← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/M0.mlc

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/M0.mlc
 
1
CODONML (in paml 3.15, November 2005)    test.phy   Model: One dN/dS ratio 
 
2
Codon frequencies: F3x4
 
3
Site-class models: 
 
4
ns =   3  ls =   6
 
5
 
 
6
Codon usage in sequences
 
7
--------------------------------------------------------------------------
 
8
Phe TTT  1  1  1 | Ser TCT  1  1  0 | Tyr TAT  0  0  0 | Cys TGT  0  0  0
 
9
    TTC  0  0  0 |     TCC  0  0  1 |     TAC  0  0  0 |     TGC  0  0  0
 
10
Leu TTA  0  0  0 |     TCA  0  0  0 | *** TAA  0  0  0 | *** TGA  0  0  0
 
11
    TTG  0  0  0 |     TCG  0  0  0 |     TAG  0  0  0 | Trp TGG  0  0  0
 
12
--------------------------------------------------------------------------
 
13
Leu CTT  0  0  0 | Pro CCT  0  0  0 | His CAT  1  1  1 | Arg CGT  0  0  0
 
14
    CTC  0  0  0 |     CCC  0  0  1 |     CAC  0  0  0 |     CGC  0  0  0
 
15
    CTA  0  0  0 |     CCA  1  1  0 | Gln CAA  0  0  0 |     CGA  0  0  0
 
16
    CTG  0  0  0 |     CCG  0  0  0 |     CAG  0  0  0 |     CGG  0  0  0
 
17
--------------------------------------------------------------------------
 
18
Ile ATT  0  0  0 | Thr ACT  0  0  0 | Asn AAT  0  0  0 | Ser AGT  0  0  0
 
19
    ATC  0  0  0 |     ACC  0  0  0 |     AAC  0  0  0 |     AGC  0  0  0
 
20
    ATA  0  0  0 |     ACA  0  0  0 | Lys AAA  0  0  0 | Arg AGA  0  0  0
 
21
Met ATG  2  1  1 |     ACG  0  1  1 |     AAG  0  0  0 |     AGG  0  0  0
 
22
--------------------------------------------------------------------------
 
23
Val GTT  0  0  0 | Ala GCT  0  0  0 | Asp GAT  0  0  0 | Gly GGT  0  0  0
 
24
    GTC  0  0  0 |     GCC  0  0  0 |     GAC  0  0  0 |     GGC  0  0  0
 
25
    GTA  0  0  0 |     GCA  0  0  0 | Glu GAA  0  0  0 |     GGA  0  0  0
 
26
    GTG  0  0  0 |     GCG  0  0  0 |     GAG  0  0  0 |     GGG  0  0  0
 
27
--------------------------------------------------------------------------
 
28
 
 
29
Codon position x base (3x4) table for each sequence.
 
30
 
 
31
#1: test0          
 
32
position  1:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.33333    G:0.00000
 
33
position  2:    T:0.50000    C:0.33333    A:0.16667    G:0.00000
 
34
position  3:    T:0.50000    C:0.00000    A:0.16667    G:0.33333
 
35
 
 
36
#2: test1          
 
37
position  1:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.33333    G:0.00000
 
38
position  2:    T:0.33333    C:0.50000    A:0.16667    G:0.00000
 
39
position  3:    T:0.50000    C:0.00000    A:0.16667    G:0.33333
 
40
 
 
41
#3: test2          
 
42
position  1:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.33333    G:0.00000
 
43
position  2:    T:0.33333    C:0.50000    A:0.16667    G:0.00000
 
44
position  3:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.00000    G:0.33333
 
45
 
 
46
Sums of codon usage counts
 
47
------------------------------------------------------------------------------
 
48
Phe F TTT       3 | Ser S TCT       2 | Tyr Y TAT       0 | Cys C TGT       0
 
49
      TTC       0 |       TCC       1 |       TAC       0 |       TGC       0
 
50
Leu L TTA       0 |       TCA       0 | *** * TAA       0 | *** * TGA       0
 
51
      TTG       0 |       TCG       0 |       TAG       0 | Trp W TGG       0
 
52
------------------------------------------------------------------------------
 
53
Leu L CTT       0 | Pro P CCT       0 | His H CAT       3 | Arg R CGT       0
 
54
      CTC       0 |       CCC       1 |       CAC       0 |       CGC       0
 
55
      CTA       0 |       CCA       2 | Gln Q CAA       0 |       CGA       0
 
56
      CTG       0 |       CCG       0 |       CAG       0 |       CGG       0
 
57
------------------------------------------------------------------------------
 
