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Viewing changes to Bio/Annotation/TypeManager.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

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removed removed

Lines of Context:
Bio/Annotation/TypeManager.pm
1
 
# $Id: TypeManager.pm,v 1.4 2002/10/22 07:38:26 lapp Exp $
 
1
# $Id: TypeManager.pm,v 1.6.4.3 2006/10/02 23:10:12 sendu Exp $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::Annotation::TypeManager
4
4
#
24
24
    print "The type for $key is ",$tm->type_for_key($key),"\n";
25
25
 
26
26
    if( !$tm->is_valid($key,$object) ) {
27
 
        $self->throw("Invalid object for key $key");
 
27
        $self->throw("Invalid object for key $key");
28
28
    }
29
29
 
30
30
=head1 DESCRIPTION
40
40
 to one of the Bioperl mailing lists.
41
41
Your participation is much appreciated.
42
42
 
43
 
  bioperl-l@bio.perl.org
 
43
  bioperl-l@bioperl.org
44
44
 
45
45
=head2 Reporting Bugs
46
46
 
47
47
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
48
 
 the bugs and their resolution.
49
 
 Bug reports can be submitted via email or the web:
 
48
the bugs and their resolution.
 
49
Bug reports can be submitted via the web:
50
50
 
51
 
  bioperl-bugs@bio.perl.org
52
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
51
  http://bugzilla.open-bio.org/
53
52
 
54
53
=head1 AUTHOR - Ewan Birney
55
54
 
56
55
Email birney@ebi.ac.uk
57
56
 
58
 
Describe contact details here
59
 
 
60
57
=head1 APPENDIX
61
58
 
62
59
The rest of the documentation details each of the object methods. Internal methods are usually preceded with a _
68
65
 
69
66
 
70
67
package Bio::Annotation::TypeManager;
71
 
use vars qw(@ISA);
72
68
use strict;
73
69
 
74
70
# Object preamble - inherits from Bio::Root::Root
75
71
 
76
 
use Bio::Root::Root;
77
 
 
78
 
 
79
 
@ISA = qw(Bio::Root::Root);
 
72
 
 
73
 
 
74
use base qw(Bio::Root::Root);
80
75
# new() can be inherited from Bio::Root::Root
81
76
 
82
77
=head2 new
85
80
 Usage   :
86
81
 Function:
87
82
 Example :
88
 
 Returns : 
 
83
 Returns :
89
84
 Args    :
90
85
 
91
86
 
112
107
 Usage   :
113
108
 Function:
114
109
 Example :
115
 
 Returns : 
 
110
 Returns :
116
111
 Args    :
117
112
 
118
113
 
132
127
 Usage   :
133
128
 Function:
134
129
 Example :
135
 
 Returns : 
 
130
 Returns :
136
131
 Args    :
137
132
 
138
133
 
159
154
 Usage   :
160
155
 Function:
161
156
 Example :
162
 
 Returns : 
 
157
 Returns :
163
158
 Args    :
164
159
 
165
160
 
167
162
 
168
163
sub _add_type_map{
169
164
   my ($self,$key,$type) = @_;
170
 
   
 
165
 
171
166
   $key = $key->name() if ref($key) && $key->isa("Bio::Ontology::TermI");
172
167
   $self->{'_type'}->{$key} = $type;
173
168
}
174
169
 
175
 
 
 
170
1;