← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/singleNSsite.mlc

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/singleNSsite.mlc
 
1
CODONML (in paml 3.15, November 2005)    test.phy   Model: One dN/dS ratio 
 
2
Codon frequencies: F3x4
 
3
Site-class models:  PositiveSelection
 
4
ns =   3  ls =   6
 
5
 
 
6
Codon usage in sequences
 
7
--------------------------------------------------------------------------
 
8
Phe TTT  1  1  1 | Ser TCT  1  1  0 | Tyr TAT  0  0  0 | Cys TGT  0  0  0
 
9
    TTC  0  0  0 |     TCC  0  0  1 |     TAC  0  0  0 |     TGC  0  0  0
 
10
Leu TTA  0  0  0 |     TCA  0  0  0 | *** TAA  0  0  0 | *** TGA  0  0  0
 
11
    TTG  0  0  0 |     TCG  0  0  0 |     TAG  0  0  0 | Trp TGG  0  0  0
 
12
--------------------------------------------------------------------------
 
13
Leu CTT  0  0  0 | Pro CCT  0  0  0 | His CAT  1  1  1 | Arg CGT  0  0  0
 
14
    CTC  0  0  0 |     CCC  0  0  1 |     CAC  0  0  0 |     CGC  0  0  0
 
15
    CTA  0  0  0 |     CCA  1  1  0 | Gln CAA  0  0  0 |     CGA  0  0  0
 
16
    CTG  0  0  0 |     CCG  0  0  0 |     CAG  0  0  0 |     CGG  0  0  0
 
17
--------------------------------------------------------------------------
 
18
Ile ATT  0  0  0 | Thr ACT  0  0  0 | Asn AAT  0  0  0 | Ser AGT  0  0  0
 
19
    ATC  0  0  0 |     ACC  0  0  0 |     AAC  0  0  0 |     AGC  0  0  0
 
20
    ATA  0  0  0 |     ACA  0  0  0 | Lys AAA  0  0  0 | Arg AGA  0  0  0
 
21
Met ATG  2  1  1 |     ACG  0  1  1 |     AAG  0  0  0 |     AGG  0  0  0
 
22
--------------------------------------------------------------------------
 
23
Val GTT  0  0  0 | Ala GCT  0  0  0 | Asp GAT  0  0  0 | Gly GGT  0  0  0
 
24
    GTC  0  0  0 |     GCC  0  0  0 |     GAC  0  0  0 |     GGC  0  0  0
 
25
    GTA  0  0  0 |     GCA  0  0  0 | Glu GAA  0  0  0 |     GGA  0  0  0
 
26
    GTG  0  0  0 |     GCG  0  0  0 |     GAG  0  0  0 |     GGG  0  0  0
 
27
--------------------------------------------------------------------------
 
28
 
 
29
Codon position x base (3x4) table for each sequence.
 
30
 
 
31
#1: test0          
 
32
position  1:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.33333    G:0.00000
 
33
position  2:    T:0.50000    C:0.33333    A:0.16667    G:0.00000
 
34
position  3:    T:0.50000    C:0.00000    A:0.16667    G:0.33333
 
35
 
 
36
#2: test1          
 
37
position  1:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.33333    G:0.00000
 
38
position  2:    T:0.33333    C:0.50000    A:0.16667    G:0.00000
 
39
position  3:    T:0.50000    C:0.00000    A:0.16667    G:0.33333
 
40
 
 
41
#3: test2          
 
42
position  1:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.33333    G:0.00000
 
43
position  2:    T:0.33333    C:0.50000    A:0.16667    G:0.00000
 
44
position  3:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.00000    G:0.33333
 
45
 
 
46
Sums of codon usage counts
 
47
------------------------------------------------------------------------------
 
48
Phe F TTT       3 | Ser S TCT       2 | Tyr Y TAT       0 | Cys C TGT       0
 
49
      TTC       0 |       TCC       1 |       TAC       0 |       TGC       0
 
50
Leu L TTA       0 |       TCA       0 | *** * TAA       0 | *** * TGA       0
 
51
      TTG       0 |       TCG       0 |       TAG       0 | Trp W TGG       0
 
52
------------------------------------------------------------------------------
 
53
Leu L CTT       0 | Pro P CCT       0 | His H CAT       3 | Arg R CGT       0
 
54
      CTC       0 |       CCC       1 |       CAC       0 |       CGC       0
 
55
      CTA       0 |       CCA       2 | Gln Q CAA       0 |       CGA       0
 
56
      CTG       0 |       CCG       0 |       CAG       0 |       CGG       0
 
57
------------------------------------------------------------------------------
 
