← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/swiss.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/swiss.t
 
1
# -*-Perl-*-
 
2
## Bioperl Test Harness Script for Modules
 
3
## $Id: swiss.t,v 1.3.4.4 2006/11/09 00:40:53 cjfields Exp $
 
4
 
 
5
# Before `make install' is performed this script should be runnable with
 
6
# `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
 
7
 
 
8
my $error = 0;
 
9
 
 
10
use strict;
 
11
 
 
12
BEGIN {
 
13
    # to handle systems with no installed Test module
 
14
    # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
 
15
    # as a fallback
 
16
    eval { require Test::More; };
 
17
    if( $@ ) {
 
18
        use lib 't/lib';
 
19
    }
 
20
 
 
21
    use Test::More;
 
22
    plan tests => 239;
 
23
}
 
24
 
 
25
if( $error == 1 ) {
 
26
    exit(0);
 
27
}
 
28
 
 
29
END {
 
30
   unlink(qw (swiss_unk.dat test.swiss));
 
31
}
 
32
 
 
33
use_ok('Bio::SeqIO');
 
34
use_ok('Bio::Root::IO');
 
35
my $verbose = $ENV{'BIOPERLDEBUG'};
 
36
 
 
37
my $seqio = new Bio::SeqIO( -verbose => $verbose,
 
38
                                     -format => 'swiss',
 
39
                                     -file   => Bio::Root::IO->catfile('t','data', 
 
40
                                                    'test.swiss'));
 
41
 
 
42
isa_ok($seqio, 'Bio::SeqIO');
 
43
my $seq = $seqio->next_seq;
 
44
my @gns = $seq->annotation->get_Annotations('gene_name');
 
45
 
 
46
$seqio = new Bio::SeqIO( -verbose => $verbose,
 
47
                                 -format => 'swiss',
 
48
                                 -file   => Bio::Root::IO->catfile
 
49
                                 ('>test.swiss'));
 
50
 
 
51
$seqio->write_seq($seq);
 
52
 
 
53
# reads it in once again
 
54
$seqio = new Bio::SeqIO( -verbose => $verbose,
 
55
                                 -format => 'swiss',
 
56
                                 -file => Bio::Root::IO->catfile('test.swiss'));
 
57
    
 
58
$seq = $seqio->next_seq;
 
59
isa_ok($seq->species, 'Bio::Taxon');
 
60
is($seq->species->ncbi_taxid, 6239);
 
61
 
 
62
# version, seq_update, dates (5 tests)
 
63
is($seq->version, 40);
 
64
my ($ann) = $seq->get_Annotations('seq_update');
 
65
is($ann, 35);
 
66
my @dates = $seq->get_dates;
 
67
my @date_check = qw(01-NOV-1997 01-NOV-1997 16-OCT-2001);
 
68
for my $date (@dates) {
 
69
    is($date, shift @date_check);
 
70
}
 
71
 
 
72
my @gns2 = $seq->annotation->get_Annotations('gene_name');
 
73
# check gene name is preserved (was losing suffix in worm gene names)
 
74
ok($#gns2 == 0 && $gns[0]->value eq $gns2[0]->value);
 
75
 
 
76
# test swissprot multiple RP lines
 
77
my $str = Bio::SeqIO->new(-file => Bio::Root::IO->catfile
 
78
                                  (qw(t data P33897) ));
 
79
$seq = $str->next_seq;
 
80
isa_ok($seq, 'Bio::Seq::RichSeqI');
 
81
my @refs = $seq->annotation->get_Annotations('reference');
 
82
is( @refs, 23);
 
83
is($refs[20]->rp, 'VARIANTS X-ALD LEU-98; ASP-99; GLU-217; GLN-518; ASP-608; ILE-633 AND PRO-660, AND VARIANT THR-13.');
 
84
 
 
85
# version, seq_update, dates (5 tests)
 
86
is($seq->version, 44);
 
87
($ann) = $seq->get_Annotations('seq_update');
 
