← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/DB/Flat/BDB/embl.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/DB/Flat/BDB/embl.pm
1
1
#
2
 
# $Id: embl.pm,v 1.7 2003/02/20 02:45:14 lstein Exp $
 
2
# $Id: embl.pm,v 1.13.4.1 2006/10/02 23:10:16 sendu Exp $
3
3
#
4
4
# BioPerl module for Bio::DB::Flat::BDB
5
5
#
31
31
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to one
32
32
of the Bioperl mailing lists.  Your participation is much appreciated.
33
33
 
34
 
  bioperl-l@bioperl.org             - General discussion
35
 
  http://bioperl.org/MailList.shtml - About the mailing lists
 
34
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
35
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
36
36
 
37
37
=head2 Reporting Bugs
38
38
 
39
39
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
40
 
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via
41
 
email or the web:
 
40
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via the
 
41
web:
42
42
 
43
 
  bioperl-bugs@bio.perl.org
44
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
43
  http://bugzilla.open-bio.org/
45
44
 
46
45
=head1 AUTHOR - Lincoln Stein
47
46
 
56
55
package Bio::DB::Flat::BDB::embl;
57
56
 
58
57
use strict;
59
 
use Bio::DB::Flat::BDB;
60
 
use vars '@ISA';
61
58
 
62
 
@ISA = qw(Bio::DB::Flat::BDB);
 
59
use base qw(Bio::DB::Flat::BDB);
63
60
 
64
61
sub seq_to_ids {
65
62
  my $self = shift;
71
68
 
72
69
  my %ids;
73
70
  $ids{ID}       = $display_id;
74
 
  $ids{ACC}      = $accession   if defined $accession;
75
 
  $ids{VERSION}  = $version     if defined $version;
 
71
  $ids{ACC}      = $accession             if defined $accession;
 
72
  $ids{VERSION}  = "$accession.$version"  if defined $accession && defined $version;
76
73
  return \%ids;
77
74
}
78
75