← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/AlignIO/prodom.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/AlignIO/prodom.pm
1
 
# $Id: prodom.pm,v 1.8 2002/10/22 07:38:26 lapp Exp $
 
1
# $Id: prodom.pm,v 1.10.4.3 2006/10/02 23:10:12 sendu Exp $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::AlignIO::prodom
4
4
 
5
 
#       based on the Bio::SeqIO::prodom module
6
 
#       by Ewan Birney <birney@sanger.ac.uk>
 
5
#   based on the Bio::SeqIO::prodom module
 
6
#       by Ewan Birney <birney@ebi.ac.uk>
7
7
#       and Lincoln Stein  <lstein@cshl.org>
8
8
#
9
9
#       and the SimpleAlign.pm module of Ewan Birney
33
33
=head2 Reporting Bugs
34
34
 
35
35
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
36
 
 the bugs and their resolution.
37
 
 Bug reports can be submitted via email or the web:
 
36
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via the
 
37
web:
38
38
 
39
 
  bioperl-bugs@bio.perl.org
40
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
39
  http://bugzilla.open-bio.org/
41
40
 
42
41
=head1 AUTHORS - Peter Schattner
43
42
 
54
53
# Let the code begin...
55
54
 
56
55
package Bio::AlignIO::prodom;
57
 
use vars qw(@ISA);
58
56
use strict;
59
57
 
60
 
use Bio::AlignIO;
61
58
 
62
 
@ISA = qw(Bio::AlignIO);
 
59
use base qw(Bio::AlignIO);
63
60
 
64
61
=head2 next_aln
65
62
 
89
86
           $start=$3;
90
87
           $end=$4;
91
88
           $seq=$5;
92
 
        
 
89
 
93
90
           $names{'fake_id'} = $fake_id;
94
91
 
95
92
           $add = new Bio::LocatableSeq('-seq'=>$seq,
97
94
                               '-start'=>$start,
98
95
                               '-end'=>$end,
99
96
                               );
100
 
        
 
97
 
101
98
           $aln->add_seq($add);
102
99
       }
103
100
       elsif ($entry =~ /^CO/) {
130
127
 
131
128
sub write_aln {
132
129
    my ($self,@aln) = @_;
133
 
 
134
 
    $self->throw("Sorry: prodom-format output, not yet implemented! /n");
 
130
    $self->throw_not_implemented();
135
131
}
136
132
 
137
133
1;