← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/root/lib/Bio/PrimarySeqI.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/root/lib/Bio/PrimarySeqI.pm
1
 
# $Id: PrimarySeqI.pm,v 1.1 2003/03/07 19:30:25 sac Exp $
 
1
# $Id: PrimarySeqI.pm,v 1.6.4.1 2006/10/02 23:10:38 sendu Exp $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::PrimarySeqI
4
4
#
96
96
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to one
97
97
of the Bioperl mailing lists.  Your participation is much appreciated.
98
98
 
99
 
  bioperl-l@bioperl.org                       - General discussion
100
 
  http://bio.perl.org/MailList.html           - About the mailing lists
 
99
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
100
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
101
101
 
102
102
=head2 Reporting Bugs
103
103
 
104
104
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
105
 
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via email
106
 
or the web:
 
105
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via the
 
106
web:
107
107
 
108
 
  bioperl-bugs@bio.perl.org
109
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
108
  http://bugzilla.open-bio.org/
110
109
 
111
110
=head1 AUTHOR - Ewan Birney
112
111
 
124
123
 
125
124
 
126
125
package Bio::PrimarySeqI;
127
 
use vars qw(@ISA );
128
126
use strict;
129
 
use Bio::Root::RootI;
130
127
use Bio::Tools::CodonTable;
131
128
 
132
 
@ISA = qw(Bio::Root::RootI);
 
129
use base qw(Bio::Root::RootI);
133
130
 
134
131
=head1 Implementation Specific Functions
135
132
 
481
478
 
482
479
 Title   : translate
483
480
 Usage   : $protein_seq_obj = $dna_seq_obj->translate
484
 
           #if full CDS expected:
485
 
           $protein_seq_obj = $cds_seq_obj->translate(undef,undef,undef,undef,1);
 
481
 
486
482
 Function:
487
483
 
488
484
           Provides the translation of the DNA sequence using full