to this fix.
 
416
</P>
 
417
<P>This fix computes a global array of values which can be accessed by
 
418
various <A HREF = "Section_howto.html#howto_15">output commands</A>.  The values can
 
419
only be accessed on timesteps that are multiples of <I>Nfreq</I> since that
 
420
is when averaging is performed.  The global array has # of rows =
 
421
the number of chunks <I>Nchunk</I> as calculated by the specified <A HREF = "compute_chunk_atom.html">compute
 
422
chunk/atom</A> command.  The # of columns =
 
423
M+1+Nvalues, where M = 1 to 4, depending on whether the optional
 
424
columns for OrigID and CoordN are used, as explained above.
 
425
Following the optional columns, the next column contains the count of
 
426
atoms in the chunk, and the remaining columns are the Nvalue
 
427
quantities.  When the array is accessed with a row I that exceeds the
 
428
current number of chunks, than a 0.0 is returned by the fix instead of
 
429
an error, since the number of chunks can vary as a simulation runs
 
430
depending on how that value is computed by the compute chunk/atom
 
431
command.
 
432
</P>
 
433
<P>The array values calculated by this fix are treated as "intensive",
 
434
since they are typically already normalized by the count of atoms in
 
435
each chunk.
 
436
</P>
 
437
<P>No parameter of this fix can be used with the <I>start/stop</I> keywords of
 
438
the <A HREF = "run.html">run</A> command.  This fix is not invoked during <A HREF = "minimize.html">energy
 
439
minimization</A>.
 
440
</P>
 
441
<P><B>Restrictions:</B> none
 
442
</P>
 
443
<P><B>Related commands:</B>
 
444
</P>
 
445
<P><A HREF = "compute.html">compute</A>, <A HREF = "fix_ave_atom.html">fix ave/atom</A>, <A HREF = "fix_ave_histo.html">fix
 
446
ave/histo</A>, <A HREF = "fix_ave_time.html">fix ave/time</A>,
 
447
<A HREF = "variable.html">variable</A>, <A HREF = "fix_ave_correlate.html">fix ave/correlate</A>
 
448
</P>
 
449
<P><B>Default:</B>
 
450
</P>
 
451
<P>The option defaults are norm = all, ave = one, bias = none, no file output, and
 
452
title 1,2,3 = strings as described above.
 
453
</P>
 
454
</HTML>