← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Ontology/PathI.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Ontology/PathI.pm
1
 
# $Id: PathI.pm,v 1.2 2003/03/26 09:08:55 lapp Exp $
 
1
# $Id: PathI.pm,v 1.6.4.1 2006/10/02 23:10:22 sendu Exp $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for PathI
4
4
#
22
22
 
23
23
=head1 NAME
24
24
 
25
 
PathI - Interface for a path between ontology terms
 
25
Bio::Ontology::PathI - Interface for a path between ontology terms
26
26
 
27
27
=head1 SYNOPSIS
28
28
 
47
47
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
48
48
the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.
49
49
 
50
 
  bioperl-l@bioperl.org              - General discussion
51
 
  http://bioperl.org/MailList.shtml  - About the mailing lists
 
50
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
51
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
52
52
 
53
53
=head2 Reporting Bugs
54
54
 
55
55
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
56
56
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via
57
 
email or the web:
 
57
the web:
58
58
 
59
 
  bioperl-bugs@bioperl.org
60
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
59
  http://bugzilla.open-bio.org/
61
60
 
62
61
=head1 AUTHOR - Hilmar Lapp
63
62
 
64
63
Email hlapp at gmx.net
65
64
 
66
 
=head1 CONTRIBUTORS
67
 
 
68
 
Additional contributors names and emails here
69
 
 
70
65
=head1 APPENDIX
71
66
 
72
67
The rest of the documentation details each of the object methods.
79
74
 
80
75
 
81
76
package Bio::Ontology::PathI;
82
 
use vars qw(@ISA);
83
77
use strict;
84
 
use Bio::Ontology::RelationshipI;
85
78
 
86
 
@ISA = qw( Bio::Ontology::RelationshipI );
 
79
use base qw(Bio::Ontology::RelationshipI);
87
80
 
88
81
 
89
82
=head2 distance
97
90
 Returns : value of distance (a scalar)
98
91
 Args    : on set, new value (a scalar or undef, optional)
99
92
 
100
 
 
101
93
=cut
102
94
 
103
95
sub distance{
161
153
 Usage   : $ont = $obj->ontology()
162
154
 Function: Get the ontology that defined this relationship.
163
155
 Example : 
164
 
 Returns : an object implementing L<Bio::Ontology::OntologyI>
 
156
 Returns : an object implementing Bio::Ontology::OntologyI
165
157
 Args    : 
166
158
 
 
159
See L<Bio::Ontology::OntologyI>.
167
160
 
168
161
=cut
169
162