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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/abstract_random_heteropolymer/README_setup.sh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/abstract_random_heteropolymer/README_setup.sh
 
1
# Use these commands to generate the LAMMPS input script and data file
 
2
# (and other auxilliary files):
 
3
 
 
4
 
 
5
# Create LAMMPS input files this way:
 
6
cd moltemplate_files
 
7
 
 
8
  # run moltemplate
 
9
 
 
10
  moltemplate.sh system.lt
 
11
 
 
12
  # This will generate various files with names ending in *.in* and *.data. 
 
13
  # These files are the input files directly read by LAMMPS.  Move them to 
 
14
  # the parent directory (or wherever you plan to run the simulation).
 
15
 
 
16
  mv -f system.in* system.data ../
 
17
 
 
18
  # Optional:
 
19
  # The "./output_ttree/" directory is full of temporary files generated by 
 
20
  # moltemplate.  They can be useful for debugging, but are usually thrown away.
 
21
  rm -rf output_ttree/
 
22
 
 
23
cd ../