← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/CytoMap.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/CytoMap.t
1
1
# -*-Perl-*-
2
2
## Bioperl Test Harness Script for Modules
3
 
## $Id: CytoMap.t,v 1.1 2002/02/11 09:36:23 heikki Exp $
 
3
## $Id: CytoMap.t,v 1.5 2006/07/05 18:20:53 sendu Exp $
4
4
#
5
5
 
6
6
use strict;
16
16
        use lib 't';
17
17
    }
18
18
    use Test;
19
 
    plan tests => 109;
 
19
    plan tests => 110;
20
20
}
21
21
 
22
22
END {
32
32
ok my $map = new Bio::Map::CytoMap(-name  => 'my');
33
33
ok $map->type, 'cyto'; 
34
34
ok $map->units, ''; 
35
 
ok $map->length, undef;
 
35
ok $map->length, 0;
36
36
ok $map->name, 'my';
37
37
ok $map->species('human'), 'human';
38
38
ok $map->species, 'human';
65
65
ok $@;
66
66
$a->verbose(0);
67
67
 
68
 
ok $a->value('X'), 'X'; 
 
68
ok $a->value('X'), 'X';
69
69
$r = $a->cytorange;
70
70
ok $r->isa('Bio::Range');
71
71
ok $r->start, 100000000;
224
224
ok 1;
225
225
 
226
226
ok my $marker1 = new Bio::Map::CytoMarker();
227
 
ok $marker1->name('gene1'), 'Unnamed marker' ;
228
 
ok $marker1->name(), 'gene1';
 
227
ok $marker1->name('gene1'), 'gene1' ;
229
228
ok $marker1->position($map, '10p33.13-q15');
230
229
 
231
230
ok my $marker2 = new Bio::Map::CytoMarker(-name => 'gene2' );
256
255
ok ! $marker4->contains($marker3);
257
256
ok $marker1->contains($marker3);
258
257
 
 
258
# 
 
259
# Test throw() in some private functions
 
260
#
 
261
 
 
262
eval { Bio::Map::CytoPosition::_pad('string', -1, 'x'); };
 
263
ok($@ =~ m/positive integer/);
 
264
eval { Bio::Map::CytoPosition::_pad('string', +1, 'toolong'); };
 
265
ok($@ =~ m/single character/);
 
266