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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/3bodyWater+hydrocarbons_MW+TraPPE/moltemplate_files/trappe1998.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/3bodyWater+hydrocarbons_MW+TraPPE/moltemplate_files/trappe1998.lt
 
1
# This file stores complete LAMMPS data for the TraPPE model of saturated
 
2
# hydrocarbon chains.  In this "united-atom" model, each methyl group is 
 
3
# represented by a single atom.  Forces between "atoms" are taken from the 
 
4
# TraPPE force-field. (J Phys Chem B, 1998, volume 102, pp.2569-2577)
 
5
 
 
6
TraPPE {
 
7
 
 
8
  write_once("In Init") {
 
9
    # -- Default styles for "TraPPE" --
 
10
    units           real
 
11
    atom_style      full
 
12
    # (Hybrid force field styles were used for portability.)
 
13
    bond_style      hybrid harmonic
 
14
    angle_style     hybrid harmonic
 
15
    dihedral_style  hybrid opls
 
16
    improper_style  none
 
17
    pair_style      hybrid lj/charmm/coul/charmm 9.0 11.0 9.0 11.0
 
18
    pair_modify     mix arithmetic
 
19
    special_bonds   lj 0.0 0.0 0.0
 
20
  }
 
21
 
 
22
  write_once("Data Masses") {
 
23
    @atom:CH2 14.1707
 
24
    @atom:CH3 15.2507
 
25
    @atom:CH4 16.3307
 
26
  }
 
27
 
 
28
  write_once("Data Angles By Type") {
 
29
    @angle:backbone @atom:CH? @atom:CH? @atom:CH? @bond:saturated @bond:saturated
 
30
  }
 
31
 
 
32
  write_once("Data Dihedrals By Type") {
 
33
    @dihedral:backbone @atom:CH? @atom:CH? @atom:CH? @atom:CH? @bond:saturated @bond:saturated @bond:saturated
 
34
  }
 
35
 
 
36
  write_once("In Settings") {
 
37
    pair_coeff @atom:CH2 @atom:CH2 lj/charmm/coul/charmm 0.091411522 3.95
 
38
    pair_coeff @atom:CH3 @atom:CH3 lj/charmm/coul/charmm 0.194746286 3.75
 
39
    pair_coeff @atom:CH4 @atom:CH4 lj/charmm/coul/charmm 0.294106636 3.73
 
40
    bond_coeff     @bond:saturated    harmonic   120.0   1.54
 
41
    angle_coeff    @angle:backbone    harmonic   62.0022 114
 
42
    dihedral_coeff @dihedral:backbone opls 1.411036 -0.271016 3.145034 0.0
 
43
  }
 
44
 
 
45
  write_once("In Settings") {
 
46
    group TraPPE type @atom:CH2 @atom:CH3 @atom:CH4
 
47
  }
 
48
 
 
49
}  # class TraPPE
 
50