58
Ile I ATT       0 | Thr T ACT       0 | Asn N AAT       0 | Ser S AGT       0
 
59
      ATC       0 |       ACC       0 |       AAC       0 |       AGC       0
 
60
      ATA       0 |       ACA       0 | Lys K AAA       0 | Arg R AGA       0
 
61
Met M ATG       4 |       ACG       2 |       AAG       0 |       AGG       0
 
62
------------------------------------------------------------------------------
 
63
Val V GTT       0 | Ala A GCT       0 | Asp D GAT       0 | Gly G GGT       0
 
64
      GTC       0 |       GCC       0 |       GAC       0 |       GGC       0
 
65
      GTA       0 |       GCA       0 | Glu E GAA       0 |       GGA       0
 
66
      GTG       0 |       GCG       0 |       GAG       0 |       GGG       0
 
67
------------------------------------------------------------------------------
 
68
 
 
69
 
 
70
Codon position x base (3x4) table, overall
 
71
 
 
72
position  1:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.33333    G:0.00000
 
73
position  2:    T:0.38889    C:0.44444    A:0.16667    G:0.00000
 
74
position  3:    T:0.44444    C:0.11111    A:0.11111    G:0.33333
 
75
 
 
76
 
 
77
Nei & Gojobori 1986. dN/dS (dN, dS)
 
78
(Note: This matrix is not used in later m.l. analysis.
 
79
Use runmode = -2 for ML pairwise comparison.)
 
80
 
 
81
test0               
 
82
test1               -1.0000 (0.0706 0.0000)
 
83
test2                0.0510 (0.0706 1.3844) 0.0000 (0.0000 0.9745)
 
84
 
 
85
 
 
86
TREE #  1:  (1, 2, 3);   MP score: 3
 
87
check convergence..
 
88
lnL(ntime:  3  np:  8):    -30.819156     +0.000000
 
89
   4..1     4..2     4..3  
 
90
  0.25573  0.00000  0.62424  5.28487  1.00000  0.00000  0.09213  1.00000
 
91
 
 
92
Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site).
 
93
 
 
94
tree length =   0.87997
 
95
 
 
96
(1: 0.255727, 2: 0.000004, 3: 0.624239);
 
97
 
 
98
(test0: 0.255727, test1: 0.000004, test2: 0.624239);
 
99
 
 
100
Detailed output identifying parameters
 
101
 
 
102
kappa (ts/tv) =  5.28487
 
103
 
 
104
 
 
105
dN/dS for site classes (K=3)
 
106
 
 
107
p:   1.00000  0.00000  0.00000
 
108
w:   0.09213  1.00000  1.00000
 
109
 
 
110
dN & dS for each branch
 
111
 
 
112
 branch           t        N        S    dN/dS       dN       dS   N*dN   S*dS
 
113
 
 
114
   4..1       0.256     12.9      5.1   0.0921   0.0224   0.2429    0.3    1.2
 
115
   4..2       0.000     12.9      5.1   0.0921   0.0000   0.0000    0.0    0.0
 
116
   4..3       0.624     12.9      5.1   0.0921   0.0546   0.5930    0.7    3.0
 
117
 
 
118
 
 
119
Naive Empirical Bayes (NEB) analysis
 
120
Bayes Empirical Bayes (BEB) analysis (Yang, Wong & Nielsen 2005. Mol. Biol. Evol. 22:1107-1118)
 
121
Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)
 
122
 
 
123
            Pr(w>1)     post mean +- SE for w
 
124
 
 
125
 
 
126
 
 
127
 
 
128
The grid (see ternary graph for p0-p1)
 
129
 
 
130
w0:   0.050  0.150  0.250  0.350  0.450  0.550  0.650  0.750  0.850  0.950
 
131
w2:   1.500  2.500  3.500  4.500  5.500  6.500  7.500  8.500  9.500 10.500
 
132
 
 
133
 
 
134
Posterior on the grid
 
135
 
 
136
w0:   0.402  0.260  0.147  0.081  0.045  0.026  0.016  0.010  0.007  0.005
 
137
w2:   0.138  0.114  0.104  0.098  0.095  0.093  0.091  0.090  0.089  0.088
 
138
 
 
139
Posterior for p0-p1 (see the ternary graph)
 
140
 
 
141
 0.001
 
142
 0.001 0.002 0.003
 
143
 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006
 
144
 0.000 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.010
 
145
 0.000 0.000 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.011 0.016
 
146
 0.000 0.000 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.008 0.012 0.017 0.025
 
147
 0.000 0.000 0.000 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.009 0.013 0.019 0.026 0.036
 
148
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.009 0.014 0.019 0.027 0.037 0.049
 
149
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.007 0.010 0.014 0.020 0.028 0.037 0.049 0.063
 
150
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.007 0.010 0.015 0.020 0.027 0.036 0.046 0.061 0.075
 
151
 
 
152
sum of density on p0-p1 =   1.000000