~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

# -*-Perl-*-

# $Id: abi.t,v 1.4 2005/09/17 02:11:21 bosborne Exp $

# Before `make install' is performed this script should be runnable with

# `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'

 

use strict;

use vars qw($error $NUMTESTS);

BEGIN {

        $NUMTESTS = 3;

        $error = 0;

        # to handle systems with no installed Test module

        # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)

        # as a fallback

        eval { require Test; };

        if ( $@ ) {

                use lib 't';

        }

        # SeqIO modules abi.pm, ctf.pm, exp.pm, pln.pm, ztr.pm

        # all require Bio::SeqIO::staden::read, part of bioperl-ext

        eval {

                require Bio::SeqIO::staden::read;

        };

        if ( $@ ) {

                $error = 1;

                warn "Bio::SeqIO::staden::read from bioperl-ext is not installed or is installed incorrectly - skipping abi.t tests\n";

   }

        use Test;

        plan tests => $NUMTESTS;

}

 

END { 

        foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {

                skip('Unable to run all of the abi tests',1);

   }

}

 

exit(0) if ( $error == 1 );

 

use Bio::SeqIO::abi;

use Bio::Root::IO;

 

my $verbose = $ENV{'BIOPERLDEBUG'};

ok(1);

 

my $io = Bio::SeqIO->new(-format => 'abi',

                                                                 -verbose => $verbose,

                                                                 -file => Bio::Root::IO->catfile

                                                                 (qw(t data readtest.abi) ));

ok(my $seq = $io->next_seq);

ok($seq->seq, "GCNTATGACGTGGATTNCGAATTCTNNNNNCGGTAGNNGAAAATCCCCGGNCAAGNTTNNCCCTGCAAANGGAANAANNTGGCCGAGCGCTACGGGCTGATCTGGGTGTGCCTGTTTCCCCCGGCCGGGGGGAGNGATGCAGGACATCCAAGTATCCCGCCNATGGNGGGCTGAGGACGAGGACGGCTTCCATCAGATCAGTGTGCCCGGNCTTCGACATCGGCGGCAGCGCCGCGCGCCAACTGGAAGGCTTCATCGACGTGNAGCATTTTGNCTTCNTGCGCACCGCTACCTTCACCCANCCGGACAAGCGCNAANTGCNGNCCTACACCACCACNGAAACACCGACCGGNTTNAATGCCGATTACCTGAGNNGCGTGGCAAATTATTCGGNGGACNTGCCGCTGNCGGACGTGGACCCGAACTTCCAATGGCTGCGTCATTNCTAGGTGAATCTGCCTTTCACCGCCACGCTCACCATCCACTTCCCGGTGCCGGGCAAGCGGTTGGTGATNATGAATGCCGCCAGACCGGTGTCCAAGCACACCANCCGCCTGNTGGTGCCGATCGNCCGCTAATTTCGACACCCATCTGCCNGNGGGAAGACGTACATGNGTTCAACCTTGCACNTNGTTCNAAAAAAACCNTGCCATGGTGGNAANCGCAAGCGGNCCGGAAATATCNGCCGGNTTGACCCGCNTGNTTGGAAAGTGCATATTCCCCNCCGATNCNCAATTTCGAT");