← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/pair_srp.html

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/pair_srp.html
 
1
<HTML>
 
2
<CENTER><A HREF = "http://lammps.sandia.gov">LAMMPS WWW Site</A> - <A HREF = "Manual.html">LAMMPS Documentation</A> - <A HREF = "Section_commands.html#comm">LAMMPS Commands</A> 
 
3
</CENTER>
 
4
 
 
5
 
 
6
 
 
7
 
 
8
 
 
9
 
 
10
<HR>
 
11
 
 
12
<H3>pair_style srp command 
 
13
</H3>
 
14
<P><B>Syntax:</B>
 
15
</P>
 
16
<P>pair_style srp cutoff bond_type dist keyword value ...
 
17
</P>
 
18
<UL><LI>cutoff = global cutoff for SRP interactions (distance units) 
 
19
 
 
20
<LI>bond_type = bond type to apply SRP interactions 
 
21
 
 
22
<LI>distance = <I>min</I> or <I>mid</I> 
 
23
 
 
24
<LI>zero or more keyword/value pairs may be appended 
 
25
 
 
26
<LI>keyword = <I>exclude</I> 
 
27
 
 
28
<PRE>  <I>exclude</I> value = <I>yes</I> or <I>no</I> 
 
29
</PRE>
 
30
 
 
31
</UL>
 
32
<P><B>Examples:</B>
 
33
</P>
 
34
<PRE>pair_style hybrid dpd 1.0 1.0 12345 srp 0.8 1 mid exclude yes
 
35
pair_coeff 1 1 dpd 60.0 4.5 1.0 
 
36
pair_coeff 1 2 none 
 
37
pair_coeff 2 2 srp 100.0 0.8 
 
38
</PRE>
 
39
<PRE>pair_style hybrid dpd 1.0 1.0 12345 srp 0.8 1 min exclude yes
 
40
pair_coeff 1 1 dpd 60.0 50 1.0 
 
41
pair_coeff 1 2 none 
 
42
pair_coeff 2 2 srp 40.0 
 
43
</PRE>
 
44
<PRE>pair_style hybrid srp 0.8 2 mid 
 
45
pair_coeff 1 1 none 
 
46
pair_coeff 1 2 none 
 
47
pair_coeff 2 2 srp 100.0 0.8 
 
48
</PRE>
 
49
<P><B>Description:</B>
 
50
</P>
 
51
<P>Style <I>srp</I> computes a soft segmental repulsive potential (SRP) that
 
52
acts between pairs of bonds. This potential is useful for preventing
 
53
bonds from passing through one another when a soft non-bonded
 
54
potential acts between beads in, for example, DPD polymer chains.  An
 
55
example input script that uses this command is provided in
 
56
examples/USER/srp.
 
57
</P>
 
58
<P>Bonds of type <I>btype</I> interact with one another through a
 
59
bond-pairwise potential, such that the force on bond <I>i</I> due to bond
 
60
<I>j</I> is as follows
 
61
</P>
 
62
<CENTER><IMG SRC = "Eqs/pair_srp1.jpg">
 
63
</CENTER>
 
64
<P>where <I>r</I> and <I>rij</I> are the distance and unit vector between the two
 
65
bonds. The <I>mid</I> option computes <I>r</I> and <I>rij</I> from the midpoint
 
66
distance between bonds. The <I>min</I> option computes <I>r</I> and <I>rij</I> from
 
67
the minimum distance between bonds. The force acting on a bond is
 
68
mapped onto the two bond atoms according to the lever rule,
 
69
</P>
 
70
<CENTER><IMG SRC = "Eqs/pair_srp2.jpg">
 
71
</CENTER>
 
72
<P>where <I>L</I> is the normalized distance from the atom to the point of
 
73
closest approach of bond <I>i</I> and <I>j</I>. The <I>mid</I> option takes <I>L</I> as
 
74
0.5 for each interaction as described in <A HREF = "#Sirk">(Sirk)</A>.
 
75
</P>
 
76
<P>The following coefficients must be defined via the
 
77
<A HREF = "pair_coeff.html">pair_coeff</A> command as in the examples above, or in
 
78
the data file or restart file read by the <A HREF = "read_data.html">read_data</A>
 
79
or <A HREF = "read_restart.html">read_restart</A> commands:
 
80
</P>
 
81
<UL><LI><I>C</I> (force units)
 
82
<LI><I>rc</I> (distance units) 
 
83
</UL>
 
84
<P>The last coefficient is optional. If not specified, the global cutoff
 
85
is used.
 
