← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/Est2Genome.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/Est2Genome.pm
1
 
# $Id: Est2Genome.pm,v 1.13 2003/05/13 06:37:51 shawnh Exp $
 
1
# $Id: Est2Genome.pm,v 1.17.4.1 2006/10/02 23:10:32 sendu Exp $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::Tools::Est2Genome
4
4
#
5
 
# Cared for by Jason Stajich <jason@bioperl.org>
 
5
# Cared for by Jason Stajich <jason-at-bioperl.org>
6
6
#
7
7
# Copyright Jason Stajich
8
8
#
29
29
 
30
30
=head1 DESCRIPTION
31
31
 
32
 
This module is a parser for est2genome [EMBOSS] alignments of est/cdna
 
32
This module is a parser for C<est2genome> [EMBOSS] alignments of est/cdna
33
33
sequence to genomic DNA.  This is generally accepted as the best
34
 
program for predicting splice sites based on est/cdnas*.
 
34
program for predicting splice sites based on est/dnas (as far as I know).
35
35
 
36
36
This module currently does not try pull out the ungapped alignments
37
37
(Segment) but may in the future.
38
38
 
39
 
 
40
 
* AFAIK
41
 
 
42
39
=head1 FEEDBACK
43
40
 
44
41
=head2 Mailing Lists
47
44
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
48
45
the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.
49
46
 
50
 
  bioperl-l@bioperl.org              - General discussion
51
 
  http://bioperl.org/MailList.shtml  - About the mailing lists
 
47
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
48
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
52
49
 
53
50
=head2 Reporting Bugs
54
51
 
55
52
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
56
 
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via
57
 
email or the web:
 
53
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted the
 
54
web:
58
55
 
59
 
  bioperl-bugs@bioperl.org
60
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
56
  http://bugzilla.open-bio.org/
61
57
 
62
58
=head1 AUTHOR - Jason Stajich
63
59
 
64
 
Email jason@bioperl.org
65
 
 
66
 
Describe contact details here
67
 
 
68
 
=head1 CONTRIBUTORS
69
 
 
70
 
Additional contributors names and emails here
 
60
Email jason-at-bioperl.org
71
61
 
72
62
=head1 APPENDIX
73
63
 
81
71
 
82
72
 
83
73
package Bio::Tools::Est2Genome;
84
 
use vars qw(@ISA);
85
74
use strict;
86
75
 
87
76
# Object preamble - inherits from Bio::Root::Root
88
77
 
89
78
use Bio::Root::Root;
90
 
use Bio::Tools::AnalysisResult;
91
79
use Bio::SeqFeature::Gene::Exon;
92
80
use Bio::SeqFeature::Gene::Transcript;
93
81
use Bio::SeqFeature::Gene::Intron;
94
82
use Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure;
95
83
use Bio::SeqFeature::SimilarityPair;
96
84
 
97
 
@ISA = qw(Bio::Tools::AnalysisResult );
 
85
use base qw(Bio::Tools::AnalysisResult);
98
86
 
99
87
=head2 new
100
88
 
236
224
           $self->warn( "unknown line $_\n");
237
225
       }
238
226
   }
239
 
   return undef unless( @features );
 
227
   return unless( @features );
240
228
   return wantarray ? @features : \@features;
241
229
}
242
230
 
316
304
           $self->warn( "unknown line $_\n");
317
305
       }
318
306
   }
319
 
   return undef unless $#exon >=0;
 
307
   return unless $#exon >=0;
320
308
   foreach my $e(@exon){
321
309
    my @add;
322
310
    foreach my $sf(@suppf){