58
Ile I ATT       0 | Thr T ACT       0 | Asn N AAT       0 | Ser S AGT       0
 
59
      ATC       0 |       ACC       0 |       AAC       0 |       AGC       0
 
60
      ATA       0 |       ACA       0 | Lys K AAA       0 | Arg R AGA       0
 
61
Met M ATG       4 |       ACG       2 |       AAG       0 |       AGG       0
 
62
------------------------------------------------------------------------------
 
63
Val V GTT       0 | Ala A GCT       0 | Asp D GAT       0 | Gly G GGT       0
 
64
      GTC       0 |       GCC       0 |       GAC       0 |       GGC       0
 
65
      GTA       0 |       GCA       0 | Glu E GAA       0 |       GGA       0
 
66
      GTG       0 |       GCG       0 |       GAG       0 |       GGG       0
 
67
------------------------------------------------------------------------------
 
68
 
 
69
 
 
70
Codon position x base (3x4) table, overall
 
71
 
 
72
position  1:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.33333    G:0.00000
 
73
position  2:    T:0.38889    C:0.44444    A:0.16667    G:0.00000
 
74
position  3:    T:0.44444    C:0.11111    A:0.11111    G:0.33333
 
75
 
 
76
 
 
77
Nei & Gojobori 1986. dN/dS (dN, dS)
 
78
(Note: This matrix is not used in later m.l. analysis.
 
79
Use runmode = -2 for ML pairwise comparison.)
 
80
 
 
81
test0               
 
82
test1               -1.0000 (0.0706 0.0000)
 
83
test2                0.0510 (0.0706 1.3844) 0.0000 (0.0000 0.9745)
 
84
 
 
85
 
 
86
Model 0: one-ratio
 
87
 
 
88
 
 
89
TREE #  1:  (1, 2, 3);   MP score: 3
 
90
lnL(ntime:  3  np:  5):    -30.819156     +0.000000
 
91
   4..1     4..2     4..3  
 
92
  0.25573  0.00000  0.62424  5.28487  0.09213
 
93
 
 
94
Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site).
 
95
 
 
96
tree length =   0.87997
 
97
 
 
98
(1: 0.255727, 2: 0.000004, 3: 0.624239);
 
99
 
 
100
(test0: 0.255727, test1: 0.000004, test2: 0.624239);
 
101
 
 
102
Detailed output identifying parameters
 
103
 
 
104
kappa (ts/tv) =  5.28487
 
105
 
 
106
omega (dN/dS) =  0.09213
 
107
 
 
108
dN & dS for each branch
 
109
 
 
110
 branch           t        N        S    dN/dS       dN       dS   N*dN   S*dS
 
111
 
 
112
   4..1       0.256     12.9      5.1   0.0921   0.0224   0.2429    0.3    1.2
 
113
   4..2       0.000     12.9      5.1   0.0921   0.0000   0.0000    0.0    0.0
 
114
   4..3       0.624     12.9      5.1   0.0921   0.0546   0.5930    0.7    3.0
 
115
 
 
116
tree length for dN:      0.07702
 
117
tree length for dS:      0.83594
 
118
 
 
119
 
 
120
Time used:  0:00
 
121
 
 
122
 
 
123
Model 1: NearlyNeutral (2 categories)
 
124
 
 
125
 
 
126
TREE #  1:  (1, 2, 3);   MP score: 3
 
127
lnL(ntime:  3  np:  6):    -30.819157     +0.000000
 
128
   4..1     4..2     4..3  
 
129
  0.25573  0.00000  0.62424  5.28488  1.00000  0.09213
 
130
 
 
131
Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site).
 
132
 
 
133
tree length =   0.87997
 
134
 
 
135
(1: 0.255727, 2: 0.000004, 3: 0.624240);
 
136
 
 
137
(test0: 0.255727, test1: 0.000004, test2: 0.624240);
 
138
 
 
139
Detailed output identifying parameters
 
140
 
 
141
kappa (ts/tv) =  5.28488
 
142
 
 
143
 
 
144
dN/dS for site classes (K=2)
 
145
 
 
146
p:   1.00000  0.00000
 
147
w:   0.09213  1.00000
 
148
 
 
149
dN & dS for each branch
 
150
 
 
151
 branch           t        N        S    dN/dS       dN       dS   N*dN   S*dS
 
152
 
 
153
   4..1       0.256     12.9      5.1   0.0921   0.0224   0.2429    0.3    1.2
 
154
   4..2       0.000     12.9      5.1   0.0921   0.0000   0.0000    0.0    0.0
 
155
   4..3       0.624     12.9      5.1   0.0921   0.0546   0.5930    0.7    3.0
 
156
 
 
157
 
 
158
Naive Empirical Bayes (NEB) analysis
 
159
Time used:  0:02