← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/USER/i-pi/README

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/USER/i-pi/README
 
1
i-PI path integral interface examples
 
2
=====================================
 
3
 
 
4
This folder contains a couple of examples to run LAMMPS as a client,
 
5
exchanging information on the atomic configurations, energy and forces
 
6
with the i-PI Python interface
 
7
[http://epfl-cosmo.github.io/gle4md/index.html?page=ipi].  These
 
8
examples require a working copy of i-PI and compiling LAMMPS in a UNIX
 
9
environment.  Note that a copy of i-PI is provided with LAMMPS, in the
 
10
tools/i-pi directory.
 
11
 
 
12
Note that the i-PI examples listed here are designed for the public V1.0
 
13
version of i-PI. Refer to the LAMMPS examples distributed with i-PI if you
 
14
are using a development version.
 
15
 
 
16
Path integral simulation of graphene
 
17
------------------------------------
 
18
 
 
19
The example in this folder uses the external wrapper i-PI to perform 
 
20
path integral molecular dynamics simulation of a graphene sheet, using 
 
21
LAMMPS as the force back-end. The output is generated by i-PI. Please
 
22
refer to its documentation for an explanation of the input parameters
 
23
and the format of the output.
 
24
 
 
25
How to run i-PI
 
26
---------------
 
27
 
 
28
You should have a relatively recent (>=2.5) version of Python and Numpy,
 
29
and the public version of i-PI. You can then run i-PI by executing
 
30
 
 
31
```bash
 
32
   $PATHTOIPI/i-pi i-pi_input.xml
 
33
```
 
34
 
 
35
In a separate terminal, then, you should run LAMMPS compiled to provide 
 
36
fix_ipi functionalities.
 
37
 
 
38
```bash
 
39
   $LAMMPS < in.graphene
 
40
```
 
41
 
 
42
You can run multiple instances of LAMMPS if you want to exploit the 
 
43
parallelism over the path integral beads.
 
44
 
 
45
 
 
46