88
is($ann, 28);
 
89
@dates = $seq->get_dates;
 
90
@date_check = qw(01-FEB-1994 01-FEB-1994 15-JUN-2004);
 
91
for my $date (@dates) {
 
92
    is($date, shift @date_check);
 
93
}
 
94
 
 
95
my $ast = Bio::SeqIO->new(-verbose => $verbose,
 
96
                                  -format => 'swiss' ,
 
97
                                  -file => Bio::Root::IO->catfile("t","data","roa1.swiss"));
 
98
my $as = $ast->next_seq();
 
99
 
 
100
ok defined $as->seq;
 
101
is($as->id, 'ROA1_HUMAN', "id is ".$as->id);
 
102
like($as->primary_id, qr(Bio::PrimarySeq));
 
103
is($as->length, 371);
 
104
is($as->alphabet, 'protein');
 
105
is($as->division, 'HUMAN');
 
106
is(scalar $as->all_SeqFeatures(), 16);
 
107
is(scalar $as->annotation->get_Annotations('reference'), 11);
 
108
 
 
109
# version, seq_update, dates (5 tests)
 
110
is($as->version, 35);
 
111
($ann) = $as->get_Annotations('seq_update');
 
112
is($ann, 15);
 
113
@dates = $as->get_dates;
 
114
@date_check = qw(01-MAR-1989 01-AUG-1990 01-NOV-1997);
 
115
for my $date (@dates) {
 
116
    is($date, shift @date_check);
 
117
}
 
118
 
 
119
my ($ent,$out) = undef;
 
120
($as,$seq) = undef;
 
121
 
 
122
$seqio = Bio::SeqIO->new(-format => 'swiss' ,
 
123
                                 -verbose => $verbose,
 
124
                                 -file => Bio::Root::IO->catfile
 
125
                                 ("t","data","swiss.dat"));
 
126
$seq = $seqio->next_seq;
 
127
isa_ok($seq, 'Bio::Seq::RichSeqI');
 
128
 
 
129
# more tests to verify we are actually parsing correctly
 
130
like($seq->primary_id, qr(Bio::PrimarySeq));
 
131
is($seq->display_id, 'MA32_HUMAN');
 
132
is($seq->length, 282);
 
133
is($seq->division, 'HUMAN');
 
134
is($seq->alphabet, 'protein');
 
135
my @f = $seq->all_SeqFeatures();
 
136
is(@f, 2);
 
137
is($f[1]->primary_tag, 'CHAIN');
 
138
is(($f[1]->get_tag_values('description'))[0], 'COMPLEMENT COMPONENT 1, Q SUBCOMPONENT BINDING PROTEIN');
 
139
 
 
140
# version, seq_update, dates (5 tests)
 
141
is($seq->version, 40);
 
142
($ann) = $seq->get_Annotations('seq_update');
 
143
is($ann, 31);
 
144
@dates = $seq->get_dates;
 
145
@date_check = qw(01-FEB-1995 01-FEB-1995 01-OCT-2000);
 
146
for my $date (@dates) {
 
147
    is($date, shift @date_check);
 
148
}
 
149
 
 
150
my @genenames = qw(GC1QBP HABP1 SF2P32 C1QBP);
 
151
($ann) = $seq->annotation->get_Annotations('gene_name');
 
152
foreach my $gn ( $ann->get_all_values() ) {
 
153
    ok ($gn, shift(@genenames));
 
154
}
 
155
ok($ann->value(-joins => [" AND "," OR "]), "GC1QBP OR HABP1 OR SF2P32 OR C1QBP");
 
156
 
 
157
# test for feature locations like ?..N
 
158
$seq = $seqio->next_seq();
 
159
isa_ok($seq, 'Bio::Seq::RichSeqI');
 
160
like($seq->primary_id, qr(Bio::PrimarySeq));
 
161
is($seq->display_id, 'ACON_CAEEL');
 
162
is($seq->length, 788);
 