86
</P>
 
87
<P>IMPORTANT NOTE: Pair style srp considers each bond of type <I>btype</I> as
 
88
a fictitious particle of type <I>bptype</I>, where <I>bptype</I> is the largest
 
89
atom type in the system.  These "bond particles" are inserted at the
 
90
beginning of the run, and serve as placeholders that define the
 
91
position of the bonds.  This allows neighbor lists to be constructed
 
92
and pairwise interactions to be computed in almost the same way as is
 
93
done for point particles.  Because bonds interact only with other
 
94
bonds, <A HREF = "pair_hybrid.html">pair_style hybrid</A> should be used to turn off
 
95
interactions between atom type <I>bptype</I> and all other types of atoms.
 
96
An error will be flagged if <A HREF = "pair_hybrid.html">pair_style hybrid</A> is
 
97
not used.  Further, only bond particles should be given an atom type
 
98
of <I>bptype</I>; a check is done at the beginning of the run to ensure
 
99
there are no regular atoms of <I>bptype</I>.
 
100
</P>
 
101
<P>The optional <I>exclude</I> keyword determines if forces are computed
 
102
between first neighbor (directly connected) bonds.  For a setting of
 
103
<I>no</I>, first neighbor forces are computed; for <I>yes</I> they are not computed. A setting of <I>no</I>
 
104
cannot be used with the <I>min</I> option for distance calculation because the the minimum distance between 
 
105
directly connected bonds is zero.
 
106
</P>
 
107
<P>Pair style <I>srp</I> turns off normalization of thermodynamic properties
 
108
by particle number, as if the command <A HREF = "thermo_modify.html">thermo_modify norm
 
109
no</A> had been issued.  
 
110
</P>
 
111
<P>The pairwise energy associated with style <I>srp</I> is shifted to be zero
 
112
at the cutoff distance <I>rc</I>.
 
113
</P>
 
114
<HR>
 
115
 
 
116
<P><B>Mixing, shift, table, tail correction, restart, rRESPA info</B>:
 
117
</P>
 
118
<P>This pair styles does not support mixing.  
 
119
</P>
 
120
<P>This pair style does not support the <A HREF = "pair_modify.html">pair_modify</A>
 
121
shift option for the energy of the pair interaction. Note that as
 
122
discussed above, the energy term is already shifted to be 0.0 at the
 
123
cutoff distance <I>rc</I>.
 
124
</P>
 
125
<P>The <A HREF = "pair_modify.html">pair_modify</A> table option is not relevant for
 
126
this pair style.
 
127
</P>
 
128
<P>This pair style does not support the <A HREF = "pair_modify.html">pair_modify</A>
 
129
tail option for adding long-range tail corrections to energy and
 
130
pressure.
 
131
</P>
 
132
<P>This pair style writes global and per-atom information to <A HREF = "restart.html">binary
 
133
restart files</A>. Pair srp should be used with <A HREF = "pair_hybrid.html">pair_style
 
134
hybrid</A>, thus the pair_coeff commands need to be
 
135
specified in the input script when reading a restart file.
 
136
</P>
 
137
<P>This pair style can only be used via the <I>pair</I> keyword of the
 
138
<A HREF = "run_style.html">run_style respa</A> command.  It does not support the
 
139
<I>inner</I>, <I>middle</I>, <I>outer</I> keywords.
 
140
</P>
 
141
<HR>
 
142
 
 
143
<P><B>Restrictions:</B>
 
144
</P>
 
145
<P>This pair style is part of the USER-MISC package. It is only enabled
 
146
if LAMMPS was built with that package. See the Making LAMMPS section
 
147
for more info.
 
148
</P>
 
149
<P>This pair style must be used with <A HREF = "pair_hybrid.html">pair_style hybrid</A>.
 
150
</P>
 
151
<P>This pair style requires the <A HREF = "newton.html">newton</A> command to be <I>on</I>
 
152
for non-bonded interactions.
 
153
</P>
 
154
<P><B>Related commands:</B>
 
155
</P>
 
156
<P><A HREF = "pair_hybrid.html">pair_style hybrid</A>, <A HREF = "pair_coeff.html">pair_coeff</A>,
 
157
<A HREF = "pair_dpd.html">pair dpd</A>
 
158
</P>
 
159
<P><B>Default:</B>
 
160
</P>
 
161
<P>The default keyword value is exclude = yes.
 
162
</P>
 
163
<HR>
 
164
 
 
165
<A NAME = "Sirk"></A>
 
166
 
 
167
<P><B>(Sirk)</B> Sirk TW, Sliozberg YR, Brennan JK, Lisal M, Andzelm JW, J
 
168
Chem Phys, 136 (13) 134903, 2012.
 
169
</P>
 
170
</HTML>