← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Coordinate/Result.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Coordinate/Result.pm
1
 
# $Id: Result.pm,v 1.8 2003/12/19 03:02:43 jason Exp $
 
1
# $Id: Result.pm,v 1.15.4.1 2006/10/02 23:10:14 sendu Exp $
2
2
#
3
3
# bioperl module for Bio::Coordinate::Result
4
4
#
5
 
# Cared for by Heikki Lehvaslaiho <heikki@ebi.ac.uk>
 
5
# Cared for by Heikki Lehvaslaiho <heikki-at-bioperl-dot-org>
6
6
#
7
7
# Copyright Heikki Lehvaslaiho
8
8
#
39
39
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to the
40
40
Bioperl mailing lists  Your participation is much appreciated.
41
41
 
42
 
  bioperl-l@bioperl.org                         - General discussion
43
 
  http://bio.perl.org/MailList.html             - About the mailing lists
 
42
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
43
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
44
44
 
45
45
=head2 Reporting Bugs
46
46
 
47
47
report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
48
 
 the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via
49
 
 email or the web:
 
48
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via the
 
49
web:
50
50
 
51
 
  bioperl-bugs@bio.perl.org
52
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
51
  http://bugzilla.open-bio.org/
53
52
 
54
53
=head1 AUTHOR - Heikki Lehvaslaiho
55
54
 
56
 
Email:  heikki@ebi.ac.uk
57
 
Address:
58
 
 
59
 
     EMBL Outstation, European Bioinformatics Institute
60
 
     Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton
61
 
     Cambs. CB10 1SD, United Kingdom
62
 
 
63
 
=head1 CONTRIBUTORS
64
 
 
65
 
Additional contributors names and emails here
 
55
Email:  heikki-at-bioperl-dot-org
66
56
 
67
57
=head1 APPENDIX
68
58
 
75
65
# Let the code begin...
76
66
 
77
67
package Bio::Coordinate::Result;
78
 
use vars qw(@ISA );
79
68
use strict;
80
69
 
81
 
use Bio::Location::Split;
82
 
use Bio::Coordinate::ResultI;
83
70
 
84
 
@ISA = qw(Bio::Location::Split Bio::Coordinate::ResultI);
 
71
use base qw(Bio::Location::Split Bio::Coordinate::ResultI);
85
72
 
86
73
 
87
74
=head2 add_location
100
87
 
101
88
sub add_sub_Location {
102
89
  my ($self,$value) = @_;
 
90
  if( ! $value ) {
 
91
      $self->warn("provding an empty value for location\n");
 
92
      return;
 
93
  }
103
94
  $self->throw("Is not a Bio::LocationI but [$value]")
104
95
      unless $value->isa('Bio::LocationI');
105
96
 
155
146
    if (@ls) {
156
147
        return $ls[0]->seq_id;
157
148
    } else {
158
 
        return undef;
 
149
        return;
159
150
    }
160
151
}
161
152