← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bioperl/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/ecolitst.noseqs.wublastp

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2008-03-18 14:44:57 UTC
  • mfrom: (4 hardy)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 6.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080318144457-1jjoztrvqwf0gruk
http://bugs.debian.org/448890
* debian/control:
  - Removed MIA Matt Hope (dopey) from the Uploaders field.
    Thank you for your work, Matt. I hope you are doing well.
  - Downgraded some recommended package to the 'Suggests' priority,
    according to the following discussion on Upstream's mail list.
    http://bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2008-March/027379.html
    (Closes: #448890)
* debian/copyright converted to machine-readable format.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/ecolitst.noseqs.wublastp
 
1
BLASTP 2.0MP-WashU [18-Mar-2004] [linux26-ILP32F64 2004-03-13T04:13:13]
 
2
 
 
3
Copyright (C) 1996-2004 Washington University, Saint Louis, Missouri USA.
 
4
All Rights Reserved.
 
5
 
 
6
Reference:  Gish, W. (1996-2004) http://blast.wustl.edu
 
7
 
 
8
Query=  gi|1786183|gb|AAC73113.1| (AE000111) aspartokinase I, homoserine
 
9
    dehydrogenase I [Escherichia coli]
 
10
        (820 letters)
 
11
 
 
12
Database:  ecoli.aa
 
13
           4289 sequences; 1,358,990 total letters.
 
14
Searching....10....20....30....40....50....60....70....80....90....100% done
 
15
 
 
16
                                                                     Smallest
 
17
                                                                       Sum
 
18
                                                              High  Probability
 
19
Sequences producing High-scoring Segment Pairs:              Score  P(N)      N
 
20
 
 
21
gb|AAC73113.1| (AE000111) aspartokinase I, homoserine deh...  4141  0.        1
 
22
gb|AAC76922.1| (AE000468) aspartokinase II and homoserine...   907  6.6e-93   1
 
23
gb|AAC76994.1| (AE000475) aspartokinase III, lysine sensi...   483  2.8e-47   1
 
24
 
 
25
 
 
26
 
 
27
>gb|AAC73113.1| (AE000111) aspartokinase I, homoserine dehydrogenase I
 
28
            [Escherichia coli]
 
29
        Length = 820
 
30
 
 
31
 Score = 4141 (1462.8 bits), Expect = 0., P = 0.
 
32
 Identities = 820/820 (100%), Positives = 820/820 (100%)
 
33
 
 
34
Query: 1 - 820
 
35
Sbjct: 1 - 820
 
36
 
 
37
 
 
38
>gb|AAC76922.1| (AE000468) aspartokinase II and homoserine dehydrogenase II
 
39
            [Escherichia coli]
 
40
        Length = 810
 
41
 
 
42
 Score = 907 (324.3 bits), Expect = 6.6e-93, P = 6.6e-93
 
43
 Identities = 250/818 (30%), Positives = 413/818 (50%)
 
44
 
 
45
Query: 5 - 812
 
46
Sbjct: 16 - 805
 
47
 
 
48
 
 
49
>gb|AAC76994.1| (AE000475) aspartokinase III, lysine sensitive [Escherichia
 
50
            coli]
 
51
        Length = 449
 
52
 
 
53
 Score = 483 (175.1 bits), Expect = 2.8e-47, P = 2.8e-47
 
54
 Identities = 149/467 (31%), Positives = 233/467 (49%)
 
55
 
 
56
Query: 3 - 460
 
57
Sbjct: 6 - 448
 
58
 
 
59
 
 
60
Parameters:
 
61
  -i t/data/ecolitst.fa
 
62
  -d /data/blast/ecoli.aa
 
63
  noseqs
 
64
  E=1e-5
 
65
  postsw
 
66
 
 
67
  ctxfactor=1.00
 
68
 
 
69
  Query                        -----  As Used  -----    -----  Computed  ----
 
70
  Frame  MatID Matrix name     Lambda    K       H      Lambda    K       H
 
71
   +0      0   BLOSUM62        0.319   0.135   0.384    same    same    same
 
72
               Q=9,R=2         0.244   0.0300  0.180     n/a     n/a     n/a
 
73
 
 
74
  Query
 
75
  Frame  MatID  Length  Eff.Length     E     S W   T  X   E2     S2
 
76
   +0      0      820       820   1.0e-05  121 3  11 22  0.19    34
 
77
                                                     37  0.22    37
 
78
 
 
79
 
 
80
Statistics:
 
81
 
 
82
  Database:  /data/blast/ecoli.aa
 
83
   Title:  ecoli.aa
 
84
   Posted:  1:55:19 PM EDT Jun 3, 2004
 
85
   Created:  1:55:19 PM EDT Jun 3, 2004
 
86
   Format:  XDF-1
 
87
   # of letters in database:  1,358,990
 
88
   # of sequences in database:  4289
 
89
   # of database sequences satisfying E:  3
 
90
  No. of states in DFA:  618 (66 KB)
 
91
  Total size of DFA:  358 KB (2179 KB)
 
92
  Time to generate neighborhood:  0.00u 0.01s 0.01t  Elapsed: 00:00:00
 
93
  No. of threads or processors used:  2
 
94
  Search cpu time:  1.54u 0.03s 1.57t  Elapsed: 00:00:01
 
95
  Total cpu time:  1.58u 0.04s 1.62t  Elapsed: 00:00:01
 
96
  Start:  Thu Jun  3 14:00:59 2004   End:  Thu Jun  3 14:01:00 2004