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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_biomolecules/protein_folding_examples/1bead+chaperone/frustrated/run_short_sim.in.nvt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_biomolecules/protein_folding_examples/1bead+chaperone/frustrated/run_short_sim.in.nvt
1
 
# -- Init Section --
2
 
 
3
 
include system.in.init
4
 
 
5
 
# -- Atom Definition Section --
6
 
 
7
 
# I you want to be careful, you can minimize the system first.  (Try using 
8
 
# "run.in.min" and uncomment the read_restart command in this file below.)
9
 
# read_restart system_after_min.rst
10
 
 
11
 
read_data system.data
12
 
 
13
 
# -- Settings Section --
14
 
 
15
 
include system.in.settings
16
 
 
17
 
# -- Run Section --
18
 
 
19
 
 
20
 
timestep        0.025
21
 
dump            1 all custom 50 traj_nvt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
22
 
 
23
 
# To use Langevin dynamics in LAMMPS you need both "fix langevin" and "fix nve".
24
 
# (See http://lammps.sandia.gov/doc/fix_langevin.html for details.)
25
 
 
26
 
# Keep the chaperonin fixed.  Only let the protein move.
27
 
 
28
 
fix fxlan proteins langevin 0.25 0.25 1.0 48279
29
 
fix fxnve proteins nve
30
 
 
31
 
# Notes:
32
 
# The temperature is in reduced units and is set to 0.25
33
 
# which is the folding temperature for the frustrated protein
34
 
# The inverse-damping-rate "damp" (which has units of time) is set to 1.0,
35
 
# as it was in the paper.  (Hopefully folding times should be similar.)
36
 
# (See http://lammps.sandia.gov/doc/fix_langevin.html)
37
 
 
38
 
 
39
 
thermo_style    custom step temp pe etotal press vol epair ebond eangle edihed
40
 
thermo_modify   norm no  #(report total energy not energy / num_atoms)
41
 
thermo          50      #(time interval for printing out "thermo" data)
42
 
 
43
 
#restart         100000000  restart_nvt
44
 
 
45
 
# Just run it long enough for it to collapse (not fold)
46
 
# (If you need to run it longer, then dump trajectory data less frequently.)
47
 
run             50000
48
 
 
49
 
write_restart  system_after_nvt.rst
50