← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/BPlite/Iteration.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/BPlite/Iteration.pm
1
 
# $Id: Iteration.pm,v 1.17 2003/10/28 22:17:21 jason Exp $
 
1
# $Id: Iteration.pm,v 1.18.4.1 2006/10/02 23:10:33 sendu Exp $
2
2
# Bioperl module Bio::Tools::BPlite::Iteration
3
3
#       based closely on the Bio::Tools::BPlite modules
4
4
#       Ian Korf (ikorf@sapiens.wustl.edu, http://sapiens.wustl.edu/~ikorf), 
23
23
 
24
24
   use Bio::Tools::BPpsilite;
25
25
 
26
 
   open FH, "t/psiblastreport.out";
 
26
   open my $FH, "t/psiblastreport.out";
27
27
   $report = Bio::Tools::BPpsilite->new(-fh=>\*FH);
28
28
 
29
29
   # determine number of iterations executed by psiblast
89
89
package Bio::Tools::BPlite::Iteration;
90
90
 
91
91
use strict;
92
 
use vars qw(@ISA);
93
 
use Bio::Root::Root; # root object to inherit from
94
92
use Bio::Tools::BPlite; #
95
93
use Bio::Tools::BPlite::Sbjct;
96
94
 
97
 
@ISA = qw(Bio::Root::Root);
 
95
use base qw(Bio::Root::Root);
98
96
 
99
97
sub new {
100
98
    my ($class, @args) = @_;
179
177
 
180
178
sub nextSbjct {
181
179
    my ($self) = @_;
182
 
    $self->_fastForward or return undef;
 
180
    $self->_fastForward or return;
183
181
 
184
182
    #######################
185
183
    # get all sbjct lines #
239
237
sub Align {
240
238
    use Bio::SimpleAlign;
241
239
    my ($self) = @_;
242
 
    $self->_fastForward or return undef;
 
240
    $self->_fastForward or return;
243
241
    my $lastline = $self->_readline();
244
 
    return undef unless $lastline =~ /^QUERY/; # If psiblast not run correctly
 
242
    return unless $lastline =~ /^QUERY/; # If psiblast not run correctly
245
243
    my (%sequence,%first,%last,$num);
246
244
 
247
245
    if ( $lastline =~ /^QUERY\s+(\d*)\s*([-\w]+)\s*(\d*)\s*$/){