← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/SearchIO/Writer/HitTableWriter.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/SearchIO/Writer/HitTableWriter.pm
1
 
# $Id: HitTableWriter.pm,v 1.14 2002/12/24 15:46:47 jason Exp $
 
1
# $Id: HitTableWriter.pm,v 1.20.4.1 2006/10/02 23:10:27 sendu Exp $
2
2
 
3
3
=head1 NAME
4
4
 
111
111
    ambiguous_aln          # Ambiguous alignment indicator ('qs', 'q', 's')
112
112
    hit_description        # Full description of the hit sequence
113
113
    query_description      # Full description of the query sequence
 
114
    rank                   # The rank order of the hit
 
115
    num_hits               # Number of hits for the query finding this hit
114
116
 
115
117
Items marked with a C<*> report data summed across all HSPs
116
118
after tiling them to avoid counting data from overlapping regions
133
135
Bioperl modules.  Send your comments and suggestions preferably to one
134
136
of the Bioperl mailing lists.  Your participation is much appreciated.
135
137
 
136
 
    bioperl-l@bioperl.org              - General discussion
137
 
    http://bioperl.org/MailList.html   - About the mailing lists
 
138
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
139
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
138
140
 
139
141
=head2 Reporting Bugs
140
142
 
141
143
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
142
 
the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via email
143
 
or the web:
 
144
the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via the
 
145
web:
144
146
 
145
 
    bioperl-bugs@bio.perl.org                   
146
 
    http://bugzilla.bioperl.org/
 
147
  http://bugzilla.open-bio.org/
147
148
 
148
149
=head1 AUTHOR 
149
150
 
175
176
package Bio::SearchIO::Writer::HitTableWriter;
176
177
 
177
178
use strict;
178
 
use Bio::SearchIO::Writer::ResultTableWriter;
179
179
 
180
 
use vars qw( @ISA );
181
 
@ISA = qw( Bio::SearchIO::Writer::ResultTableWriter );
 
180
use base qw(Bio::SearchIO::Writer::ResultTableWriter);
182
181
 
183
182
 
184
183
# Array fields: column, object, method[/argument], printf format,
221
220
                  'ambiguous_aln'         => ['28', 'hit', 'ambiguous_aln', 's', 'AMBIG'],
222
221
                  'hit_description'       => ['29', 'hit', 'description', 's', 'DESC_H'],
223
222
                  'query_description'     => ['30', 'result', 'query_description', 's', 'DESC_Q'],
 
223
                  'rank'                  => ['31', 'hit', 'rank', 's', 'RANK'],
 
224
                  'num_hits'              => ['32', 'result', 'num_hits', 's', 'NUM_HITS'],
224
225
                 );
225
226
 
226
227
sub column_map { return %column_map }