← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Cluster/FamilyI.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Cluster/FamilyI.pm
15
15
 
16
16
=head1 SYNOPSIS
17
17
 
18
 
# see the implementations of this interface for details but
19
 
# basically
 
18
    # see the implementations of this interface for details
20
19
 
21
20
    my $cluster= $cluster->new(-description=>"POLYUBIQUITIN",
22
21
                               -members    =>[$seq1,$seq2]);
23
22
    my @members = $cluster->get_members();
24
23
    my @sub_members = $cluster->get_members(-species=>"homo sapiens");
25
24
 
26
 
 
27
 
 
28
25
=head1 DESCRIPTION
29
26
 
30
27
This interface if for a Family object representing a family of 
31
28
biological objects. A generic implementation for this may be
32
 
found a Bio::Cluster::Family.
 
29
found a L<Bio::Cluster::Family>.
33
30
 
34
31
 
35
32
=head1 FEEDBACK
40
37
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
41
38
the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.
42
39
 
43
 
  bioperl-l@bioperl.org              - General discussion
44
 
  http://bioperl.org/MailList.shtml  - About the mailing lists
 
40
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
41
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
45
42
 
46
43
=head2 Reporting Bugs
47
44
 
48
45
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
49
 
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via
50
 
email or the web:
 
46
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via the
 
47
web:
51
48
 
52
 
  bioperl-bugs@bioperl.org
53
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
49
  http://bugzilla.open-bio.org/
54
50
 
55
51
=head1 AUTHOR - Shawn Hoon
56
52
 
57
53
Email shawnh@fugu-sg.org
58
54
 
59
 
 
60
 
=head1 CONTRIBUTORS
61
 
 
62
 
Additional contributors names and emails here
63
 
 
64
55
=head1 APPENDIX
65
56
 
66
57
The rest of the documentation details each of the object methods.
70
61
 
71
62
 
72
63
package Bio::Cluster::FamilyI;
73
 
use vars qw(@ISA);
74
64
use strict;
75
65
 
76
 
use Bio::ClusterI;
77
66
 
78
 
@ISA = qw(Bio::ClusterI);
 
67
use base qw(Bio::ClusterI);
79
68
 
80
69
=head2 new
81
70