163
is($seq->division, 'CAEEL');
 
164
is($seq->alphabet, 'protein');
 
165
is(scalar $seq->all_SeqFeatures(), 5);
 
166
 
 
167
foreach my $gn ( $seq->annotation->get_Annotations('gene_name') ) {
 
168
    ok ($gn->value, 'F54H12.1');
 
169
}
 
170
 
 
171
# test species in swissprot -- this can be a n:n nightmare
 
172
$seq = $seqio->next_seq();
 
173
isa_ok($seq, 'Bio::Seq::RichSeqI');
 
174
like($seq->primary_id, qr(Bio::PrimarySeq));
 
175
my @sec_acc = $seq->get_secondary_accessions();
 
176
is($sec_acc[0], 'P29360');
 
177
is($sec_acc[1], 'Q63631');
 
178
is($seq->accession_number, 'P42655');
 
179
my @kw = $seq->get_keywords;
 
180
is( $kw[0], 'Brain');
 
181
is( $kw[1], 'Neurone');
 
182
is($kw[3], 'Multigene family');
 
183
is($seq->display_id, '143E_HUMAN');
 
184
is($seq->species->binomial, "Homo sapiens");
 
185
is($seq->species->common_name, "Human");
 
186
is($seq->species->ncbi_taxid, 9606);
 
187
 
 
188
$seq = $seqio->next_seq();
 
189
isa_ok($seq, 'Bio::Seq::RichSeqI');
 
190
like($seq->primary_id, qr(Bio::PrimarySeq));
 
191
is($seq->species->binomial, "Bos taurus");
 
192
is($seq->species->common_name, "Bovine");
 
193
is($seq->species->ncbi_taxid, 9913);
 
194
 
 
195
# multiple genes in swissprot
 
196
$seq = $seqio->next_seq();
 
197
isa_ok($seq, 'Bio::Seq::RichSeqI');
 
198
like($seq->primary_id, qr(Bio::PrimarySeq));
 
199
 
 
200
($ann) = $seq->annotation->get_Annotations("gene_name");
 
201
@genenames = qw(CALM1 CAM1 CALM CAM CALM2 CAM2 CAMB CALM3 CAM3 CAMC);
 
202
my $flatnames = "(CALM1 OR CAM1 OR CALM OR CAM) AND (CALM2 OR CAM2 OR CAMB) AND (CALM3 OR CAM3 OR CAMC)";
 
203
 
 
204
my @names = @genenames; # copy array
 
205
my @ann_names = $ann->get_all_values();
 
206
 
 
207
is(scalar(@ann_names), scalar(@names));
 
208
foreach my $gn (@ann_names) {
 
209
    is($gn, shift(@names));
 
210
}
 
211
is($ann->value(-joins => [" AND "," OR "]), $flatnames);
 
212
 
 
213
# same entry as before, but with the new gene names format
 
214
$seqio = Bio::SeqIO->new(-format => 'swiss',
 
215
                                 -verbose => $verbose,
 
216
                         -file => Bio::Root::IO->catfile
 
217
                                 ("t","data","calm.swiss"));
 
218
$seq = $seqio->next_seq();
 
219
isa_ok($seq, 'Bio::Seq::RichSeqI');
 
220
like($seq->primary_id, qr(Bio::PrimarySeq));
 
221
($ann) = $seq->annotation->get_Annotations("gene_name");
 
222
my @ann_names2 = $ann->get_all_values();
 
223
@names = @genenames; # copy array
 
224
is(scalar(@ann_names2), scalar(@names));
 
225
foreach my $gn (@ann_names2) {
 
226
    is($gn, shift(@names));
 
227
}
 
228
is($ann->value(-joins => [" AND "," OR "]), $flatnames);
 
229
 
 
230
# test proper parsing of references
 
231
my @litrefs = $seq->annotation->get_Annotations('reference');
 
232
is(scalar(@litrefs), 17);
 
