← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/FootPrinter.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/FootPrinter.pm
 
1
# $Id: FootPrinter.pm,v 1.8.4.2 2006/11/08 17:25:55 sendu Exp $
1
2
# BioPerl module for Bio::Tools::FootPrinter
2
3
#
3
4
# Cared for by Shawn Hoon <shawnh@fugu-sg.org>
10
11
 
11
12
=head1 NAME
12
13
 
13
 
Bio::Tools::FootPrinter - DESCRIPTION of Object
 
14
Bio::Tools::FootPrinter - write sequence features in FootPrinter format
14
15
 
15
16
=head1 SYNOPSIS
16
17
 
26
27
 
27
28
=head1 DESCRIPTION
28
29
 
29
 
A parser for FootPrinter  output 
 
30
This module writes sequence features in FootPrinter format. 
 
31
See L<http://bio.cs.washington.edu/software.html> for more details.
30
32
 
31
33
=head1 FEEDBACK
32
34
 
36
38
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
37
39
the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.
38
40
 
39
 
  bioperl-l@bioperl.org              - General discussion
40
 
  http://bioperl.org/MailList.shtml  - About the mailing lists
 
41
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
42
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
41
43
 
42
44
=head2 Reporting Bugs
43
45
 
44
46
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
45
 
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via
46
 
email or the web:
 
47
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via the
 
48
web:
47
49
 
48
 
  bioperl-bugs@bioperl.org
49
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
50
  http://bugzilla.open-bio.org/
50
51
 
51
52
=head1 AUTHOR - Shawn Hoon 
52
53
 
53
54
Email shawnh@fugu-sg.org 
54
55
 
55
 
Describe contact details here
56
 
 
57
 
=head1 CONTRIBUTORS
58
 
 
59
 
Additional contributors names and emails here
60
 
 
61
56
=head1 APPENDIX
62
57
 
63
58
The rest of the documentation details each of the object methods.
70
65
 
71
66
 
72
67
package Bio::Tools::FootPrinter;
73
 
use vars qw(@ISA);
74
68
use strict;
75
69
 
76
 
use Bio::Root::Root;
77
70
use Bio::SeqFeature::Generic;
78
71
use Bio::PrimarySeq;
79
 
use Bio::Root::IO;
80
72
 
81
 
@ISA = qw(Bio::Root::Root Bio::Root::IO );
 
73
use base qw(Bio::Root::Root Bio::Root::IO);
82
74
 
83
75
=head2 new
84
76
 
150
142
  while ($_ = $self->_readline) {
151
143
    chomp;
152
144
    my @array = split("\n",$_);
 
145
    if ($#array == 5) {
 
146
      # get rid of header
 
147
      shift(@array); shift(@array);
 
148
    }
153
149
    if($#array == 3){
154
150
        if($name){
155
151
            $name=~s/>//;
158
154
        }
159
155
        $name    = shift @array;
160
156
        $seq     = $array[0];
161
 
        $second  = $array[1];
 
157
        $second  = $array[1];
162
158
        $third   = $array[2];
163
159
        next;
164
160
    }