← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to scripts/seq/seqconvert.PLS

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
scripts/seq/seqconvert.PLS
1
 
#!/usr/bin/env perl
2
 
# $Id: seqconvert.PLS,v 1.2 2003/04/25 13:35:41 bosborne Exp $
 
1
#!perl -w
 
2
# $Id: seqconvert.PLS,v 1.8 2006/07/04 22:23:29 mauricio Exp $
3
3
 
4
4
use strict;
5
5
use Getopt::Long;
12
12
### please add to this list (see the modules under Bio/SeqIO):
13
13
my @known_formats=
14
14
  qw(gcg fasta ace raw fastq phd pir scf swiss genbank locuslink
15
 
     embl game qual bsml tab raw abi chado alf ctf exp ztr pln);
 
15
     embl game qual bsml tab raw abi chado alf ctf exp ztr pln
 
16
     chaosxml chadoxml yaml tigr tigrxml agave chaos kegg interpro
 
17
     lasergene strider);
16
18
 
17
19
my $script=substr($0, 1+rindex($0,'/'));
18
20
my $usage="Usage:
50
52
 
51
53
=head1 DESCRIPTION
52
54
 
53
 
This script gives command line interface to BioPerl Bio::SeqIO.
 
55
This script gives command line interface to BioPerl Bio::SeqIO. 
54
56
 
55
57
=head1 SEE ALSO
56
58
 
57
59
L<Bio::SeqIO>
 
60
L<bp_sreformat.PLS> for similar functionality which also supports AlignIO.
58
61
 
59
62
=head1 FEEDBACK
60
63
 
64
67
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
65
68
the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.
66
69
 
67
 
  bioperl-l@bioperl.org              - General discussion
68
 
  http://bioperl.org/MailList.shtml  - About the mailing lists
 
70
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
71
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
69
72
 
70
73
=head2 Reporting Bugs
71
74
 
72
75
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
73
 
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via
74
 
email or the web:
 
76
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via the
 
77
web:
75
78
 
76
 
  bioperl-bugs@bioperl.org
77
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
79
  http://bugzilla.open-bio.org/
78
80
 
79
81
=head1 AUTHOR - Philip Lijnzaad
80
82
 
81
 
Email p.lijnzaad@med.uu.nl
 
83
Email E<lt>p.lijnzaad-at-med.uu.nlE<gt>
82
84
 
83
85
=cut
 
86
 
 
87
__END__