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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/OPLSAA_force_field_examples/ethylene+benzene_PACKMOL/README_run.sh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/OPLSAA_force_field_examples/ethylene+benzene_PACKMOL/README_run.sh
1
 
# --- Running LAMMPS ---
2
 
# -------- REQUIREMENTS: ---------
3
 
# 1) This example requires building LAMMPS with the "USER-MISC" package.
4
 
#    (because it makes use of "gaff.lt" which uses dihedral_style fourier)
5
 
#    To do this, type "make yes-user-misc" before compiling LAMMPS.
6
 
#   http://lammps.sandia.gov/doc/Section_start.html#start_3
7
 
# -------- PREREQUISITES: --------
8
 
# The 2 files "run.in.npt", and "run.in.nvt" are LAMMPS 
9
 
# input scripts which link to the input scripts and data files
10
 
# you hopefully have created earlier with moltemplate.sh:
11
 
#   system.in.init, system.in.settings, system.data
12
 
# If not, carry out the instructions in "README_setup.sh".
13
 
#
14
 
#  -- Instructions: --
15
 
# If "lmp_linux" is the name of the command you use to invoke lammps,
16
 
# then you would run lammps on these files this way:
17
 
 
18
 
 
19
 
lmp_linux -i run.in.npt  # minimization and simulation at constant pressure
20
 
lmp_linux -i run.in.nvt  # minimization and simulation at constant volume
21
 
 
22
 
#(Note: The constant volume simulation lacks pressure equilibration. These are
23
 
#       completely separate simulations. The results of the constant pressure
24
 
#       simulation might be ignored when beginning the simulation at constant 
25
 
#       volume.  (This is because restart files in LAMMPS don't always work,
26
 
#       and I was spending a lot of time trying to convince people it was a
27
 
#       LAMMPS bug, instead of a moltemplate bug, so I disabled restart files.)
28
 
#       Read the "run.in.nvt" file to find out how to use the "read_restart"
29
 
#       command to load the results of the pressure-equilibration simulation,
30
 
#       before beginning a constant-volume run.
31
 
 
32
 
 
33
 
 
34
 
 
35
 
 
36
 
# If you have compiled the MPI version of lammps, you can run lammps in parallel
37
 
#mpirun -np 4 lmp_linux -i run.in.npt
38
 
#mpirun -np 4 lmp_linux -i run.in.nvt
39
 
# (assuming you have 4 processors available)