← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/SeqIO/locuslink.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/SeqIO/locuslink.pm
1
 
# $Id: locuslink.pm,v 1.9 2003/07/31 02:40:38 lapp Exp $
 
1
# $Id: locuslink.pm,v 1.12.4.1 2006/10/02 23:10:29 sendu Exp $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::SeqIO::locuslink
4
4
#
26
26
 
27
27
=head1 NAME
28
28
 
29
 
Bio::SeqIO::locuslink - DESCRIPTION of Object
 
29
Bio::SeqIO::locuslink - LocusLink input/output stream
30
30
 
31
31
=head1 SYNOPSIS
32
32
 
43
43
 
44
44
The way the current implementation populates the object is rather a
45
45
draft work than a finished work of art. Note that at this stage the
46
 
locuslink entries cannot be round-tripped, because the parser loses
 
46
LocusLink entries cannot be round-tripped, because the parser loses
47
47
certain information. For instance, most of the alternative transcript
48
48
descriptions are not retained. The parser also misses any element
49
49
that deals with visual representation (e.g., 'button') except for the
59
59
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
60
60
the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.
61
61
 
62
 
  bioperl-l@bioperl.org              - General discussion
63
 
  http://bioperl.org/MailList.shtml  - About the mailing lists
 
62
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
63
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
64
64
 
65
65
=head2 Reporting Bugs
66
66
 
67
67
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
68
 
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via
69
 
email or the web:
 
68
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via 
 
69
the web:
70
70
 
71
 
  bioperl-bugs@bioperl.org
72
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
71
  http://bugzilla.open-bio.org/
73
72
 
74
73
=head1 AUTHOR - Keith Ching
75
74
 
76
75
Email kching at gnf.org
77
76
 
78
 
Describe contact details here
79
 
 
80
77
=head1 CONTRIBUTORS
81
78
 
82
79
Hilmar Lapp, hlapp at gmx.net
91
88
package Bio::SeqIO::locuslink;
92
89
 
93
90
use strict;
94
 
use vars qw(@ISA);
95
91
 
96
 
use Bio::SeqIO;
97
92
use Bio::Seq::SeqFactory;
98
93
use Bio::Species;
99
94
use Bio::Annotation::DBLink;
103
98
use Bio::Annotation::OntologyTerm;
104
99
use Bio::Annotation::Collection;
105
100
 
106
 
@ISA = qw(Bio::SeqIO);
 
101
use base qw(Bio::SeqIO);
107
102
 
108
103
# list of all the field names in locuslink
109
104
my @locuslink_keys = qw(