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Viewing changes to Bio/Variation/SeqDiff.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

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removed removed

Lines of Context:
Bio/Variation/SeqDiff.pm
1
 
# $Id: SeqDiff.pm,v 1.17 2003/06/04 08:36:44 heikki Exp $
 
1
# $Id: SeqDiff.pm,v 1.23.4.1 2006/10/02 23:10:38 sendu Exp $
2
2
# bioperl module for Bio::Variation::SeqDiff
3
3
#
4
 
# Cared for by Heikki Lehvaslaiho <heikki@ebi.ac.uk>
 
4
# Cared for by Heikki Lehvaslaiho <heikki-at-bioperl-dot-org>
5
5
#
6
6
# Copyright Heikki Lehvaslaiho
7
7
#
62
62
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to the 
63
63
Bioperl mailing lists  Your participation is much appreciated.
64
64
 
65
 
  bioperl-l@bioperl.org                         - General discussion
66
 
  http://bio.perl.org/MailList.html             - About the mailing lists
 
65
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
66
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
 
67
 
67
68
 
68
69
=head2 Reporting Bugs
69
70
 
70
 
report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
71
 
 the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via
72
 
 email or the web:
 
71
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
 
72
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via the
 
73
web:
73
74
 
74
 
  bioperl-bugs@bio.perl.org
75
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
75
  http://bugzilla.open-bio.org/
76
76
 
77
77
=head1 AUTHOR - Heikki Lehvaslaiho
78
78
 
79
 
Email:  heikki@ebi.ac.uk
80
 
Address: 
81
 
 
82
 
     EMBL Outstation, European Bioinformatics Institute
83
 
     Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton
84
 
     Cambs. CB10 1SD, United Kingdom 
 
79
Email:  heikki-at-bioperl-dot-org
85
80
 
86
81
=head1 CONTRIBUTORS
87
82
 
99
94
package Bio::Variation::SeqDiff;
100
95
 
101
96
use strict;
102
 
use vars qw(@ISA);
103
 
use Bio::Root::Root;
104
97
use Bio::Tools::CodonTable;
105
98
use Bio::PrimarySeq;
106
99
 
107
 
@ISA = qw( Bio::Root::Root );
 
100
use base qw(Bio::Root::Root);
108
101
 
109
102
 
110
103
=head2 new
200
193
  if (defined $value) {
201
194
    $self->{'id'} = $value;
202
195
  }
203
 
#  unless (exists $self->{'id'}) {
204
 
#    return "undefined";
205
 
#  }
206
 
 else {
207
 
    return $self->{'id'};
 
196
  else {
 
197
      return $self->{'id'};
208
198
  }
209
199
}
210
200
 
761
751
sub _set_dnamut {
762
752
    my $self = shift;
763
753
 
764
 
    return undef unless $self->{'dna_ori'}  && $self->each_Variant;
 
754
    return unless $self->{'dna_ori'}  && $self->each_Variant;
765
755
 
766
756
    $self->{'dna_mut'} = $self->{'dna_ori'};
767
757
    foreach ($self->each_Variant) {