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  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
doc/pair_srp.txt
 
1
"LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
 
2
 
 
3
:link(lws,http://lammps.sandia.gov)
 
4
:link(ld,Manual.html)
 
5
:link(lc,Section_commands.html#comm)
 
6
 
 
7
:line
 
8
 
 
9
pair_style srp command :h3
 
10
 
 
11
[Syntax:]
 
12
 
 
13
pair_style srp cutoff bond_type dist keyword value ...
 
14
 
 
15
cutoff = global cutoff for SRP interactions (distance units) :ulb,l
 
16
bond_type = bond type to apply SRP interactions :l
 
17
distance = {min} or {mid} :l
 
18
zero or more keyword/value pairs may be appended :l
 
19
keyword = {exclude} :l
 
20
  {exclude} value = {yes} or {no} :pre
 
21
:ule
 
22
 
 
23
[Examples:]
 
24
 
 
25
pair_style hybrid dpd 1.0 1.0 12345 srp 0.8 1 mid exclude yes
 
26
pair_coeff 1 1 dpd 60.0 4.5 1.0 
 
27
pair_coeff 1 2 none 
 
28
pair_coeff 2 2 srp 100.0 0.8 :pre
 
29
 
 
30
pair_style hybrid dpd 1.0 1.0 12345 srp 0.8 1 min exclude yes
 
31
pair_coeff 1 1 dpd 60.0 50 1.0 
 
32
pair_coeff 1 2 none 
 
33
pair_coeff 2 2 srp 40.0 :pre 
 
34
 
 
35
pair_style hybrid srp 0.8 2 mid 
 
36
pair_coeff 1 1 none 
 
37
pair_coeff 1 2 none 
 
38
pair_coeff 2 2 srp 100.0 0.8 :pre 
 
39
 
 
40
[Description:]
 
41
 
 
42
Style {srp} computes a soft segmental repulsive potential (SRP) that
 
43
acts between pairs of bonds. This potential is useful for preventing
 
44
bonds from passing through one another when a soft non-bonded
 
45
potential acts between beads in, for example, DPD polymer chains.  An
 
46
example input script that uses this command is provided in
 
47
examples/USER/srp.
 
48
 
 
49
Bonds of type {btype} interact with one another through a
 
50
bond-pairwise potential, such that the force on bond {i} due to bond
 
51
{j} is as follows
 
52
 
 
53
:c,image(Eqs/pair_srp1.jpg)
 
54
 
 
55
where {r} and {rij} are the distance and unit vector between the two
 
56
bonds. The {mid} option computes {r} and {rij} from the midpoint
 
57
distance between bonds. The {min} option computes {r} and {rij} from
 
58
the minimum distance between bonds. The force acting on a bond is
 
59
mapped onto the two bond atoms according to the lever rule,
 
60
 
 
61
:c,image(Eqs/pair_srp2.jpg)
 
62
 
 
63
where {L} is the normalized distance from the atom to the point of
 
64
closest approach of bond {i} and {j}. The {mid} option takes {L} as
 
65
0.5 for each interaction as described in "(Sirk)"_#Sirk.
 
66
 
 
67
The following coefficients must be defined via the
 
68
"pair_coeff"_pair_coeff.html command as in the examples above, or in
 
69
the data file or restart file read by the "read_data"_read_data.html
 
70
or "read_restart"_read_restart.html commands:
 
71
 
 
72
{C} (force units)
 
73
{rc} (distance units) :ul
 
74
 
 
75
The last coefficient is optional. If not specified, the global cutoff
 
76
is used.
 
77
 
 
78
IMPORTANT NOTE: Pair style srp considers each bond of type {btype} as
 
79
a fictitious particle of type {bptype}, where {bptype} is the largest
 
80
atom type in the system.  These "bond particles" are inserted at the
 
81
beginning of the run, and serve as placeholders that define the
 
82
position of the bonds.  This allows neighbor lists to be constructed
 
83
and pairwise interactions to be computed in almost the same way as is
 
84
done for point particles.  Because bonds interact only with other
 
85
bonds, "pair_style hybrid"_pair_hybrid.html should be used to turn off
 
86
interactions between atom type {bptype} and all other types of atoms.
 
87
An error will be flagged if "pair_style hybrid"_pair_hybrid.html is
 
88
not used.  Further, only bond particles should be given an atom type
 
89
of {bptype}; a check is done at the beginning of the run to ensure
 
90
there are no regular atoms of {bptype}.
 
91
 
 
92
The optional {exclude} keyword determines if forces are computed
 
93
between first neighbor (directly connected) bonds.  For a setting of
 
94
{no}, first neighbor forces are computed; for {yes} they are not computed. A setting of {no}
 
95
cannot be used with the {min} option for distance calculation because the the minimum distance between 
 
96
directly connected bonds is zero.
 
97
 
 
98
Pair style {srp} turns off normalization of thermodynamic properties
 
99
by particle number, as if the command "thermo_modify norm
 
100
no"_thermo_modify.html had been issued.  
 
101
 
 
102
The pairwise energy associated with style {srp} is shifted to be zero
 
103
at the cutoff distance {rc}.
 
104
 
 
105
:line
 
106
 
 
107
[Mixing, shift, table, tail correction, restart, rRESPA info]:
 
108
 
 
109
This pair styles does not support mixing.  
 
110
 
 
111
This pair style does not support the "pair_modify"_pair_modify.html
 
112
shift option for the energy of the pair interaction. Note that as
 
113
discussed above, the energy term is already shifted to be 0.0 at the
 
114
cutoff distance {rc}.
 
115
 
 
116
The "pair_modify"_pair_modify.html table option is not relevant for
 
117
this pair style.
 
118
 
 
119
This pair style does not support the "pair_modify"_pair_modify.html
 
120
tail option for adding long-range tail corrections to energy and
 
121
pressure.
 
122
 
 
123
This pair style writes global and per-atom information to "binary
 
124
restart files"_restart.html. Pair srp should be used with "pair_style
 
125
hybrid"_pair_hybrid.html, thus the pair_coeff commands need to be
 
126
specified in the input script when reading a restart file.
 
127
 
 
128
This pair style can only be used via the {pair} keyword of the
 
129
"run_style respa"_run_style.html command.  It does not support the
 
130
{inner}, {middle}, {outer} keywords.
 
131
 
 
132
:line
 
133
 
 
134
[Restrictions:]
 
135
 
 
136
This pair style is part of the USER-MISC package. It is only enabled
 
137
if LAMMPS was built with that package. See the Making LAMMPS section
 
138
for more info.
 
139
 
 
140
This pair style must be used with "pair_style hybrid"_pair_hybrid.html.
 
141
 
 
142
This pair style requires the "newton"_newton.html command to be {on}
 
143
for non-bonded interactions.
 
144
 
 
145
[Related commands:]
 
146
 
 
147
"pair_style hybrid"_pair_hybrid.html, "pair_coeff"_pair_coeff.html,
 
148
"pair dpd"_pair_dpd.html
 
149
 
 
150
[Default:]
 
151
 
 
152
The default keyword value is exclude = yes.
 
153
 
 
154
:line
 
155
 
 
156
:link(Sirk)
 
157
[(Sirk)] Sirk TW, Sliozberg YR, Brennan JK, Lisal M, Andzelm JW, J
 
158
Chem Phys, 136 (13) 134903, 2012.