← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Graphics/Glyph/ragged_ends.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Graphics/Glyph/ragged_ends.pm
 
1
package Bio::Graphics::Glyph::ragged_ends;
 
2
 
 
3
use strict;
 
4
use base qw(Bio::Graphics::Glyph::generic);
 
5
 
 
6
sub draw_component {
 
7
  my $self = shift;
 
8
  my $gd = shift;
 
9
  my $fg = $self->fgcolor;
 
10
  my $bg = $self->option('bgcolor');
 
11
  my ($left,$top) = @_;
 
12
  my($x1,$y1,$x2,$y2) = $self->bounds(@_);
 
13
 
 
14
  my $zig = $self->option('zig') || 4;
 
15
  my $zag = $self->option('zag') || 4;
 
16
 
 
17
  my $polygon = GD::Polygon->new;
 
18
 
 
19
  $polygon->addPt($x1, $y1);
 
20
  my $yoff = $y1 + $zig;
 
21
  my $i = 1;
 
22
  if ($self->option("ragged_left")) {
 
23
      while ($yoff <= $y2) {
 
24
          $polygon->addPt( $x1 + ($i * $zag),
 
25
                           $yoff );
 
26
          $i = !$i;
 
27
          $yoff += $zig;
 
28
      }
 
29
  }
 
30
  $polygon->addPt($x1, $y2);
 
31
 
 
32
  $polygon->addPt($x2, $y2);
 
33
  $yoff = $y2 - $zig;
 
34
  $i = 1;
 
35
  if ($self->option("ragged_right")) {
 
36
      while ($yoff >= $y1) {
 
37
          $polygon->addPt( $x2 - ($i * $zag),
 
38
                           $yoff );
 
39
          $i = !$i;
 
40
          $yoff -= $zig;
 
41
      }
 
42
  }
 
43
  $polygon->addPt($x2, $y1);
 
44
 
 
45
  $polygon->addPt($x1, $y1); # close the polygon
 
46
 
 
47
  $gd->polygon($polygon, $fg);
 
48
  $gd->filledPolygon($polygon, $bg) if $bg;
 
49
}
 
50
 
 
51
1;
 
52
 
 
53
=head1 NAME
 
54
 
 
55
Bio::Graphics::Glyph::ragged_ends - The "ragged ends" glyph
 
56
 
 
57
=head1 SYNOPSIS
 
58
 
 
59
  See L<Bio::Graphics::Panel> and L<Bio::Graphics::Glyph>.
 
60
 
 
61
=head1 DESCRIPTION
 
62
 
 
63
This is identical to the "box" glyph except that it will draw the
 
64
subparts of features that contain subfeatures.  The subparts are not
 
65
connected -- use the "segments" glyph for that.  "Generic" is the
 
66
default glyph used when not otherwise specified.
 
67
 
 
68
=head2 OPTIONS
 
69
 
 
70
This glyph provides two extra options to control whether the right
 
71
and/or left ends of the drawn box are to be drawn "raggedly" with
 
72
zigzags instead of vertical lines.
 
73
 
 
74
  Option        Values    Default
 
75
  -raggedleft    0 | 1       1
 
76
  -raggedright   0 | 1       1
 
77
  -zig           > 3         4
 
78
  -zag           > 3         4
 
79
 
 
80
The following options are standard among all Glyphs.  See
 
81
L<Bio::Graphics::Glyph> for a full explanation.
 
82
 
 
83
  Option      Description                      Default
 
84
  ------      -----------                      -------
 
85
 
 
86
  -fgcolor      Foreground color               black
 
87
 
 
88
  -outlinecolor Synonym for -fgcolor
 
89
 
 
90
  -bgcolor      Background color               turquoise
 
91
 
 
92
  -fillcolor    Synonym for -bgcolor
 
93
 
 
94
  -linewidth    Line width                     1
 
95
 
 
96
  -height       Height of glyph                10
 
97
 
 
98
  -font         Glyph font                     gdSmallFont
 
99
 
 
100
  -connector    Connector type                 0 (false)
 
101
 
 
102
  -connector_color
 
103
                Connector color                black
 
104
 
 
105
  -pad_top      Top padding                    0
 
106
 
 
107
  -pad_bottom   Bottom padding                 0
 
108
 
 
109
  -label        Whether to draw a label        0 (false)
 
110
 
 
111
  -description  Whether to draw a description  0 (false)
 
112
 
 
113
  -strand_arrow Whether to indicate            0 (false)
 
114
                 strandedness
 
115
 
 
116
  -hilite       Highlight color                undef (no color)
 
117
 
 
118
-pad_top and -pad_bottom allow you to insert some blank space between
 
119
the glyph's boundary and its contents.  This is useful if you are
 
120
changing the glyph's height dynamically based on its feature's score.
 
121
 
 
122
=head1 BUGS
 
123
 
 
124
Please report them.
 
125
 
 
126
=head1 SEE ALSO
 
127
 
 
128
L<Bio::Graphics::Panel>,
 
129
L<Bio::Graphics::Glyph>,
 
130
L<Bio::Graphics::Glyph::arrow>,
 
131
L<Bio::Graphics::Glyph::cds>,
 
132
L<Bio::Graphics::Glyph::crossbox>,
 
133
L<Bio::Graphics::Glyph::diamond>,
 
134
L<Bio::Graphics::Glyph::dna>,
 
135
L<Bio::Graphics::Glyph::dot>,
 
136
L<Bio::Graphics::Glyph::ellipse>,
 
137
L<Bio::Graphics::Glyph::extending_arrow>,
 
138
L<Bio::Graphics::Glyph::generic>,
 
139
L<Bio::Graphics::Glyph::graded_segments>,
 
140
L<Bio::Graphics::Glyph::heterogeneous_segments>,
 
141
L<Bio::Graphics::Glyph::line>,
 
142
L<Bio::Graphics::Glyph::pinsertion>,
 
143
L<Bio::Graphics::Glyph::primers>,
 
144
L<Bio::Graphics::Glyph::rndrect>,
 
145
L<Bio::Graphics::Glyph::segments>,
 
146
L<Bio::Graphics::Glyph::ruler_arrow>,
 
147
L<Bio::Graphics::Glyph::toomany>,
 
148
L<Bio::Graphics::Glyph::transcript>,
 
149
L<Bio::Graphics::Glyph::transcript2>,
 
150
L<Bio::Graphics::Glyph::translation>,
 
151
L<Bio::Graphics::Glyph::triangle>,
 
152
L<Bio::Graphics::Glyph::xyplot>,
 
153
L<Bio::DB::GFF>,
 
154
L<Bio::SeqI>,
 
155
L<Bio::SeqFeatureI>,
 
156
L<Bio::Das>,
 
157
L<GD>
 
158
 
 
159
=head1 AUTHOR
 
160
 
 
161
Aaron J Mackey E<lt>amackey@pcbi.upenn.eduE<gt>.
 
162
 
 
163
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
 
164
it under the same terms as Perl itself.  See DISCLAIMER.txt for
 
165
disclaimers of warranty.
 
166
 
 
167
=cut