233
 
 
234
my @titles = (
 
235
    '"Complete amino acid sequence of human brain calmodulin."',
 
236
    '"Multiple divergent mRNAs code for a single human calmodulin."',
 
237
    '"Molecular analysis of human and rat calmodulin complementary DNA clones. Evidence for additional active genes in these species."',
 
238
    '"Isolation and nucleotide sequence of a cDNA encoding human calmodulin."',
 
239
    '"Structure of the human CALM1 calmodulin gene and identification of two CALM1-related pseudogenes CALM1P1 and CALM1P2."',
 
240
    undef,
 
241
    '"Characterization of the human CALM2 calmodulin gene and comparison of the transcriptional activity of CALM1, CALM2 and CALM3."',
 
242
    '"Cloning of human full-length CDSs in BD Creator(TM) system donor vector."',
 
243
    '"The DNA sequence and analysis of human chromosome 14."',
 
244
    '"Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences."',
 
245
    '"Alpha-helix nucleation by a calcium-binding peptide loop."',
 
246
    '"Solution structure of Ca(2+)-calmodulin reveals flexible hand-like properties of its domains."',
 
247
    '"Calmodulin structure refined at 1.7 A resolution."',
 
248
    '"Drug binding by calmodulin: crystal structure of a calmodulin-trifluoperazine complex."',
 
249
    '"Structural basis for the activation of anthrax adenylyl cyclase exotoxin by calmodulin."',
 
250
    '"Physiological calcium concentrations regulate calmodulin binding and catalysis of adenylyl cyclase exotoxins."',
 
251
    '"Crystal structure of a MARCKS peptide containing the calmodulin-binding domain in complex with Ca2+-calmodulin."',
 
252
);
 
253
 
 
254
my @locs = (
 
255
    "Biochemistry 21:2565-2569(1982).",
 
256
    "J. Biol. Chem. 263:17055-17062(1988).",
 
257
    "J. Biol. Chem. 262:16663-16670(1987).",
 
258
    "Biochem. Int. 9:177-185(1984).",
 
259
    "Eur. J. Biochem. 225:71-82(1994).",
 
260
    "Submitted (FEB-1995) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases.",
 
261
    "Cell Calcium 23:323-338(1998).",
 
262
    "Submitted (MAY-2003) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases.",
 
263
    "Nature 421:601-607(2003).",
 
264
    "Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99:16899-16903(2002).",
 
265
    "Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96:903-908(1999).",
 
266
    "Nat. Struct. Biol. 8:990-997(2001).",
 
267
    "J. Mol. Biol. 228:1177-1192(1992).",
 
268
    "Biochemistry 33:15259-15265(1994).",
 
269
    "Nature 415:396-402(2002).",
 
270
    "EMBO J. 21:6721-6732(2002).",
 
271
    "Nat. Struct. Biol. 10:226-231(2003).",
 
272
);
 
273
 
 
274
my @positions = (
 
275
     undef, undef,
 
276
    undef, undef,
 
277
    undef, undef,
 
278
    undef, undef,
 
279
    undef, undef,
 
280
    undef, undef,
 
281
    undef, undef,
 
282
    undef, undef,
 
283
    undef, undef,
 
284
    undef, undef,
 
285
    94, 103,
 
286
    1, 76,
 
287
    undef, undef,
 
288
    undef, undef,
 
289
    5, 148,
 
290
    1, 148,
 
291
    undef, undef,
 
292
);
 
293
 
 
294
foreach my $litref (@litrefs) {
 
295
    is($litref->title, shift(@titles));
 
296
    is($litref->location, shift(@locs));
 
297
    is($litref->start, shift(@positions));
 
298
    is($litref->end, shift(@positions));
 
299
}
 
300
 
 
301
# format parsing changes (pre-rel 9.0)
 
302
 
 
303
$seqio = new Bio::SeqIO( -verbose => $verbose,
 
304
                         -format => 'swiss',
 
305
                         -file   => Bio::Root::IO->catfile('t','data', 
 
306
                                                       'pre_rel9.swiss'));
 
