← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/coreshell/in.coreshell

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/coreshell/in.coreshell
 
1
# Testsystem for core-shell model compared to Mitchel and Finchham
 
2
# Hendrik Heenen, June 2014
 
3
 
 
4
# ------------------------ INITIALIZATION ----------------------------
 
5
 
 
6
units           metal
 
7
dimension       3
 
8
boundary        p       p       p
 
9
atom_style      full
 
10
 
 
11
# ----------------------- ATOM DEFINITION ----------------------------
 
12
 
 
13
fix csinfo all property/atom i_CSID
 
14
read_data data.coreshell fix csinfo NULL CS-Info
 
15
 
 
16
group cores type 1 2
 
17
group shells type 3 4
 
18
 
 
19
neighbor 2.0 bin
 
20
comm_modify vel yes
 
21
 
 
22
# ------------------------ FORCE FIELDS ------------------------------
 
23
 
 
24
kspace_style ewald 1.0e-6
 
25
pair_style   born/coul/long/cs 20.0 20.0    # A, rho, sigma=0, C, D 
 
26
pair_coeff   * *      0.0 1.000   0.00  0.00   0.00
 
27
pair_coeff   3 3    487.0 0.23768 0.00  1.05   0.50 #Na-Na
 
28
pair_coeff   3 4 145134.0 0.23768 0.00  6.99   8.70 #Na-Cl
 
29
pair_coeff   4 4 405774.0 0.23768 0.00 72.40 145.40 #Cl-Cl
 
30
 
 
31
bond_style harmonic
 
32
bond_coeff 1 63.014 0.0
 
33
bond_coeff 2 25.724 0.0
 
34
 
 
35
# ------------------------ Equilibration Run -------------------------------
 
36
 
 
37
reset_timestep 0
 
38
 
 
39
thermo 50
 
40
thermo_style custom step etotal pe ke temp press &
 
41
             epair evdwl ecoul elong ebond fnorm fmax vol
 
42
 
 
43
compute CSequ all temp/cs cores shells 
 
44
 
 
45
# output via chunk method
 
46
 
 
47
#compute prop all property/atom i_CSID
 
48
#compute cs_chunk all chunk/atom c_prop
 
49
#compute cstherm all temp/chunk cs_chunk temp internal com yes cdof 3.0
 
50
#fix ave_chunk all ave/time 100 1 100 c_cstherm file chunk.dump mode vector 
 
51
 
 
52
thermo_modify temp CSequ
 
53
 
 
54
# velocity bias option
 
55
 
 
56
velocity all create 1427 134 dist gaussian mom yes rot no bias yes temp CSequ
 
57
velocity all scale 1427 temp CSequ
 
58
 
 
59
fix thermoberendsen all temp/berendsen 1427 1427 0.4
 
60
fix nve all nve
 
61
fix_modify thermoberendsen temp CSequ
 
62
 
 
63
# 2 fmsec timestep
 
64
 
 
65
timestep 0.002
 
66
run 500
 
67
 
 
68
unfix thermoberendsen
 
69
 
 
70
# ------------------------ Dynamic Run -------------------------------
 
71
 
 
72
run 1000