← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_explicit/ice_crystal/moltemplate_files/spce_ice_rect8.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_explicit/ice_crystal/moltemplate_files/spce_ice_rect8.lt
 
1
# This ice (1h) unit cell is rectangular and contains 8 water molecules.
 
2
# (Coordinates and cell dimensions converted were from a PDB file.)
 
3
# The dimensions of the unit cell (in Angstroms) are:  4.521  7.832  7.362
 
4
 
 
5
 
 
6
import "spce.lt"    # <-- define the "SPCE" molecule
 
7
 
 
8
SpceIceRect8 {
 
9
 
 
10
  # Create a 3-dimensional array of 8 water molecules
 
11
 
 
12
  wat = new SPCE[2][2][2]
 
13
 
 
14
  # Array indices will be correlated with position [xindex][yindex][zindex]
 
15
 
 
16
  # You can overwrite coordinates of atoms after they were created this way:
 
17
  # (Order is not important)
 
18
  #          atom-ID         molecule-ID      atomType    charge  newX   newY   newZ
 
19
 
 
20
  write("Data Atoms") {
 
21
    $atom:wat[0][0][0]/O  $mol:wat[0][0][0] @atom:SPCE/O -0.8476  1.131  2.611  2.300
 
22
    $atom:wat[0][0][0]/H1 $mol:wat[0][0][0] @atom:SPCE/H  0.4238  1.131  2.611  3.289
 
23
    $atom:wat[0][0][0]/H2 $mol:wat[0][0][0] @atom:SPCE/H  0.4238  0.320  2.143  1.971
 
24
    $atom:wat[1][0][0]/O  $mol:wat[1][0][0] @atom:SPCE/O -0.8476  3.391  1.305  1.381
 
25
    $atom:wat[1][0][0]/H1 $mol:wat[1][0][0] @atom:SPCE/H  0.4238  3.391  0.370  1.710
 
26
    $atom:wat[1][0][0]/H2 $mol:wat[1][0][0] @atom:SPCE/H  0.4238  2.582  1.772  1.710
 
27
    $atom:wat[0][1][0]/O  $mol:wat[0][1][0] @atom:SPCE/O -0.8476  1.131  5.221  1.381
 
28
    $atom:wat[0][1][0]/H1 $mol:wat[0][1][0] @atom:SPCE/H  0.4238  1.131  4.286  1.710
 
29
    $atom:wat[0][1][0]/H2 $mol:wat[0][1][0] @atom:SPCE/H  0.4238  0.320  5.688  1.710
 
30
    $atom:wat[1][1][0]/O  $mol:wat[1][1][0] @atom:SPCE/O -0.8476  3.391  6.526  2.300
 
31
    $atom:wat[1][1][0]/H1 $mol:wat[1][1][0] @atom:SPCE/H  0.4238  3.391  6.526  3.289
 
32
    $atom:wat[1][1][0]/H2 $mol:wat[1][1][0] @atom:SPCE/H  0.4238  2.582  6.058  1.971
 
33
    $atom:wat[0][0][1]/O  $mol:wat[0][0][1] @atom:SPCE/O -0.8476  1.131  2.611  5.061
 
34
    $atom:wat[0][0][1]/H1 $mol:wat[0][0][1] @atom:SPCE/H  0.4238  1.940  2.143  5.391
 
35
    $atom:wat[0][0][1]/H2 $mol:wat[0][0][1] @atom:SPCE/H  0.4238  1.131  3.546  5.391
 
36
    $atom:wat[1][0][1]/O  $mol:wat[1][0][1] @atom:SPCE/O -0.8476  3.391  1.305  5.981
 
37
    $atom:wat[1][0][1]/H1 $mol:wat[1][0][1] @atom:SPCE/H  0.4238  3.391  1.305  6.970
 
38
    $atom:wat[1][0][1]/H2 $mol:wat[1][0][1] @atom:SPCE/H  0.4238  4.200  1.772  5.652
 
39
    $atom:wat[0][1][1]/O  $mol:wat[0][1][1] @atom:SPCE/O -0.8476  1.131  5.221  5.981
 
40
    $atom:wat[0][1][1]/H1 $mol:wat[0][1][1] @atom:SPCE/H  0.4238  1.131  5.221  6.970
 
41
    $atom:wat[0][1][1]/H2 $mol:wat[0][1][1] @atom:SPCE/H  0.4238  1.940  5.688  5.652
 
42
    $atom:wat[1][1][1]/O  $mol:wat[1][1][1] @atom:SPCE/O -0.8476  3.391  6.526  5.061
 
43
    $atom:wat[1][1][1]/H1 $mol:wat[1][1][1] @atom:SPCE/H  0.4238  4.200  6.058  5.391
 
44
    $atom:wat[1][1][1]/H2 $mol:wat[1][1][1] @atom:SPCE/H  0.4238  3.391  7.462  5.391
 
45
  }
 
46
} # SpceIceRect8
 
47
 
 
48
#    Credit goes to Martin Chaplin.
 
49
#    These coordinates were orignally downloaded from Martin Chaplin's      
 
50
#    website: http://www.btinternet.com/~martin.chaplin/ice1h.html        
 
51
#    ... and then they were stretched independently in the xy and z       
 
52
#    directions in order to match the lattice parameters measured by      
 
53
#    Rottger et al.,                                                      
 
54
#   "Lattice constants and thermal expansion of H2O and D2O ice Ih"      
 
55
#    between 10 and 265K", Acta Crystallogr. B, 50 (1994) 644-648         
 
56
#    I am using the lattice constants measured at temperature 265K        
 
57
#    (and pressure=100Torr).