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  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
doc/compute_stress_atom.html
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<P>Note that the stress for each atom is due to its interaction with all
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other atoms in the simulation, not just with other atoms in the group.
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</P>
 
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<P>Details of how LAMMPS computes the virial for individual atoms for
 
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either pairwise or manybody potentials, and including the effects of
 
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periodic boundary conditions is discussed in <A HREF = "#Thompson">(Thompson)</A>.
 
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The basic idea for manybody potentials is to treat each component of
 
82
the force computation between a small cluster of atoms in the same
 
83
manner as in the formula above for bond, angle, dihedral, etc
 
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interactions.  Namely the quantity R dot F is summed over the atoms in
 
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the interaction, with the R vectors unwrapped by periodic boundaries
 
86
so that the cluster of atoms is close together.  The total
 
87
contribution for the cluster interaction is divided evenly among those
 
88
atoms.
 
89
</P>
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<P>The <A HREF = "dihedral_charmm.html">dihedral_style charmm</A> style calculates
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pairwise interactions between 1-4 atoms.  The virial contribution of
80
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these terms is included in the pair virial, not the dihedral virial.
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165
 
154
166
<P><B>(Sirk)</B> Sirk, Moore, Brown, J Chem Phys, 138, 064505 (2013).
155
167
</P>
 
168
<A NAME = "Thompson"></A>
 
169
 
 
170
<P><B>(Thompson)</B> Thompson, Plimpton, Mattson, J Chem Phys, 131, 154107 (2009).
 
171
</P>
156
172
</HTML>