← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/Genscan.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/Genscan.pm
1
 
# $Id: Genscan.pm,v 1.24 2003/06/13 20:32:52 bosborne Exp $
 
1
# $Id: Genscan.pm,v 1.29.4.1 2006/10/02 23:10:32 sendu Exp $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::Tools::Genscan
4
4
#
65
65
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to one
66
66
of the Bioperl mailing lists.  Your participation is much appreciated.
67
67
 
68
 
  bioperl-l@bioperl.org          - General discussion
69
 
  http://bio.perl.org/MailList.html             - About the mailing lists
 
68
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
69
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
70
70
 
71
71
=head2 Reporting Bugs
72
72
 
73
73
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
74
 
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via email
75
 
or the web:
 
74
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via the
 
75
web:
76
76
 
77
 
  bioperl-bugs@bio.perl.org
78
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
77
  http://bugzilla.open-bio.org/
79
78
 
80
79
=head1 AUTHOR - Hilmar Lapp
81
80
 
82
81
Email hlapp@gmx.net
83
82
 
84
 
Describe contact details here
85
 
 
86
83
=head1 APPENDIX
87
84
 
88
85
The rest of the documentation details each of the object methods. Internal methods are usually preceded with a _
94
91
 
95
92
 
96
93
package Bio::Tools::Genscan;
97
 
use vars qw(@ISA);
98
94
use strict;
99
95
use Symbol;
100
96
 
101
97
use Bio::Root::Root;
102
 
use Bio::Tools::AnalysisResult;
103
98
use Bio::Tools::Prediction::Gene;
104
99
use Bio::Tools::Prediction::Exon;
105
100
 
106
 
@ISA = qw(Bio::Tools::AnalysisResult);
 
101
use base qw(Bio::Tools::AnalysisResult);
107
102
 
108
103
my %ExonTags = ('Init' => 'Initial',
109
104
                'Intr' => 'Internal',
388
383
sub _prediction {
389
384
    my ($self) = @_;
390
385
 
391
 
    return undef unless(exists($self->{'_preds'}) && @{$self->{'_preds'}});
 
386
    return unless(exists($self->{'_preds'}) && @{$self->{'_preds'}});
392
387
    return shift(@{$self->{'_preds'}});
393
388
}
394
389