307
 
 
308
ok($seqio);
 
309
$seq = $seqio->next_seq;
 
310
isa_ok($seq->species, 'Bio::Taxon');
 
311
is($seq->species->ncbi_taxid, "6239");
 
312
 
 
313
# version, seq_update, dates (5 tests)
 
314
is($seq->version, 44);
 
315
($ann) = $seq->get_Annotations('seq_update');
 
316
is($ann, 1);
 
317
@dates = $seq->get_dates;
 
318
@date_check = qw(01-NOV-1997 01-NOV-1996 30-MAY-2006 );
 
319
for my $date (@dates) {
 
320
    is($date, shift @date_check);
 
321
}
 
322
 
 
323
my @idcheck = qw(Z66513 T22647 Cel.30446 Q06319 Q20772 F54D5.7 WBGene00010052
 
324
                 F54D5.7 GO:0005515 IPR006089 IPR006091 IPR006090
 
325
                 IPR006092 IPR009075 IPR009100 IPR013764 PF00441
 
326
                 PF02770 PF02771 PS00072 PS00073);
 
327
 
 
328
for my $dblink ( $seq->annotation->get_Annotations('dblink') ) {
 
329
    is($dblink->primary_id, shift @idcheck);
 
330
}
 
331
 
 
332
$seqio = new Bio::SeqIO( -verbose => $verbose,
 
333
                         -format => 'swiss',
 
334
                         -file   => Bio::Root::IO->catfile('t','data', 
 
335
                                                       'pre_rel9.swiss'));
 
336
 
 
337
my @namespaces = qw(Swiss-Prot TrEMBL TrEMBL);
 
338
 
 
339
while (my $seq = $seqio->next_seq) {
 
340
    is($seq->namespace, shift @namespaces);
 
341
}
 
342
 
 
343
# format parsing changes (rel 9.0, Oct 2006)
 
344
 
 
345
$seqio = new Bio::SeqIO( -verbose => $verbose,
 
346
                         -format => 'swiss',
 
347
                         -file   => Bio::Root::IO->catfile('t','data', 
 
348
                                                       'rel9.swiss'));
 
349
 
 
350
ok($seqio);
 
351
$seq = $seqio->next_seq;
 
352
isa_ok($seq->species, 'Bio::Taxon');
 
353
is($seq->species->ncbi_taxid, 6239);
 
354
 
 
355
is($seq->version, 47);
 
356
($ann) = $seq->get_Annotations('seq_update');
 
357
is($ann, 1);
 
358
@dates = $seq->get_dates;
 
359
@date_check = qw(01-NOV-1997 01-NOV-1996 31-OCT-2006 );
 
360
for my $date (@dates) {
 
361
    is($date, shift @date_check);
 
362
}
 
363
 
 
364
@idcheck = qw(Z66513 T22647 Cel.30446 Q06319 Q20772 F54D5.7 cel:F54D5.7
 
365
         WBGene00010052 F54D5.7 GO:0005515 IPR006089 IPR006091 IPR006090
 
366
         IPR006092 IPR009075 IPR013786 IPR009100 IPR013764 PF00441 PF02770
 
367
         PF02771 PS00072 PS00073 );
 
368
 
 
369
for my $dblink ( $seq->annotation->get_Annotations('dblink') ) {
 
370
    is($dblink->primary_id, shift @idcheck);
 
371
}
 
372
 
 
373
$seqio = new Bio::SeqIO( -verbose => $verbose,
 
374
                         -format => 'swiss',
 
375
                         -file   => Bio::Root::IO->catfile('t','data', 
 
376
                                                       'rel9.swiss'));
 
377
 
 
378
@namespaces = qw(Swiss-Prot TrEMBL TrEMBL);
 
379
 
 
380
while (my $seq = $seqio->next_seq) {
 
381
    is($seq->namespace, shift @namespaces);
 
382
}
 
383